Contribution à la Différenciation Morphométriques et Génétique de Carassin Commun
(Carassius carassius)
Généralité
23
De nombreuses méthodologies sont utilisées pour détecter un polymorphisme, comme par
exemple :
La technique de southern : les fragments de restriction sont hybridés avec une sonde
constituée d’un fragment marqué d’ADN complémentaire d’une séquence spécifique
de l’ADN.
La réaction de PCR : une région spécifique de l’ADN est amplifiée, ce qui permet de
visualiser les fragments de restriction de cette région, présents en grande quantité,
après électrophorèse sur gel et coloration au bromure d’éthidium (Denis, 1999).
D. Séquençage de l’ADN
Le séquençage de l'ADN, consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides d’un
fragment d’ADN donné(Durand, et al., 2008).
L’ADN à séquencer est appelé ADN matrice, il doit être obtenu sous forme purifié et être
homogène (il ne doit contenir que des molécules d’ADN ayant la même séquence). On utilise
couramment comme matrice de l’ADN cloné ou produit par PCR. Cet ADN simple brin est
obtenu par dénaturation de la matrice d’ADN double brin via un traitement thermique ou
alcalin (Winter, et al., 2000).
Le fragment d'ADN à séquencer (il peut s'agir par exemple d'un exon du gène d'intérêt) est
obtenu par PCR puis mis en présence d'un mi leu réactionnel contenant l'amorceà partir de
laquelle un recopiage par une ADN polymérase sera réalisé, les 4 déoxynucléotides
(A,T,C,G), les 4 didéoxynucléotides(ddA,ddT,ddC,ddG) marqués chacun par un fluorochrome distinct et une ADN polymérase (TaqDNA polymerase). L'ensemble est soumis à une
succession de cycles de recopiage aucours desquels l’ADN polymérase peut, au niveau de
chaque base de l’ADN matrice, incorporer un déoxynucléotide ou un didéoxynucléotide.
E. Barcode moléculaire
Le code barre ADN est un outil standardisé pour une identification rapide, robuste et précise
des espèces. Le fragment code-barre du génome doit avoir évolué suffisamment vite pour
permettre de distingue les espèces entre elles, tout en restant sensiblement identique entre
membres d’une même espèce. Enfin, ce fragment doit être entouré d’ADN stable pour des
raisons analytiques (pour pouvoir appliquer la PCR, méthode de réplication de gènes ciblés).
la généralisation de l’usage de tels outils moléculaires, en se conformant à des normes et
contrôles de qualité précis (le code-barre ADN est une séquence d’un gène convenu,
rigoureusement standardisée, de taille minimale et de qualité, déposée dans une base de
séquences significative, et associée à un spécimen-type dont l’origine et le statut sont
enregistrés) peut permettre de dépasser les limites des méthodes plus conventionnelles et
permettre d’identifier sans équivoque des individus entiers, des fragments, des œufs et des
larves
(Goulletquer,
et
al.,
2013).
(Carassius carassius)
Généralité
23
De nombreuses méthodologies sont utilisées pour détecter un polymorphisme, comme par
exemple :
La technique de southern : les fragments de restriction sont hybridés avec une sonde
constituée d’un fragment marqué d’ADN complémentaire d’une séquence spécifique
de l’ADN.
La réaction de PCR : une région spécifique de l’ADN est amplifiée, ce qui permet de
visualiser les fragments de restriction de cette région, présents en grande quantité,
après électrophorèse sur gel et coloration au bromure d’éthidium (Denis, 1999).
D. Séquençage de l’ADN
Le séquençage de l'ADN, consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides d’un
fragment d’ADN donné(Durand, et al., 2008).
L’ADN à séquencer est appelé ADN matrice, il doit être obtenu sous forme purifié et être
homogène (il ne doit contenir que des molécules d’ADN ayant la même séquence). On utilise
couramment comme matrice de l’ADN cloné ou produit par PCR. Cet ADN simple brin est
obtenu par dénaturation de la matrice d’ADN double brin via un traitement thermique ou
alcalin (Winter, et al., 2000).
Le fragment d'ADN à séquencer (il peut s'agir par exemple d'un exon du gène d'intérêt) est
obtenu par PCR puis mis en présence d'un mi leu réactionnel contenant l'amorceà partir de
laquelle un recopiage par une ADN polymérase sera réalisé, les 4 déoxynucléotides
(A,T,C,G), les 4 didéoxynucléotides(ddA,ddT,ddC,ddG) marqués chacun par un fluorochrome distinct et une ADN polymérase (TaqDNA polymerase). L'ensemble est soumis à une
succession de cycles de recopiage aucours desquels l’ADN polymérase peut, au niveau de
chaque base de l’ADN matrice, incorporer un déoxynucléotide ou un didéoxynucléotide.
E. Barcode moléculaire
Le code barre ADN est un outil standardisé pour une identification rapide, robuste et précise
des espèces. Le fragment code-barre du génome doit avoir évolué suffisamment vite pour
permettre de distingue les espèces entre elles, tout en restant sensiblement identique entre
membres d’une même espèce. Enfin, ce fragment doit être entouré d’ADN stable pour des
raisons analytiques (pour pouvoir appliquer la PCR, méthode de réplication de gènes ciblés).
la généralisation de l’usage de tels outils moléculaires, en se conformant à des normes et
contrôles de qualité précis (le code-barre ADN est une séquence d’un gène convenu,
rigoureusement standardisée, de taille minimale et de qualité, déposée dans une base de
séquences significative, et associée à un spécimen-type dont l’origine et le statut sont
enregistrés) peut permettre de dépasser les limites des méthodes plus conventionnelles et
permettre d’identifier sans équivoque des individus entiers, des fragments, des œufs et des
larves
(Goulletquer,
et
al.,
2013).