Cas pratique d’analyse de séquences
178
Recherche de signatures dans la protéine Y
1. Se servir des données précédentes et du serveur NPS@ pour identifier et caractériser la protéine Y. Proposer une explication de la différence de composition
théorique et expérimentale en acides aminés.
2. Vérification de l’hypothèse.
3. Rechercher les signatures dans la protéine Y avec Prosite sur NPS@.
4. Conclure sur la protéine Y.
Réponse
Le fichier obtenu après la recherche liste plus de 380 protéines candidates.
Laquelle est la protéine Y ? Une seule appartient à l’espèce Streptomyces griseus.
Il s’agit de P00777 (PRTB_STRGR). Il convient de s’assurer qu’il s’agit bien de
la bonne protéine. Pour cela, nous pouvons vérifier la composition en acides
aminés qui nous est fournie ci-avant en utilisant le lien NPSA. Malheureusement
la composition obtenue diffère beaucoup. Soit la protéine Y n’est pas dans la
banque UniProt, soit il y a une bonne raison pour que les compositions théoriques
et expérimentales diffèrent. En cliquant sur le lien P00777 du fichier résultat de
PattInProt, on peut lire que la protéine est une protéase (tiens tiens !) et que dans
le champ description il est mentionné le mot « PRECURSOR ». La protéine Y
dans la banque contiendrait donc la séquence expérimentale avec son précurseur.
Vérification de l’hypothèse d’un précurseur.
Pour cela il suffit de connaître ou commence la séquence Y mature (celle qui interagit expérimentalement avec X). Le séquençage d’Edman se faisant à partir de
l’extrémité Nter la protéine Y mature doit commencer par la séquence ISGG…
(partie en gras dans la séquence complète ci-après) :
>gnl|sp|P00777 (PRTB_STRGR) MRIKRTSNRSNAARRVRTTAVLAGLAAVAALAVPTANAETPRTFSANQLTAA
SDAVLGADIAGTAWNIDPQSKRLVVTVDSTVSKAEINQIKKSAGANADALRIERTPGKFTKLISGGDAIYSSTGRCSL
GFNVRSGSTYYFLTAGHCTDGATTWWANSARTTVLGTTSGSSFPNNDYGIVRYTNTTIPKDGTVGGQDITSAANATVG
MAVTRRGSTTGTHSGSVTALNATVNYGGGDVVYGMIRTNVCAEPGDSGGPLYSGTRAIGLTSGGSGNCSSGGTTFFQP
VTEALSAYGVSVY
Le calcul de la composition de la partie mature de Y redonne bien la composition
fournie par l’expérience au paragraphe 5.
Pourcentage expérimental en acides aminés (10 -2 )
A
8,11
F
2,70
L
3,78
R
4,32
G
17,30
M
1,08
S
11,89
Y
5,41
C
2,16
H
1,08
N
5,41
T
15,14
D
3,78
I
3,78
P
2,70
V
7,57
E
1,08
K
0,54
Q
1,08
W
1,08
178
Recherche de signatures dans la protéine Y
1. Se servir des données précédentes et du serveur NPS@ pour identifier et caractériser la protéine Y. Proposer une explication de la différence de composition
théorique et expérimentale en acides aminés.
2. Vérification de l’hypothèse.
3. Rechercher les signatures dans la protéine Y avec Prosite sur NPS@.
4. Conclure sur la protéine Y.
Réponse
Le fichier obtenu après la recherche liste plus de 380 protéines candidates.
Laquelle est la protéine Y ? Une seule appartient à l’espèce Streptomyces griseus.
Il s’agit de P00777 (PRTB_STRGR). Il convient de s’assurer qu’il s’agit bien de
la bonne protéine. Pour cela, nous pouvons vérifier la composition en acides
aminés qui nous est fournie ci-avant en utilisant le lien NPSA. Malheureusement
la composition obtenue diffère beaucoup. Soit la protéine Y n’est pas dans la
banque UniProt, soit il y a une bonne raison pour que les compositions théoriques
et expérimentales diffèrent. En cliquant sur le lien P00777 du fichier résultat de
PattInProt, on peut lire que la protéine est une protéase (tiens tiens !) et que dans
le champ description il est mentionné le mot « PRECURSOR ». La protéine Y
dans la banque contiendrait donc la séquence expérimentale avec son précurseur.
Vérification de l’hypothèse d’un précurseur.
Pour cela il suffit de connaître ou commence la séquence Y mature (celle qui interagit expérimentalement avec X). Le séquençage d’Edman se faisant à partir de
l’extrémité Nter la protéine Y mature doit commencer par la séquence ISGG…
(partie en gras dans la séquence complète ci-après) :
>gnl|sp|P00777 (PRTB_STRGR) MRIKRTSNRSNAARRVRTTAVLAGLAAVAALAVPTANAETPRTFSANQLTAA
SDAVLGADIAGTAWNIDPQSKRLVVTVDSTVSKAEINQIKKSAGANADALRIERTPGKFTKLISGGDAIYSSTGRCSL
GFNVRSGSTYYFLTAGHCTDGATTWWANSARTTVLGTTSGSSFPNNDYGIVRYTNTTIPKDGTVGGQDITSAANATVG
MAVTRRGSTTGTHSGSVTALNATVNYGGGDVVYGMIRTNVCAEPGDSGGPLYSGTRAIGLTSGGSGNCSSGGTTFFQP
VTEALSAYGVSVY
Le calcul de la composition de la partie mature de Y redonne bien la composition
fournie par l’expérience au paragraphe 5.
Pourcentage expérimental en acides aminés (10 -2 )
A
8,11
F
2,70
L
3,78
R
4,32
G
17,30
M
1,08
S
11,89
Y
5,41
C
2,16
H
1,08
N
5,41
T
15,14
D
3,78
I
3,78
P
2,70
V
7,57
E
1,08
K
0,54
Q
1,08
W
1,08