Chapitre 7 • Algorithmes pour la phylogénie moléculaire
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L’arbre obtenu est non raciné. Il est nécessaire d’utiliser la méthode du groupe
externe pour pouvoir le raciner. La méthode Neighbor-Joining a été très fréquemment utilisée jusqu’à la fin des années 1990 alors que l’approche par maximum de
vraisemblance était difficilement applicable. Elle reste aujourd’hui très utile pour
traiter rapidement des alignements multiples d’un grand nombre de séquences.
Une amélioration à cette méthode a été apportée sous le nom BioNJ. Elle consiste
à pondérer les écarts entre distances induites et distances mesurées pour refléter le
fait que les grandes distances sont moins précisément estimées que les petites.
BioNJ tend à progressivement remplacer la méthode Neighbor-Joining.
La figure 7.10 présente le dialogue de lancement d’un calcul d’arbre par méthode
de distances avec le programme SeaView.
Figure 7.8 – Progression de la construction d’un arbre par Neighbor-Joining.
La construction de l’arbre suit le chemin indiqué par les flèches. À chaque étape,
tous les regroupements possibles de deux objets (en gris) parmi k sont envisagés, et celui qui produit l’arbre le plus court (encadré) est retenu.