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Cas pratique d’analyse de séquences
différence entre les deux vaut 95,2. Cela signifie que la probabilité que les
séquences aient été générées par un processus pour lequel tous les sites n’évoluent
pas à la même vitesse est e
95
soit  2.10
41
fois plus élevée que la probabilité d’un
processus à vitesse partagée par tous les sites. La prise en compte de la variabilité
des taux entre sites est donc très pertinente.
É
2
TAPE
Une expérience « humide » complémentaire a montré que cette protéine X interagit
spécifiquement avec une protéine Y. Après purification de la protéine Y active à
partir du complexe, une séquence partielle en acides aminés de la protéine Y a été
déterminée par séquençage d’Edman et donne comme séquences possibles :
I-S-G-G-D ou I-S-G-G-N
Fréquence théorique du peptide consensus ISGG[DN]
1. Calculer la fréquence théorique en utilisant la table des fréquences des acides
aminés dans UniProt ci-dessous :
2. Revenir par Back à la page initiale (http://npsa-pbil.ibcp.fr).
3. Choisir "PattInProt: scan a protein sequence or a protein database for one or
several pattern(s)".
4. Taper dans la ligne motif1 : I-S-G-G-[DN].
5. Lancer la recherche sur SWISS-PROT.
Réponse
Les éléments d’apparition des acides amines étant indépendants, la fréquence F
du peptide ISGG[DN] s’écrit :
F= f(I) × f(S) × ᇾ
ᇿ
f(G)
2
× [f(D)+F(N)] = 1,88 10
–6
É
3
TAPE
Après purification de la protéine Y active, la composition en AA de la protéine Y qui
interagit avec X (en %) a été déterminée expérimentalement par analyse d’acides
aminés. Elle est fournie ci-après :
Fréquence théorique des acides aminés (10
-2
)
A
7,58
F
4,1
L
9,43
R
5,16
Y
3,19
G
6,84
M
2,37
S
7,13
C
1,66
H
2,24
N
4,44
T
5,67
D
5,27
I
5,81
P
4,92
V
6,58
E
6,36
K
5,94
Q
3,97
W
1,24