Chapitre III : Applications des techniques de génétique
moléculaire dans l’identification des poissons
75
Des adaptateurs (gris clair) de séquence connue (en gras) et spécifiques de chacun des
deux sites de restriction sont ensuite fixés aux extrémités cohésives des fragments de
digestion par ligation (étape 2) (Khazaal et al.,2005).
L'utilisation d'un couple d'amorces (segments fléchés) complémentaires des adaptateurs et
munies d'une base sélective en 3' permet l'amplification d'une première sous-population de
fragments (étape 3)(Khazaal,et al., 2005).
Le processus s'achève par une seconde étape d'amplification à l'aide d'amorces complétées en
3' par trois bases sélectives supplémentaires (étape 4).
La séparation des produits d'amplification le plus souvent en gel d'acrylamide génère enfin un
profil multilocus, qui est spécifique pour chaque espèce(Khazaal, et al., 2005).
9. Application du barcoding moléculaire sur les espèces marines
L'identification correcte des espèces de poissons est importante pour la gestion des
pêches et de l'authentification des produits alimentaires. Barcoding permet une identification
rapide et efficace des espèces de poissons (Trivedi, et al., 2016).
Une étude a été menée par Rasmussen en 2009 ,son but est d’examiné la capacité du
codage à barres de l'ADN pour une identification fiable des espèces de saumon et de truite
(genres Oncorhynchus et Salmo) commercialement importantes en Amérique du Nord.
L'ADN a été extrait d'échantillons tissulaires utilisant un protocole automatisé à base de silice,
comme décrit dans (Ivanova, et al., 2006).
Après une amplification, les produits de la PCR ont été séparé sur gel d'agarose de 2 %
. Les images ont été photographiées sous la lumière UV avec un AlphaImager 3400 imaging
system, enfin les produits de la PCR ont été séquencés avec Big-DyeTerminator version 3.1
Pour déterminer si les écarts de barcode (barcode gaps) sont présents entre les espèces
de salmonidés examinée dans cette étude, les relations entre la divergence inter et intraspécifique ont été comparées pour chaque espèce.
moléculaire dans l’identification des poissons
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Des adaptateurs (gris clair) de séquence connue (en gras) et spécifiques de chacun des
deux sites de restriction sont ensuite fixés aux extrémités cohésives des fragments de
digestion par ligation (étape 2) (Khazaal et al.,2005).
L'utilisation d'un couple d'amorces (segments fléchés) complémentaires des adaptateurs et
munies d'une base sélective en 3' permet l'amplification d'une première sous-population de
fragments (étape 3)(Khazaal,et al., 2005).
Le processus s'achève par une seconde étape d'amplification à l'aide d'amorces complétées en
3' par trois bases sélectives supplémentaires (étape 4).
La séparation des produits d'amplification le plus souvent en gel d'acrylamide génère enfin un
profil multilocus, qui est spécifique pour chaque espèce(Khazaal, et al., 2005).
9. Application du barcoding moléculaire sur les espèces marines
L'identification correcte des espèces de poissons est importante pour la gestion des
pêches et de l'authentification des produits alimentaires. Barcoding permet une identification
rapide et efficace des espèces de poissons (Trivedi, et al., 2016).
Une étude a été menée par Rasmussen en 2009 ,son but est d’examiné la capacité du
codage à barres de l'ADN pour une identification fiable des espèces de saumon et de truite
(genres Oncorhynchus et Salmo) commercialement importantes en Amérique du Nord.
L'ADN a été extrait d'échantillons tissulaires utilisant un protocole automatisé à base de silice,
comme décrit dans (Ivanova, et al., 2006).
Après une amplification, les produits de la PCR ont été séparé sur gel d'agarose de 2 %
. Les images ont été photographiées sous la lumière UV avec un AlphaImager 3400 imaging
system, enfin les produits de la PCR ont été séquencés avec Big-DyeTerminator version 3.1
Pour déterminer si les écarts de barcode (barcode gaps) sont présents entre les espèces
de salmonidés examinée dans cette étude, les relations entre la divergence inter et intraspécifique ont été comparées pour chaque espèce.