Chapitre 8 • Recherche de fonctions
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8.2 DÉTECTION DE SIGNATURES DE SÉQUENCE (PROSITE)
Les signatures sont sous la forme syntaxique suivante.
• Chaque position est séparée par un tiret : -.
• Une position peut être répétée un nombre fixe de fois indiqué entre (). Si le
nombre de fois est variable la syntaxe est de la forme (min, max).
• Les [] entourent les acides aminés autorisés à une position.
• Les {} entourent les acides aminés interdits à une position.
• Le < indique que la signature est située au début de la séquence
• Le > indique que la signature est située à la fin de la séquence
Exemple de signature :
contraintes définies par la signature par opposition à la séquence MGTYYKALP
(qui présente un T non permis en position 3).
Les signatures ont été mises au point selon un compromis entre la spécificité
(capacité de ne pas identifier de séquences intruses) et la sensibilité (capacité de
détecter le maximum de séquences connues pour avoir la fonction en commun).
Le premier dictionnaire de signatures proposé par Bairoch est la base PROSITE.
La base se présente sous la forme de deux fichiers séparés : un fichier de signatures :
PROSITE.DAT, et un fichier de documentation PROSITE.DOC, avec un système de
références croisées entre les deux. PROSITE répertorie environ 1 500 signatures qui
couvrent largement les principales fonctions biologiques.
Le format d’une entrée est la suivante. Le séparateur d’entrée est le //. AC est le
numéro d’accès. Le champ
contient les dates de création, de mise à jour de la
DT
signature et de la documentation. Le champ DE est un descripteur de la famille
concernée. Les lignes
contiennent la signature (autant de lignes PA que nécessaire).
PA
Les lignes NR contiennent les statistiques de détection sur la banque indiquée (ici
56 vrais positifs). Les lignes CC sont des annotations. Les lignes DR répertorient les
Figure 8.1 – Définitions de signature, motif, site.
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8.2 DÉTECTION DE SIGNATURES DE SÉQUENCE (PROSITE)
Les signatures sont sous la forme syntaxique suivante.
• Chaque position est séparée par un tiret : -.
• Une position peut être répétée un nombre fixe de fois indiqué entre (). Si le
nombre de fois est variable la syntaxe est de la forme (min, max).
• Les [] entourent les acides aminés autorisés à une position.
• Les {} entourent les acides aminés interdits à une position.
• Le < indique que la signature est située au début de la séquence
• Le > indique que la signature est située à la fin de la séquence
Exemple de signature :
contraintes définies par la signature par opposition à la séquence MGTYYKALP
(qui présente un T non permis en position 3).
Les signatures ont été mises au point selon un compromis entre la spécificité
(capacité de ne pas identifier de séquences intruses) et la sensibilité (capacité de
détecter le maximum de séquences connues pour avoir la fonction en commun).
Le premier dictionnaire de signatures proposé par Bairoch est la base PROSITE.
La base se présente sous la forme de deux fichiers séparés : un fichier de signatures :
PROSITE.DAT, et un fichier de documentation PROSITE.DOC, avec un système de
références croisées entre les deux. PROSITE répertorie environ 1 500 signatures qui
couvrent largement les principales fonctions biologiques.
Le format d’une entrée est la suivante. Le séparateur d’entrée est le //. AC est le
numéro d’accès. Le champ
contient les dates de création, de mise à jour de la
DT
signature et de la documentation. Le champ DE est un descripteur de la famille
concernée. Les lignes
contiennent la signature (autant de lignes PA que nécessaire).
PA
Les lignes NR contiennent les statistiques de détection sur la banque indiquée (ici
56 vrais positifs). Les lignes CC sont des annotations. Les lignes DR répertorient les
Figure 8.1 – Définitions de signature, motif, site.