Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
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scores par ordre décroissant, le bon repliement figure souvent dans les dix premiers
scores. Cette méthode de threading est donc surtout utilisée pour exclure des repliements hautement improbables et ainsi réduire l’espace conformationnel à explorer.
Plusieurs programmes existent pour mettre en œuvre le threading comme Phyre
(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/), FROST, GenThreader ou I-TASSER (http://
zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/).
11.8.2 Modélisation par homologie
Pour simplifier, on peut dire que la modélisation par homologie est la voie la plus facile
pour obtenir des modèles de structure 3D de protéines de manière assez simple, automatique et d’assez bonne qualité. Elle repose sur le principe général que des protéines
homologues ont des structures 3D (architectures et/ou repliements) proches. Si une
structure 3D expérimentale homologue à la protéine d’intérêt est disponible, sa structure servira d’empreinte (ou de support) pour construire une structure proche ayant
la séquence (et donc la chimie associée) de la séquence d’intérêt.
Figure 11.18 – Aspects combinatoires du threading.
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scores par ordre décroissant, le bon repliement figure souvent dans les dix premiers
scores. Cette méthode de threading est donc surtout utilisée pour exclure des repliements hautement improbables et ainsi réduire l’espace conformationnel à explorer.
Plusieurs programmes existent pour mettre en œuvre le threading comme Phyre
(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/), FROST, GenThreader ou I-TASSER (http://
zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/).
11.8.2 Modélisation par homologie
Pour simplifier, on peut dire que la modélisation par homologie est la voie la plus facile
pour obtenir des modèles de structure 3D de protéines de manière assez simple, automatique et d’assez bonne qualité. Elle repose sur le principe général que des protéines
homologues ont des structures 3D (architectures et/ou repliements) proches. Si une
structure 3D expérimentale homologue à la protéine d’intérêt est disponible, sa structure servira d’empreinte (ou de support) pour construire une structure proche ayant
la séquence (et donc la chimie associée) de la séquence d’intérêt.
Figure 11.18 – Aspects combinatoires du threading.