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2.3 • Les interrogations Entrez, ACNUC, SRS
FT
HELIX
120
122
FT
HELIX
125
148
FT
TURN
149
150
SQ
SEQUENCE
153 AA; 17053 MW; 5F84A2C481B8F0D5 CRC64;
GLSDGEWQLV LNVWGKVEAD IPGHGQEVLI RLFKGHPETL EKFDKFKHLK SEDEMKASED
LKKHGATVLT ALGGILKKKG HHEAEIKPLA QSHATKHKIP VKYLEFISEC IIQVLQSKHP
GDFGADAQGA MNKALELFRK DMASNYKELG FQG
//
Lors d’échanges de listes de protéines, il est recommandé de fournir la liste des
champs AC (avec éventuellement la liste des ID) afin de lever toute ambiguïté
concernant les protéines concernées.
2.3 LES INTERROGATIONS NTREZ
E
, ACNUC, SRS
Ces systèmes d’interrogations n’utilisent pas directement la séquence (comme traité
dans le chapitre 4) mais les informations concernant les séquences (annotation)
contenues dans les banques.
Les principaux systèmes d’interrogation sont EB-Eye (http://www.ebi.ac.uk/
ebisearch), ACNUC (http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/acnuc/acnuc.html), SRS en
Europe et Entrez aux États-Unis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery).
Les systèmes EB-Eye, disponibles à l’EBI (European Bioinformatics Institute,
situé au Royaume-Uni) et Entrez, disponible au NCBI (National Center for Biotechnology Information, aux États-Unis) permettent d’interroger depuis un navigateur
Web toutes les banques de données de séquences à partir d’une ou plusieurs chaînes
de caractères qui seront cherchées dans les annotations des séquences de toutes les
banques. Ces systèmes, et particulièrement Entrez, permettent aussi d’interroger la
banque de données MEDLINE réunissant tous les articles de la littérature scientifique médicale et une grande partie de la littérature biologique.
Le système Entrez permet d’interroger très rapidement des ressources très
diverses et nombreuses comme par exemple PubMed pour la bibliographie en biologie et médecine, la banque des taxons, la banque Nucléotide GenBank, séquence et
structure de protéine. L’avantage du système d’interrogation du NCBI est de proposer une interface unique, très simple (figure 2.5) qui permet de construire des
requêtes complexes associant les différents champs (ou annotation) aux opérateurs
logiques d’addition (AND), d’exclusion (OR) ou de négation (NOT). De plus,
l’interface ainsi que la logique d’interrogation est conservée selon les domaines et la
nature des ressources interrogées. De même, il est possible de combiner des requêtes
pour croiser des listes de résultats.
Le système ACNUC permet une recherche multicritère sur une banque, qui peut
être GenBank, ENA/EMBL ou UniProtKB/SwissProt. Cette recherche peut se faire
à partir de listes de sélections successives sur lesquelles on peut appliquer des opérations logiques (AND, OR, NOT).
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153 AA; 17053 MW; 5F84A2C481B8F0D5 CRC64;
GLSDGEWQLV LNVWGKVEAD IPGHGQEVLI RLFKGHPETL EKFDKFKHLK SEDEMKASED
LKKHGATVLT ALGGILKKKG HHEAEIKPLA QSHATKHKIP VKYLEFISEC IIQVLQSKHP
GDFGADAQGA MNKALELFRK DMASNYKELG FQG
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Lors d’échanges de listes de protéines, il est recommandé de fournir la liste des
champs AC (avec éventuellement la liste des ID) afin de lever toute ambiguïté
concernant les protéines concernées.
2.3 LES INTERROGATIONS NTREZ
E
, ACNUC, SRS
Ces systèmes d’interrogations n’utilisent pas directement la séquence (comme traité
dans le chapitre 4) mais les informations concernant les séquences (annotation)
contenues dans les banques.
Les principaux systèmes d’interrogation sont EB-Eye (http://www.ebi.ac.uk/
ebisearch), ACNUC (http://pbil.univ-lyon1.fr/databases/acnuc/acnuc.html), SRS en
Europe et Entrez aux États-Unis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery).
Les systèmes EB-Eye, disponibles à l’EBI (European Bioinformatics Institute,
situé au Royaume-Uni) et Entrez, disponible au NCBI (National Center for Biotechnology Information, aux États-Unis) permettent d’interroger depuis un navigateur
Web toutes les banques de données de séquences à partir d’une ou plusieurs chaînes
de caractères qui seront cherchées dans les annotations des séquences de toutes les
banques. Ces systèmes, et particulièrement Entrez, permettent aussi d’interroger la
banque de données MEDLINE réunissant tous les articles de la littérature scientifique médicale et une grande partie de la littérature biologique.
Le système Entrez permet d’interroger très rapidement des ressources très
diverses et nombreuses comme par exemple PubMed pour la bibliographie en biologie et médecine, la banque des taxons, la banque Nucléotide GenBank, séquence et
structure de protéine. L’avantage du système d’interrogation du NCBI est de proposer une interface unique, très simple (figure 2.5) qui permet de construire des
requêtes complexes associant les différents champs (ou annotation) aux opérateurs
logiques d’addition (AND), d’exclusion (OR) ou de négation (NOT). De plus,
l’interface ainsi que la logique d’interrogation est conservée selon les domaines et la
nature des ressources interrogées. De même, il est possible de combiner des requêtes
pour croiser des listes de résultats.
Le système ACNUC permet une recherche multicritère sur une banque, qui peut
être GenBank, ENA/EMBL ou UniProtKB/SwissProt. Cette recherche peut se faire
à partir de listes de sélections successives sur lesquelles on peut appliquer des opérations logiques (AND, OR, NOT).