Chapitre II : La caractérisation de la phylogénie et de la résistance aux antibiotiques des
souches d’Escherichia coli isolées à partir de la moule « mytilus galloprovincialis ».
Matériels et méthodes
 Préparer l'inoculum bactérien : mettre 1 à 3 colonies jeunes bien isolées dans 5 ml d'eau physiologique stérile.
 Inoculer la galerie comme suit :
-Remplir à l'aide d'une micropipette les tubes et cupules des tests (CIT, VIP et GEL).
-Remplir uniquement les tubes (et non les cupules) des autres tests.
-Créer une anaérobiose dans les tests : ADH, LCD, ODC, H 2 S, URE en remplissant leur
cupule d'huile de vaseline.
 Refermer la boite d'incubation et la placer dans l'étuve à 37°C pendant 18 à 24h.
 Le test d'oxydase est réalisé par le dépôt d'un inoculum bactérien sur le disque d'oxydase. La présence du cytochrome
oxydase se traduit par l'apparition d'une coloration violette.
Lecture de la galerie
Après codification des réactions en un profil numérique, l'identification est obtenue on se référant à
un catalogue analytique fourni par Biomérieux où l'identification est donnée avec un pourcentage et une
appréciation (Biomérieux).
II.3.2 Diffusion en milieu gélosé : antibiogramme
L'étude de la résistance de nos souches vis-à-vis de 18 antibiotiques a été réalisée par la méthode de diffusion
en milieu solide (Courvalin, 1985 ; CA-SFM, 2011).
Principe
Cette technique est basée sur l'observation de la croissance bactérienne en présence d'un gradient de
concentration d'antibiotiques, obtenu par diffusion à partir des disques d'antibiotiques dans un milieu
gélosé (Muller Hinton). Ce gradient est inversement proportionnel à la distance par rapport aux disques.
La croissance s'arrête lorsque les bactéries sont en contact avec leur concentration minimale d'inhibition
dessinant des halos d'inhibition autour des disques d'antibiotiques (Courvalin et al, 1985).
Technique
A partir d'une culture jeune (18-24h), préparer dans 5m1 d'eau physiologique stérile une suspension
bactérienne de 0,5McFarland (10
8 cellules/ml)
 Plonger un écouvillon stérile dans la suspension bactérienn
 Ensemencer la boite en frottant l'écouvillon sur la totalité de la surface gélosée et tournant la boite trois fois
de 60° afin d'assurer une bonne distribution de l'inoculum.
 Appliquer les disques d'antibiotiques (Tableau 3).
 Laisser diffuser pendant 15 minutes, à température ambiante.
 Incuber à 37°C pendant 18-24h.
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