Chapitre II
Matériel et méthodes
20
Figure 15 : Photographie des otolithes de G. niger.
3.3.5 Analyse de la forme des otolithes
Différentes approches sont utilisées pour décrire la taille et la forme des otolithes. Deux types
d‟information sont ainsi extraites : (a) les données univariées qui regroupent des mesures
morphométriques en lien avec la taille de l‟otolithe et des indices de forme en lien avec sa
morphologie (indices de forme, indices de distance) et (b) les données multivariées qui
décrivent l‟intégralité de la forme selon différentes transformations (l‟analyse des ellipses de
Fourier (EFA), Transformations en ondelettes, Méthode Géométrique ou Géomorphométique)
(Mahé, 2019).
Toutes les données et images ont été préparées pour être analysées par le package shapeR
dans le logiciel R (The R Foundation, 2021). Ce package élaboré par Libungan et Palsson
(2015) utilise ensemble les données et les images pour élaborer une analyse de la forme des
otolithes. shapeR peut automatiquement extraire un grand nombre de contours d'images
d‟otolithes. Ce package calcule les coefficients de Fourier et de Wavelet, et permet à la fin de
visualiser la forme moyenne de l‟otolithe pour chacun des stocks.
3.3.5.1 Analyse des ellipses de Fourier (EFA)
Cette technique décrit le contour de manière quantitative (Kuhl et Giardina, 1982 ; Lestrel
1997 ; Tracey et al., 2006 in Mahé, 2019). L‟EFA décrit la forme projetée dans un repère
orthonormé à 2 dimensions à travers l‟utilisation de composantes spécifiques appelées
harmonics. Chacune d‟entre elles est formée de 4 coefficients dénommés Descripteurs des
Ellipses de Fourier (EFDs) résultant de la linéarisation des coordonnées x et y de chaque point
de la forme externe (Bird et al., 1986 in Mahé, 2019).
La méthode de Fourier ne fournit des informations que sur les différences globales dans la
forme des otolithes, mais pas dans des endroits précis (Libungan et al., 2015 in Kikuchi et al.,
2020).
Matériel et méthodes
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Figure 15 : Photographie des otolithes de G. niger.
3.3.5 Analyse de la forme des otolithes
Différentes approches sont utilisées pour décrire la taille et la forme des otolithes. Deux types
d‟information sont ainsi extraites : (a) les données univariées qui regroupent des mesures
morphométriques en lien avec la taille de l‟otolithe et des indices de forme en lien avec sa
morphologie (indices de forme, indices de distance) et (b) les données multivariées qui
décrivent l‟intégralité de la forme selon différentes transformations (l‟analyse des ellipses de
Fourier (EFA), Transformations en ondelettes, Méthode Géométrique ou Géomorphométique)
(Mahé, 2019).
Toutes les données et images ont été préparées pour être analysées par le package shapeR
dans le logiciel R (The R Foundation, 2021). Ce package élaboré par Libungan et Palsson
(2015) utilise ensemble les données et les images pour élaborer une analyse de la forme des
otolithes. shapeR peut automatiquement extraire un grand nombre de contours d'images
d‟otolithes. Ce package calcule les coefficients de Fourier et de Wavelet, et permet à la fin de
visualiser la forme moyenne de l‟otolithe pour chacun des stocks.
3.3.5.1 Analyse des ellipses de Fourier (EFA)
Cette technique décrit le contour de manière quantitative (Kuhl et Giardina, 1982 ; Lestrel
1997 ; Tracey et al., 2006 in Mahé, 2019). L‟EFA décrit la forme projetée dans un repère
orthonormé à 2 dimensions à travers l‟utilisation de composantes spécifiques appelées
harmonics. Chacune d‟entre elles est formée de 4 coefficients dénommés Descripteurs des
Ellipses de Fourier (EFDs) résultant de la linéarisation des coordonnées x et y de chaque point
de la forme externe (Bird et al., 1986 in Mahé, 2019).
La méthode de Fourier ne fournit des informations que sur les différences globales dans la
forme des otolithes, mais pas dans des endroits précis (Libungan et al., 2015 in Kikuchi et al.,
2020).