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© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
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PROFILS
PHYSICO-CHIMIQUES
9.1 POURQUOI
-
?
LES PROFILS PHYSICO CHIMIQUES
Les profils physico-chimiques permettent de tenter de répondre à quatre questions
principales :
• Quelles régions de la protéine sont exposées à l’extérieur ?
• Existe-t-il des segments transmembranaires ?
• La protéine présente-elle des régions intrinsèquement non structurées ?
• Comment obtenir des anticorps contre une protéine dont seule la séquence est disponible ?
9.2 HYDROPHOBIE PARAMÈTRES CONSTRUCTION
-
-
DU PROFIL – INTERPRÉTATION
Rappelons tout d’abord que l’hydrophobie (hydrophobe signifie « qui n’aime pas
l’eau ») est la force qui provoque le repliement des protéines de manière à ce que les
zones hydrophobes soient enfouies au cœur de la protéine de façon à éviter l’eau. Après
repliement, au contraire, les zones hydrophiles seront exposées. Le principe de la
méthode repose sur l’identification à partir de la séquence des régions hydrophobes
(qui seront enfouies dans le repliement). Tout d’abord, précisons qu’un acide aminé
seul n’est pas hydrophobe (tous les acides aminés libres sont solubles dans l’eau) mais
que la chaîne latérale d’un résidu (acide aminé d’une chaîne polypeptidique) peut
PLAN
9.1 Pourquoi les profils physico-chimiques ?
9.2 Hydrophobie-paramètres-construction du profil – interprétation
9.3 Amphiphilie
9.4 Accessibilité au solvant
OBJECTIFS
➤ Savoir construire un profil physico-chimique
➤ Interpréter un profil physico-chimique
➤ Savoir prédire les régions antigéniques
➤ Savoir prédire les zones désordonnées
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PROFILS
PHYSICO-CHIMIQUES
9.1 POURQUOI
-
?
LES PROFILS PHYSICO CHIMIQUES
Les profils physico-chimiques permettent de tenter de répondre à quatre questions
principales :
• Quelles régions de la protéine sont exposées à l’extérieur ?
• Existe-t-il des segments transmembranaires ?
• La protéine présente-elle des régions intrinsèquement non structurées ?
• Comment obtenir des anticorps contre une protéine dont seule la séquence est disponible ?
9.2 HYDROPHOBIE PARAMÈTRES CONSTRUCTION
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DU PROFIL – INTERPRÉTATION
Rappelons tout d’abord que l’hydrophobie (hydrophobe signifie « qui n’aime pas
l’eau ») est la force qui provoque le repliement des protéines de manière à ce que les
zones hydrophobes soient enfouies au cœur de la protéine de façon à éviter l’eau. Après
repliement, au contraire, les zones hydrophiles seront exposées. Le principe de la
méthode repose sur l’identification à partir de la séquence des régions hydrophobes
(qui seront enfouies dans le repliement). Tout d’abord, précisons qu’un acide aminé
seul n’est pas hydrophobe (tous les acides aminés libres sont solubles dans l’eau) mais
que la chaîne latérale d’un résidu (acide aminé d’une chaîne polypeptidique) peut
PLAN
9.1 Pourquoi les profils physico-chimiques ?
9.2 Hydrophobie-paramètres-construction du profil – interprétation
9.3 Amphiphilie
9.4 Accessibilité au solvant
OBJECTIFS
➤ Savoir construire un profil physico-chimique
➤ Interpréter un profil physico-chimique
➤ Savoir prédire les régions antigéniques
➤ Savoir prédire les zones désordonnées