Chapitre 3 • La comparaison de deux séquences
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possibles de ressemblance entre deux séquences (et demandent une interprétation)
alors que l’alignement de deux séquences est un des choix possibles parmi toutes les
possibilités. Cependant, la capacité à réaliser des alignements multiples a offert la
possibilité de gérer de gros jeux de données et a eu tendance à faire disparaître les
matrices de points.
Figure 3.1 – Construction d’une matrice symétrique simple.
Deux protéines sont homologues si et seulement si elles résultent de l’évolution
à partir d’un ancêtre commun. En pratique, l’homologie entre deux protéines est
inférée avec confiance lorsque le pourcentage d’identité entre leurs deux
séquences est supérieur à 30 % et que l’alignement couvre 70 % des deux
séquences. En revanche, des protéines partageant moins de 30 % d’identité
peuvent être homologues (si le taux de mutation a été élevé au cours de
l’évolution). L’homologie est donc une propriété intrinsèque et ne peut être
qualifiée de forte ou de faible.
Homologie
Un palindrome est un mot qui se lit dans les deux sens comme LAVAL ou ANA
ou SIS. Ces palindromes sont fréquents dans les sites des acides nucléiques qui
fixent des protéines. Le plus souvent, le palindrome en biologie est imparfait
comme dans le cas du site de fixation du répresseur de l’opéron lactose.
Palindrome
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possibles de ressemblance entre deux séquences (et demandent une interprétation)
alors que l’alignement de deux séquences est un des choix possibles parmi toutes les
possibilités. Cependant, la capacité à réaliser des alignements multiples a offert la
possibilité de gérer de gros jeux de données et a eu tendance à faire disparaître les
matrices de points.
Figure 3.1 – Construction d’une matrice symétrique simple.
Deux protéines sont homologues si et seulement si elles résultent de l’évolution
à partir d’un ancêtre commun. En pratique, l’homologie entre deux protéines est
inférée avec confiance lorsque le pourcentage d’identité entre leurs deux
séquences est supérieur à 30 % et que l’alignement couvre 70 % des deux
séquences. En revanche, des protéines partageant moins de 30 % d’identité
peuvent être homologues (si le taux de mutation a été élevé au cours de
l’évolution). L’homologie est donc une propriété intrinsèque et ne peut être
qualifiée de forte ou de faible.
Homologie
Un palindrome est un mot qui se lit dans les deux sens comme LAVAL ou ANA
ou SIS. Ces palindromes sont fréquents dans les sites des acides nucléiques qui
fixent des protéines. Le plus souvent, le palindrome en biologie est imparfait
comme dans le cas du site de fixation du répresseur de l’opéron lactose.
Palindrome