CONCLUSIONS
ET
PERSPECTIVES
155
Il a été également constaté que les souches produisant des taux élevés de biosurfactants
dégradaient mieux le pétrole brut, ce qui indique que la production de biosurfactants
extracellulaires pourrait être l'un des mécanismes sous-jacents mis en œuvre par les bactéries
pour la métabolisation du pétrole brut (Banat et al., 2010).
• Détection des gènes de dégradation :
Dans une optique de bioremédiation, l’analyse des gènes intervenant dans les processus de
dégradation est un paramètre clé. Lors de cette étude, différents gènes intervenant dans
l’attaque initiale des hydrocarbures aromatiques et aliphatiques ont été choisis. Il s’agit des
gènes codant pour les monooxygénase (alkB et xylA) qui sont considérés comme des
marqueurs moléculaires de la biodégradation des hydrocarbures (Fuentes al., 2014).
Le gène alkB a été détecté dans plusieurs souches tandis que le gène xylA n’a été détecté que
dans une seule souche. Cette dernière (PSF-43Sw) apparentée à Marinobacter a donné des
résultats positifs avec les deux gènes. Ceci dit, pour quelques souches aucun des gènes étudiés
n’a été détecté. La grande diversité de ces gènes rend difficile leur détection au sein des
souches isolées (Paisse et al., 2011). Ceci peut être dû aussi au manque de sensibilité de la
méthode ainsi qu’à une divergence avec les amorces utilisées mais aussi du fait que tous les
gènes impliqués n’ont pas été recherchés.
Les résultats obtenus dans ce travail démontrent la diversité des bactéries dégradant les
hydrocarbures provenant d’une zone contaminée, et leurs capacités variables de
biodégradation. La connaissance du potentiel de biodégradation et l’étude des communautés
microbiennes biodégradatrices associées à l'eau de mer et aux sédiments contaminés est une
condition importante pour les futures applications de bioremédiation. La collection des
bactéries obtenue dans cette étude pourrait être exploités pour des applications
biotechnologiques
Au regard de l’ensemble des résultats obtenus, les principales perspectives de recherche qui
pourraient être mises en œuvre à ce stade, seraient de plusieurs types :
Ø L’étude de la diversité par la méthode DGGE nous a permis de comparer la diversité
bactérienne entre les échantillons d’eau et de sédiment. Cependant il conviendrait de
séquencer les différentes bandes des différent profils DGGE afin d’identifier les
genres bactériens présents et dominants dans les différents échantillons et de pouvoir
ET
PERSPECTIVES
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Il a été également constaté que les souches produisant des taux élevés de biosurfactants
dégradaient mieux le pétrole brut, ce qui indique que la production de biosurfactants
extracellulaires pourrait être l'un des mécanismes sous-jacents mis en œuvre par les bactéries
pour la métabolisation du pétrole brut (Banat et al., 2010).
• Détection des gènes de dégradation :
Dans une optique de bioremédiation, l’analyse des gènes intervenant dans les processus de
dégradation est un paramètre clé. Lors de cette étude, différents gènes intervenant dans
l’attaque initiale des hydrocarbures aromatiques et aliphatiques ont été choisis. Il s’agit des
gènes codant pour les monooxygénase (alkB et xylA) qui sont considérés comme des
marqueurs moléculaires de la biodégradation des hydrocarbures (Fuentes al., 2014).
Le gène alkB a été détecté dans plusieurs souches tandis que le gène xylA n’a été détecté que
dans une seule souche. Cette dernière (PSF-43Sw) apparentée à Marinobacter a donné des
résultats positifs avec les deux gènes. Ceci dit, pour quelques souches aucun des gènes étudiés
n’a été détecté. La grande diversité de ces gènes rend difficile leur détection au sein des
souches isolées (Paisse et al., 2011). Ceci peut être dû aussi au manque de sensibilité de la
méthode ainsi qu’à une divergence avec les amorces utilisées mais aussi du fait que tous les
gènes impliqués n’ont pas été recherchés.
Les résultats obtenus dans ce travail démontrent la diversité des bactéries dégradant les
hydrocarbures provenant d’une zone contaminée, et leurs capacités variables de
biodégradation. La connaissance du potentiel de biodégradation et l’étude des communautés
microbiennes biodégradatrices associées à l'eau de mer et aux sédiments contaminés est une
condition importante pour les futures applications de bioremédiation. La collection des
bactéries obtenue dans cette étude pourrait être exploités pour des applications
biotechnologiques
Au regard de l’ensemble des résultats obtenus, les principales perspectives de recherche qui
pourraient être mises en œuvre à ce stade, seraient de plusieurs types :
Ø L’étude de la diversité par la méthode DGGE nous a permis de comparer la diversité
bactérienne entre les échantillons d’eau et de sédiment. Cependant il conviendrait de
séquencer les différentes bandes des différent profils DGGE afin d’identifier les
genres bactériens présents et dominants dans les différents échantillons et de pouvoir