Chapitre 11 • Prédiction de structures 3D
150
Par définition E Liée 0 et Eliée
≥
≈ kN (N nombre d’atomes)
où pour toute paire d’atome ij, A ij est une constante de répulsion et B ij une constante
d’attraction et r ij est la distance entre i et j
où qi et qj sont les charges portées par les atomes i et j, rij est la distance entre les
atomes i et j et D est la constante diélectrique du milieu (D eau = 80, D vide = 1)
Ce qui donne finalement pour une protéine de N atomes :
E prot ≈ k N Log(N)
Finalement :
Expression de l’énergie totale par mécanique moléculaire
Les méthodes « gros-grain » assimilent des groupes d’atomes sous forme de
sphères ou de pseudo-atomes (atome virtuel censé représenter plusieurs atomes et
localisé au barycentre ou au centre de gravité) et présentent l’avantage de permettre
l’étude de très gros systèmes (modélisation d’un compartiment ou de très gros
complexes comme les pores nucléaires, protéasomes, ribosomes, organites, bactérie). En revanche, ils nécessitent d’être paramétrés spécifiquement en fonction du
système ou de l’application. Il faut souligner que ces méthodes font l’objet de
recherche, sont encore préliminaires et sont encore peu utilisées par les biologistes.
Enfin, pour les besoins de la biologie et de la chimie thérapeutique, des méthodes
hybrides (QMMM) ont été développées pour coupler les deux premières méthodes
afin d’avoir une bonne précision sur un site actif et une approximation raisonnable
sur le reste de la molécule. Cela implique le couplage de modèles et de codes.
E vdv
4 ij
A ij
r ij
12
------ -
B ij
r ij
6
-----–
i j
=
E e
q i q j
D r ij
------------- -
=
E NonLiée
k
N N 1
–
2
--------------------- -
=
E prot
k ij r ij r 0
ij
–
2
bonds
k
ijk ijk 0
ijk
–
2
angles
+
=
K
n
1
n
–
cos
+
n 1
=
N
dihedrals
K 0
–
2
impropers
+
+
4 ij
Ai j
r ij
12
------ -
B ij
r ij
6
-----
–
i j
q i q j
Dr ij
--------- -
i j
+
+
150
Par définition E Liée 0 et Eliée
≥
≈ kN (N nombre d’atomes)
où pour toute paire d’atome ij, A ij est une constante de répulsion et B ij une constante
d’attraction et r ij est la distance entre i et j
où qi et qj sont les charges portées par les atomes i et j, rij est la distance entre les
atomes i et j et D est la constante diélectrique du milieu (D eau = 80, D vide = 1)
Ce qui donne finalement pour une protéine de N atomes :
E prot ≈ k N Log(N)
Finalement :
Expression de l’énergie totale par mécanique moléculaire
Les méthodes « gros-grain » assimilent des groupes d’atomes sous forme de
sphères ou de pseudo-atomes (atome virtuel censé représenter plusieurs atomes et
localisé au barycentre ou au centre de gravité) et présentent l’avantage de permettre
l’étude de très gros systèmes (modélisation d’un compartiment ou de très gros
complexes comme les pores nucléaires, protéasomes, ribosomes, organites, bactérie). En revanche, ils nécessitent d’être paramétrés spécifiquement en fonction du
système ou de l’application. Il faut souligner que ces méthodes font l’objet de
recherche, sont encore préliminaires et sont encore peu utilisées par les biologistes.
Enfin, pour les besoins de la biologie et de la chimie thérapeutique, des méthodes
hybrides (QMMM) ont été développées pour coupler les deux premières méthodes
afin d’avoir une bonne précision sur un site actif et une approximation raisonnable
sur le reste de la molécule. Cela implique le couplage de modèles et de codes.
E vdv
4 ij
A ij
r ij
12
------ -
B ij
r ij
6
-----–
i j
=
E e
q i q j
D r ij
------------- -
=
E NonLiée
k
N N 1
–
2
--------------------- -
=
E prot
k ij r ij r 0
ij
–
2
bonds
k
ijk ijk 0
ijk
–
2
angles
+
=
K
n
1
n
–
cos
+
n 1
=
N
dihedrals
K 0
–
2
impropers
+
+
4 ij
Ai j
r ij
12
------ -
B ij
r ij
6
-----
–
i j
q i q j
Dr ij
--------- -
i j
+
+