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Application PCR – Séquençage
Bartlett et Davidson, (1991) ont identifié le thon rouge (T. thynnus), le thon obèse (T.
albacares), le thon albacore et le thon germon (T. alalunga) en 48 séquençant un fragment de
307 paires de bases du gène mitochondrial du cytochrome b. Bottero et al., (2007) ont
développé une technique de mini séquençage d’un fragment de 132 pb du gène du
cytochrome b pour différencier ces trois espèces de thon ainsi que l’espèce K. pelamis dans
des produits appertisés et ont proposé une alternative à la technique de PCR-RFLP. Botti et
Giuffra, (2010) ont montré la présence de substitution d’espèces et de mélanges d’espèces
frauduleuses dans des conserves de thon et diverses préparations à base de thon en
séquençant un fragment de 226 pb du gène du cytochrome b.
PCR en temps réel
La technologie de la PCR en temps réel est basée sur la détection et la quantification d’un
«reporter» fluorescent. L’augmentation du signal fluorescent est directement proportionnelle
à la quantité d’amplicons générés durant la réaction de PCR. En observant la quantité de
fluorescenceémise à chaque cycle, il devient possible de suivre la réaction PCR durant sa
phase exponentielle où la première augmentation significative dans la quantité d’amplicons
est en corrélation directe avec la quantité initiale de la matrice originale cible (template).
Plusieurs instruments de PCR en temps réel sont présentement sur le marché. Ces appareils
utilisent généralement un système en tubes fermés et la quantification ne requiert aucune
manipulation post amplification, ce qui minimise ou élimine les problèmes de contamination
par les amplicons suite à la réaction de PCR et réduit le temps d’analyse (Bustin, 2000). Le
processus complet est donc automatisé du début à la fin rendant ainsicette technologie
intéressante pour des applications d’analyses à grande échelle (high-throughput) (Martell et
al, 1999) (Poitras et Houde, 2002).
Tous les systèmes de PCR en temps réel reposent donc sur la détection et la quantification
d’un émetteur fluorescent pendant le processus d’amplification et l’augmentation du signal
d’émission fluorescente est directement proportionnelle à la quantité d’amplicons produits
durant la réaction. Il existe deux principes généraux pour la détection quantitative des
amplicons : les agents se liant à l’ADN double brin (ex. SYBR Green I) et les sondes
fluorescentes (Poitras et Houde, 2002).
Application PCR – Séquençage
Bartlett et Davidson, (1991) ont identifié le thon rouge (T. thynnus), le thon obèse (T.
albacares), le thon albacore et le thon germon (T. alalunga) en 48 séquençant un fragment de
307 paires de bases du gène mitochondrial du cytochrome b. Bottero et al., (2007) ont
développé une technique de mini séquençage d’un fragment de 132 pb du gène du
cytochrome b pour différencier ces trois espèces de thon ainsi que l’espèce K. pelamis dans
des produits appertisés et ont proposé une alternative à la technique de PCR-RFLP. Botti et
Giuffra, (2010) ont montré la présence de substitution d’espèces et de mélanges d’espèces
frauduleuses dans des conserves de thon et diverses préparations à base de thon en
séquençant un fragment de 226 pb du gène du cytochrome b.
PCR en temps réel
La technologie de la PCR en temps réel est basée sur la détection et la quantification d’un
«reporter» fluorescent. L’augmentation du signal fluorescent est directement proportionnelle
à la quantité d’amplicons générés durant la réaction de PCR. En observant la quantité de
fluorescenceémise à chaque cycle, il devient possible de suivre la réaction PCR durant sa
phase exponentielle où la première augmentation significative dans la quantité d’amplicons
est en corrélation directe avec la quantité initiale de la matrice originale cible (template).
Plusieurs instruments de PCR en temps réel sont présentement sur le marché. Ces appareils
utilisent généralement un système en tubes fermés et la quantification ne requiert aucune
manipulation post amplification, ce qui minimise ou élimine les problèmes de contamination
par les amplicons suite à la réaction de PCR et réduit le temps d’analyse (Bustin, 2000). Le
processus complet est donc automatisé du début à la fin rendant ainsicette technologie
intéressante pour des applications d’analyses à grande échelle (high-throughput) (Martell et
al, 1999) (Poitras et Houde, 2002).
Tous les systèmes de PCR en temps réel reposent donc sur la détection et la quantification
d’un émetteur fluorescent pendant le processus d’amplification et l’augmentation du signal
d’émission fluorescente est directement proportionnelle à la quantité d’amplicons produits
durant la réaction. Il existe deux principes généraux pour la détection quantitative des
amplicons : les agents se liant à l’ADN double brin (ex. SYBR Green I) et les sondes
fluorescentes (Poitras et Houde, 2002).