Chapitre 7 • Algorithmes pour la phylogénie moléculaire
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7.3.6 Implémentation
Les programmes PhyML et RaxML sont aujourd’hui parmi les implémentations les
plus efficaces et les plus complètes de la reconstruction phylogénétique au maximum de vraisemblance à partir de séquences nucléotidiques ou protéiques. Le programme SeaView permet les reconstructions au maximum de vraisemblance en
pilotant le programme PhyML (figure 7.12).
7.4 ESTIMATION DE LA
’
FIABILITÉ D UN ARBRE
PAR BOOTSTRAP
Une fois reconstruit un arbre
estion de la fiabilité de cet
phylogénétique, se pose la qu
arbre : existe-t-il un signal phylogénétique fort en faveur de cet arbre qui permette de
rejeter les hypothèses phylogénétiques alternatives ? Pour répondre à cette question,
il faut d’abord remarquer que l’information présente dans la topologie d’un arbre
phylogénétique est égale à la conjonction d’informations élémentaires portées par
chaque branche interne. Si l’on reprend la figure 6.2 (chapitre 6), on voit que la
topologie de cet arbre est constituée de deux morceaux d’information : une branche
Figure 7.12 – Dialogue de lancement d’un calcul
d’arbre par maximum de vraisemblance dans le
programme SeaView.
Le menu déroulant du haut permet de choisir le type de
matrice Q désiré. On voit ici les possibilités pour des
séquences nucléotidiques. Pour des protéines, on peut
choisir, entre autres, l’une des matrices LG, WAG, Dayhoff
(ou PAM) ou JTT. Les fréquences d’équilibre des bases
peuvent être fixées aux fréquences moyennes des
séquences, ou optimisées au maximum de vraisemblance. On peut prévoir ou non un paramètre I, fraction de
sites invariants, et en fixer la valeur a priori ou la faire estimer. On peut prévoir ou non une variabilité des vitesses
entre sites, et, si oui, choisir le nombre de classes de
vitesses possibles. Le paramètre est soit optimisé par le
programme soit fixé a priori. L’algorithme d’exploration des
topologies voisines peut effectuer les opérations NNI,
SPR, ou les deux successivement. L’arbre de départ de la
recherche du meilleur arbre est soit calculé par la
méthode BioNJ, soit donné par l’utilisateur.
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7.3.6 Implémentation
Les programmes PhyML et RaxML sont aujourd’hui parmi les implémentations les
plus efficaces et les plus complètes de la reconstruction phylogénétique au maximum de vraisemblance à partir de séquences nucléotidiques ou protéiques. Le programme SeaView permet les reconstructions au maximum de vraisemblance en
pilotant le programme PhyML (figure 7.12).
7.4 ESTIMATION DE LA
’
FIABILITÉ D UN ARBRE
PAR BOOTSTRAP
Une fois reconstruit un arbre
estion de la fiabilité de cet
phylogénétique, se pose la qu
arbre : existe-t-il un signal phylogénétique fort en faveur de cet arbre qui permette de
rejeter les hypothèses phylogénétiques alternatives ? Pour répondre à cette question,
il faut d’abord remarquer que l’information présente dans la topologie d’un arbre
phylogénétique est égale à la conjonction d’informations élémentaires portées par
chaque branche interne. Si l’on reprend la figure 6.2 (chapitre 6), on voit que la
topologie de cet arbre est constituée de deux morceaux d’information : une branche
Figure 7.12 – Dialogue de lancement d’un calcul
d’arbre par maximum de vraisemblance dans le
programme SeaView.
Le menu déroulant du haut permet de choisir le type de
matrice Q désiré. On voit ici les possibilités pour des
séquences nucléotidiques. Pour des protéines, on peut
choisir, entre autres, l’une des matrices LG, WAG, Dayhoff
(ou PAM) ou JTT. Les fréquences d’équilibre des bases
peuvent être fixées aux fréquences moyennes des
séquences, ou optimisées au maximum de vraisemblance. On peut prévoir ou non un paramètre I, fraction de
sites invariants, et en fixer la valeur a priori ou la faire estimer. On peut prévoir ou non une variabilité des vitesses
entre sites, et, si oui, choisir le nombre de classes de
vitesses possibles. Le paramètre est soit optimisé par le
programme soit fixé a priori. L’algorithme d’exploration des
topologies voisines peut effectuer les opérations NNI,
SPR, ou les deux successivement. L’arbre de départ de la
recherche du meilleur arbre est soit calculé par la
méthode BioNJ, soit donné par l’utilisateur.