III
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Comment utiliser cet ouvrage
VI
Avant-propos
IX
Chapitre 1 • La composition en acides aminés
1
1.1 Acides aminés et séquence
1
1.2 Informations déduites de la composition en acides aminés
4
Chapitre 2 • Bases de données pour données de bases
7
2.1 Les banques de données généralistes
7
2.2 Une entrée SWISS-PROT
14
2.3 Les interrogations Entrez, ACNUC, SRS
17
Chapitre 3 • La comparaison de deux séquences
21
3.1 Matrice de points
21
3.2 Matrice de substitution
26
Chapitre 4 • Recherche dans les banques
33
4.1 Score de similitude entre séquences
33
4.2 Recherche globale ou locale
36
4.3 FASTA
37
4.4 BLAST
41
Chapitre 5 • Alignement de séquences
47
5.1 Introduction
47
5.2 Comparaison de protéines homologues (algorithme global)
49
5.3 Meilleur chevauchement entre séquences (algorithme local)
52
5.4 Alignements multiples
54
5.5 Représentation « logo »
57
Chapitre 6 • Bases théoriques de la phylogénie moléculaire
59
6.1 Arbres phylogénétiques
59
6.1.1 Arbres racinés et arbres non racinés
61
6.1.2 Le format Newick d’arbres phylogénétiques
62
6.2 Arbre des espèces – arbres de gènes
63
6.2.1 Nombre d’arbres binaires possibles
64
6.3 Modèle markovien de l’évolution moléculaire
65
TABLE DES MATIÈRES