Chapitre 2 • Bases de données pour données de bases
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Par exemple, la requête
sp=HIV2 and k=rev gene and t=CDS
permet de sélectionner toutes les parties codantes du gène rev dans les séquences de
virus HIV2 dans la banque de séquences choisie. Le critère sp=HIV2 sélectionne
toutes les séquences de l’espèce virale HIV2. Le critère k=mot-clé sélectionne
toutes les séquences dont l’annotation contient ce mot-clé. Le critère t=CDS conduit
à extraire des séquences disponibles les seules parties codant une protéine, les éventuels
introns étant aussi exclus. L’efficacité de la sélection de séquences par mot-clé est
limitée par la variabilité des mots-clés utilisés entre séquences (dans l’exemple, le
mot-clé « rev protein » est aussi utilisé). Le système ACNUC est accessible de
trois façons :
• à travers une interface Web permettant de formuler des requêtes multicritères et
d’extraire les séquences correspondantes ;
Figure 2.5 – Interrogation du NCBI par Entrez sur la base protéine.
Le champ Organism contient la valeur HUMAN et le champ Protein Name contient la
valeur MALATE DEHYDROGENASE. L’opérateur de combinaison est le ET logique (AND).