Table des matières
IV
6.3.1 Matrice de transition
67
6.3.2 Quelques modèles nucléotidiques de Markov
68
6.3.3 Longueur d’une branche
70
6.3.4 Modélisation de la variation des taux d’évolution entre sites
70
6.4 Choix des sites
72
6.5 Matrices de taux de substitution entre séquences protéiques
73
6.6 Distances évolutives entre paires de séquences
74
Chapitre 7 • Algorithmes pour la phylogénie moléculaire
77
7.1 Parcimonie
78
7.1.1 Algorithme
78
7.1.2 Heuristiques
82
7.1.3 Propriétés
82
7.1.4 Implémentations
83
7.1.5 Longueurs de branches des arbres de parcimonie
83
7.1.6 Traitement des indels
84
7.2 Méthodes de distances
85
7.2.1 Méthode d’évolution minimale
86
7.2.2 Méthode Neighbor-Joining
86
7.3 Maximum de vraisemblance
89
7.3.1 Modèle probabiliste utilisé au maximum de vraisemblance
90
7.3.2 Calcul de la vraisemblance
90
7.3.3 L’algorithme de Felsenstein
91
7.3.4 Prise en compte de la variabilité des vitesses d’évolution entre sites
92
7.3.5 Optimisation de la vraisemblance
93
7.3.6 Implémentation
94
7.4 Estimation de la fiabilité d’un arbre par bootstrap
94
7.5 Choix des méthodes de calcul d’arbres
97
Chapitre 8 • Recherche de fonctions
99
8.1 Définitions
99
8.2 Détection de signatures de séquence (PROSITE)
100
8.3 Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
103
8.4 Méthodes à base de profils
106
Chapitre 9 • Profils physico-chimiques
111
9.1 Pourquoi les profils physico-chimiques ?
111
9.2 Hydrophobie-paramètres-construction du profil – interprétation
111
9.3 Amphiphilie
114
9.4 Accessibilité au solvant
115
Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
117
10.1 Méthode « statistique empirique »
120
10.2 Méthode information directionnelle (GOR)
123
10.3 Méthode de recherche des plus proches voisins (NNM)
127
IV
6.3.1 Matrice de transition
67
6.3.2 Quelques modèles nucléotidiques de Markov
68
6.3.3 Longueur d’une branche
70
6.3.4 Modélisation de la variation des taux d’évolution entre sites
70
6.4 Choix des sites
72
6.5 Matrices de taux de substitution entre séquences protéiques
73
6.6 Distances évolutives entre paires de séquences
74
Chapitre 7 • Algorithmes pour la phylogénie moléculaire
77
7.1 Parcimonie
78
7.1.1 Algorithme
78
7.1.2 Heuristiques
82
7.1.3 Propriétés
82
7.1.4 Implémentations
83
7.1.5 Longueurs de branches des arbres de parcimonie
83
7.1.6 Traitement des indels
84
7.2 Méthodes de distances
85
7.2.1 Méthode d’évolution minimale
86
7.2.2 Méthode Neighbor-Joining
86
7.3 Maximum de vraisemblance
89
7.3.1 Modèle probabiliste utilisé au maximum de vraisemblance
90
7.3.2 Calcul de la vraisemblance
90
7.3.3 L’algorithme de Felsenstein
91
7.3.4 Prise en compte de la variabilité des vitesses d’évolution entre sites
92
7.3.5 Optimisation de la vraisemblance
93
7.3.6 Implémentation
94
7.4 Estimation de la fiabilité d’un arbre par bootstrap
94
7.5 Choix des méthodes de calcul d’arbres
97
Chapitre 8 • Recherche de fonctions
99
8.1 Définitions
99
8.2 Détection de signatures de séquence (PROSITE)
100
8.3 Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
103
8.4 Méthodes à base de profils
106
Chapitre 9 • Profils physico-chimiques
111
9.1 Pourquoi les profils physico-chimiques ?
111
9.2 Hydrophobie-paramètres-construction du profil – interprétation
111
9.3 Amphiphilie
114
9.4 Accessibilité au solvant
115
Chapitre 10 • Prédictions de structures secondaires
117
10.1 Méthode « statistique empirique »
120
10.2 Méthode information directionnelle (GOR)
123
10.3 Méthode de recherche des plus proches voisins (NNM)
127