CHAPITRE V
Résultats & Discussion
134
Figure 49. Gel d’électrophorèse (1%) des produits PCR de l’alkB des souches sélectionnées
(C+=Contrôle positif, M= marqueur de taille 1k bp)
Les souches contenant le gène alkB comprenaient celles affiliées à Alcanivorax,
Marinobacter, Gordonia, Pseudomonas et Brevibacterium. Au moins un isolat de chaque
genre a été sélectionné pour le séquençage. Les séquences obtenues, de longueurs variables,
ont été comparées aux séquences de la base de données du "Centre national d'information sur
la biotechnologie (NCBI)" par le biais du programme nucléotide BLAST (blastn). Les
résultats sont rapportés dans le tableau 24.
L’analyse nucléotidique des séquences du gène alkB a révélé que l’identité des fragments
amplifiés était cohérente avec l’identification basée sur le 16S pour Alcanivorax,
Marinobacter et Gordonia au niveau du genre (99% Id). Ces bactéries sont connues dans la
littérature pour leurs capacités cataboliques vis-à-vis des hydrocarbures pétroliers. .
A.borkumensis possède deux systèmes alkB alkane hydroxylase et trois gènes codant pour les
cytochromes P450 impliqués dans l'oxydation d'alcanes ramifiés (Scheinker et al., 2006).
En revanche, le gène alkB appartenant à Brevibacterium présentait une identité de séquence
nucléotique identique à 99% avec Dietzia sp et celui de Pseudomonas taiwanensis à
Marinobacter salarius (99%)
Résultats & Discussion
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Figure 49. Gel d’électrophorèse (1%) des produits PCR de l’alkB des souches sélectionnées
(C+=Contrôle positif, M= marqueur de taille 1k bp)
Les souches contenant le gène alkB comprenaient celles affiliées à Alcanivorax,
Marinobacter, Gordonia, Pseudomonas et Brevibacterium. Au moins un isolat de chaque
genre a été sélectionné pour le séquençage. Les séquences obtenues, de longueurs variables,
ont été comparées aux séquences de la base de données du "Centre national d'information sur
la biotechnologie (NCBI)" par le biais du programme nucléotide BLAST (blastn). Les
résultats sont rapportés dans le tableau 24.
L’analyse nucléotidique des séquences du gène alkB a révélé que l’identité des fragments
amplifiés était cohérente avec l’identification basée sur le 16S pour Alcanivorax,
Marinobacter et Gordonia au niveau du genre (99% Id). Ces bactéries sont connues dans la
littérature pour leurs capacités cataboliques vis-à-vis des hydrocarbures pétroliers. .
A.borkumensis possède deux systèmes alkB alkane hydroxylase et trois gènes codant pour les
cytochromes P450 impliqués dans l'oxydation d'alcanes ramifiés (Scheinker et al., 2006).
En revanche, le gène alkB appartenant à Brevibacterium présentait une identité de séquence
nucléotique identique à 99% avec Dietzia sp et celui de Pseudomonas taiwanensis à
Marinobacter salarius (99%)