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© Dunod – Toute reproduction non autorisée est un délit.
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RECHERCHE DE
FONCTIONS
8.1 DÉFINITIONS
Une des questions récurrentes d’un biologiste est l’identification de fonctions à
partir de séquences ou de structures. Pour cela, le point de départ est un alignement
multiple de séquences de protéines homologues à partir duquel une signature (une
expression régulière au sens informatique) est définie comme une portion de
séquence consensus conservée et spécifique d’une famille donnée. Tout d’abord, il
convient de donner les différentes définitions de signatures, motifs sites
et
. Ces
trois notions font appel à des niveaux d’organisation différents des protéines.
PLAN
8.1 Définitions
8.2 Détection simple de signatures de séquence (PROSITE)
8.3 Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
8.4 Méthodes à base de profils
OBJECTIFS
➤ Savoir chercher la fonction d’une protéine
➤ Comprendre la syntaxe du dictionnaire PROSITE
➤ Savoir rechercher une signature
➤ Savoir pénaliser les erreurs sur positions fixes
➤ Comprendre la base des profils
Une signature (ou pattern) se définit comme une séquence partielle dégénérée qui
tient compte de la variabilité des protéines qui partagent une fonction ou une
activité commune. Un motif est un enchaînement d’éléments de structures
secondaires qui assure une fonction générique portée par des protéines différentes
(par exemple, le motif hélice-tour-hélice ou motif de fixation d’ATP). Un site est
l’ensemble des atomes qui sont impliqués directement dans une activité
biologique (par exemple enzymatique) en s’affranchissant de la séquence et du
repliement. Dès lors, il peut exister des signatures particulières de motifs ou de
sites.
Signatures, motifs, sites
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RECHERCHE DE
FONCTIONS
8.1 DÉFINITIONS
Une des questions récurrentes d’un biologiste est l’identification de fonctions à
partir de séquences ou de structures. Pour cela, le point de départ est un alignement
multiple de séquences de protéines homologues à partir duquel une signature (une
expression régulière au sens informatique) est définie comme une portion de
séquence consensus conservée et spécifique d’une famille donnée. Tout d’abord, il
convient de donner les différentes définitions de signatures, motifs sites
et
. Ces
trois notions font appel à des niveaux d’organisation différents des protéines.
PLAN
8.1 Définitions
8.2 Détection simple de signatures de séquence (PROSITE)
8.3 Recherche de fonction avec pondération par la fréquence
8.4 Méthodes à base de profils
OBJECTIFS
➤ Savoir chercher la fonction d’une protéine
➤ Comprendre la syntaxe du dictionnaire PROSITE
➤ Savoir rechercher une signature
➤ Savoir pénaliser les erreurs sur positions fixes
➤ Comprendre la base des profils
Une signature (ou pattern) se définit comme une séquence partielle dégénérée qui
tient compte de la variabilité des protéines qui partagent une fonction ou une
activité commune. Un motif est un enchaînement d’éléments de structures
secondaires qui assure une fonction générique portée par des protéines différentes
(par exemple, le motif hélice-tour-hélice ou motif de fixation d’ATP). Un site est
l’ensemble des atomes qui sont impliqués directement dans une activité
biologique (par exemple enzymatique) en s’affranchissant de la séquence et du
repliement. Dès lors, il peut exister des signatures particulières de motifs ou de
sites.
Signatures, motifs, sites