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Cas pratique de modélisation moléculaire de protéine par homologie
Model 8 78.3%
17.8%
2.3%
1.6%
. ramachandran plot : jpeg postscript
. ramachandran plots for all residue types : jpeg postscript
. main-chain parameters : jpeg postscript
. side-chain parameters : jpeg postscript
. residue properties : jpeg postscript
Model 9 79.8%
17.1%
0.0%
3.1%
. ramachandran plot : jpeg postscript
. ramachandran plots for all residue types : jpeg postscript
. main-chain parameters : jpeg postscript
. side-chain parameters : jpeg postscript
. residue properties : jpeg postscript
Model 10 77.5%
16.3%
3.1%
3.1%
. ramachandran plot : jpeg postscript
. ramachandran plots for all residue types : jpeg postscript
. main-chain parameters : jpeg postscript
. side-chain parameters : jpeg postscript
. residue properties : jpeg postscript
- Structural agreement between models (RMSD in angstrom) :
M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10
Model1
0.00 0.91 1.04 1.03 1.02 1.03 0.83 0.95 0.95 1.09
Model2
0.91 0.00 1.01 1.00 0.95 0.92 0.85 0.80 0.93 0.93
Model3
1.04 1.01 0.00 1.07 1.07 0.99 0.95 1.07 1.06 1.17
Model4
1.03 1.00 1.07 0.00 1.06 1.02 1.10 1.10 1.05 1.11
Model5
1.02 0.95 1.07 1.06 0.00 0.96 0.99 0.98 0.93 1.11
Model6
1.03 0.92 0.99 1.02 0.96 0.00 0.89 0.89 1.00 0.93
Model7
0.83 0.85 0.95 1.10 0.99 0.89 0.00 0.80 0.90 1.06
Model8
0.95 0.80 1.07 1.10 0.98 0.89 0.80 0.00 1.00 1.00
Model9
0.95 0.93 1.06 1.05 0.93 1.00 0.90 1.00 0.00 1.13
Model 10 1.09 0.93 1.17 1.11 1.11 0.93 1.06 1.00 1.13 0.00
. mean deviation : 0.991013
. superimposed pdb file : super.pdb
Figure B – Image de la superposition
des 10 modèles générés
(fichier super.pdb).