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11.5 • Comparaisons de structures 3D
L’histogramme indique que des résidus 1-47 des deux structures sont très proches
et qu’elles divergent de 47-59.
Ainsi, une superposition sur les 47 premiers Cα donnera 0,33 Å et la figure 11.11.
Une superposition globale sur les 59 Cα acides aminés donnera un RMSD de 0,82 Å
et la figure 11.12 :
En général, le biochimiste souhaite superposer plus de deux molécules. Dans ce
cas, il peut aligner progressivement par paire mais il existe aussi des programmes
qui permettent d’aligner simultanément plusieurs structures. Le tableau 11.2 répertorie quelques sites internet utiles pour superposer les structures 3D.
Tableau 11.2 – Principaux logiciels de superposition de structures 3D de protéines.
Nom
Adresses Internet
MultiProt
http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/MultiProt/
SuperPose
http://wishart.biology.ualberta.ca/SuperPose/
SALIGN
http://salilab.org/DBAli/?page=tools&action=f_salign
K2, K2SA
http://zlab.bu.edu/k2sa/
FAST
http://biowulf.bu.edu/FAST/
CE
http://cl.sdsc.edu
DaliLite
http://www.ebi.ac.uk/DaliLite/
Mammoth
http://ub.cbm.uam.es/software/mammoth.php
FATCAT
http://fatcat.burnham.org/fatcat-cgi/cgi/fatcat.pl?-func=pairwise
POSA
http://fatcat.burnham.org/POSA
GANGSTA+
http://agknapp.chemie.fu-berlin.de/gplus/index.php
TopMatch
http://topmatch.services.came.sbg.ac.at/
PDB
http://www.pdbj.org/ASH/index.html
SABERTOOTH
http://esther.fkp.physik.tu-darmstadt.de/sabertooth/
C-alpha match
http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/c_alpha_match/
SSM
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/
ALADYN
http://aladyn.escience-lab.org/
NPS@
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_fit.html
Figure 11.11 – Superposition sur
les 47 premiers carbones alpha.
Figure 11.12 – Superposition
globale sur les 59 carbones alpha.