CHAPITRE V
Résultats & Discussion
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Le fait que l'identité maximale pour ces séquences ait été trouvée avec une souche
taxonomiquement éloignée suggère un mécanisme possible de "transfert de gène horizontal",
à savoir l'acquisition de ce gène non pas à partir de cellules ascendantes, mais à partir de
bactéries phylogénétiquement éloignées. Comme on le sait déjà pour d’autres microorganismes dégradants d’alcanes, le groupe entier alkSB1GHJ est une région d’origine
étrangère; caractérisée par une teneur significativement faible en G + C et par la présence de
transposases hypothétiques aux extrémités, qui permettent le transfert aléatoire entre bactéries
à travers des éléments génétiques mobiles (Yakimov et al., 2007 ; Catania, 2018).
En revanche, alkB n'a pas pu être détecté dans les isolats liés à Halomonas, Xanthomarina,
Erythrobacter et Micrococcus bien qu'ils aient pu se développer en présence d’alcanes.
D’après Kloos et collaborateurs (2006), des régions conservées ont été choisies pour la
conception de ces amorces. Les fragments amplifiés ne représentent pas la totalité des gènes
considérés. Pour tous les cas ou aucune amplification n’est observée, et au vu des
performances de dégradation obtenues vis-à-vis des hydrocarbures brut dans notre travail, il
est probable qu’un gène codant l’alcane hydroxylase alkB soit présent. Cependant, sa
séquence divergerait suffisamment pour ne pas permettre l’hybridation avec le couple
d’amorces utilisées au cours de l’amplification (Paisse et al., 2011).
Beaucoup de voies métaboliques de dégradation empruntées sont en effet encore inconnues.
Ce ne sont par ailleurs pas forcément les microorganismes les plus représentés dans les
banques des souches bactériennes identifiées par l’ADNr 16S qui sont les plus actifs au sein
d’un écosystème. Les capacités de dégradation sont probablement dispersées au sein de ces
microflores. Beaucoup de gènes identifiés jusqu’à maintenant semblent par ailleurs situés sur
des plasmides. Il existe probablement de nombreux cas de transferts horizontaux entre
microorganismes qui favorisent le transfert des capacités de dégradation au sein d’une
microflore (M’rassi et al., 2015).
L’étude du gène alkB a permis de mettre en évidence la présence de ce gène chez les bactéries
isolée des échantillons de sédiment et d’eau de mer contaminés par les hydrocarbures du port
de Sidi Fredj. Ainsi malgré l’optimisation des outils utilisés pour la détection de ce gène chez
les bactéries, le gène alkB ne permet pas de rendre compte de la réponse à une contamination
pétrolière dans l’environnement étudié. Plusieurs hypothèses peuvent expliquer ces
observations. Tout d’abord, la dégradation des alcanes au sein de communautés impliquerait
plusieurs familles d’enzymes, dont les cytochromes P450, aux spécificités de substrats
différentes. Il serait donc intéressant de suivre également la détection des gènes codant pour
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Le fait que l'identité maximale pour ces séquences ait été trouvée avec une souche
taxonomiquement éloignée suggère un mécanisme possible de "transfert de gène horizontal",
à savoir l'acquisition de ce gène non pas à partir de cellules ascendantes, mais à partir de
bactéries phylogénétiquement éloignées. Comme on le sait déjà pour d’autres microorganismes dégradants d’alcanes, le groupe entier alkSB1GHJ est une région d’origine
étrangère; caractérisée par une teneur significativement faible en G + C et par la présence de
transposases hypothétiques aux extrémités, qui permettent le transfert aléatoire entre bactéries
à travers des éléments génétiques mobiles (Yakimov et al., 2007 ; Catania, 2018).
En revanche, alkB n'a pas pu être détecté dans les isolats liés à Halomonas, Xanthomarina,
Erythrobacter et Micrococcus bien qu'ils aient pu se développer en présence d’alcanes.
D’après Kloos et collaborateurs (2006), des régions conservées ont été choisies pour la
conception de ces amorces. Les fragments amplifiés ne représentent pas la totalité des gènes
considérés. Pour tous les cas ou aucune amplification n’est observée, et au vu des
performances de dégradation obtenues vis-à-vis des hydrocarbures brut dans notre travail, il
est probable qu’un gène codant l’alcane hydroxylase alkB soit présent. Cependant, sa
séquence divergerait suffisamment pour ne pas permettre l’hybridation avec le couple
d’amorces utilisées au cours de l’amplification (Paisse et al., 2011).
Beaucoup de voies métaboliques de dégradation empruntées sont en effet encore inconnues.
Ce ne sont par ailleurs pas forcément les microorganismes les plus représentés dans les
banques des souches bactériennes identifiées par l’ADNr 16S qui sont les plus actifs au sein
d’un écosystème. Les capacités de dégradation sont probablement dispersées au sein de ces
microflores. Beaucoup de gènes identifiés jusqu’à maintenant semblent par ailleurs situés sur
des plasmides. Il existe probablement de nombreux cas de transferts horizontaux entre
microorganismes qui favorisent le transfert des capacités de dégradation au sein d’une
microflore (M’rassi et al., 2015).
L’étude du gène alkB a permis de mettre en évidence la présence de ce gène chez les bactéries
isolée des échantillons de sédiment et d’eau de mer contaminés par les hydrocarbures du port
de Sidi Fredj. Ainsi malgré l’optimisation des outils utilisés pour la détection de ce gène chez
les bactéries, le gène alkB ne permet pas de rendre compte de la réponse à une contamination
pétrolière dans l’environnement étudié. Plusieurs hypothèses peuvent expliquer ces
observations. Tout d’abord, la dégradation des alcanes au sein de communautés impliquerait
plusieurs familles d’enzymes, dont les cytochromes P450, aux spécificités de substrats
différentes. Il serait donc intéressant de suivre également la détection des gènes codant pour