Chapitre II : La caractérisation de la phylogénie et de la résistance aux antibiotiques des
souches d’Escherichia coli isolées à partir de la moule « mytilus galloprovincialis ».
Matériels et méthodes
Tableau 4: liste des amorces utilisées pour la détermination de la phylogénie d'E.coli.
Gène
Séquence d'amorces S'-3'
Taille
de
l'amplifiai (pb)
Référence
chuA
chuA-F : GACGAACCAACGGTCAGGAT
chuA-R : TGCCGCCAGTACCAAAGACA
279
Clermont et al. 2000
ijaA
yjaA-1 : TGAAGTGTCAGGAGACGCTG
yjaA-2 : ATGGAGAATGCG1TCCTCAAC
211
TSPE4.C2
TspE4.C2-1 : GAGTAATGTCGGGGCATTCA
TspE4.C2-2 : CGCGCCAACAAAGTATTACG
152
II.6 Électrophorèse
L'électrophorèse sur gel est une méthode de séparation des macromolécules en fonction de leur taille, de leur
charge électrique et d'autres propriétés physiques (Westermeier, 1997).
Le principe de cette technique est basé sur la migration des amplifiat dans un gel d'agarose (1,2%) de
20cm x 25cm soumis à un courant électrique de 90 volts. Les amplifiats chargés négativement vont migrer
vers le pôle positif. La taille des produits d'amplification à été déterminée en utilisant un marqueur de taille de
100pb DNA ladder (proméga). Après migration, une lecture du gel sous ultraviolet est effectuée grâce au
bromure d'Ethidium introduit préalablement dans le gel d'agarose (0,5µg/ml). Ce produit possède la propriété d'être
fluorescent sous UV.
Page 39