Ionophores macrocycliques naturels
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Une analyse aux rayons X (méthode de l’atome lourd) de la structure
cristalline de I’alaméthicine (1 59) a montré que les trois molécules présentes
dans l’unité asymétrique forment une hélice, avec un coude dans l’axe de
l’hélice au niveau de la Proline-14 (Fig. 2.46a).
La figure 2.46b donne des détails sur chacune des trois molécules. On note
que les hélices sont surtout de type a dont les caractéristiques sont la
formation de liaisons hydrogène (5 + I ) entre le CO du résidu i et le N H
du résidu i + 4 (par exemple O, avec N5). Cependant, dans la partie Cterminale, certaines portions de l’hélice sont du type 3,,, avec des liaisons
hydrogène (4 + I ) entre le CO du résidu i et le NH du résidu i + 3 (par
exemple O,, avec N,,J. La discontinuité au niveau du résidu 14 est aussi bien
visible dans tous les cas. La structure révèle aussi un point crucial pour la
formation de canaux, à savoir la répartition des zones lipophiles et hydrophiles. Dans la figure 2.46c, on constate que les groupes polaires accessibles
au solvant sont localisés dans une bande étroite parallèle à l’axe de l’hélice.
- Glu-18
0-11
0-10
Gln - 7
I
II
m
M
I C I
l b I
Figure 2.46 Conformation des 3 molécules d’alaméthicine indépendantes formant
une hélice (a) et leurs réseaux de liaisons hydrogène (b) (la représentation M est la
structure moyenne utilisée pour la modélisation du canai). Localisation des zones
lipophiles (gauche) et hydrophiles (droite) (c). [D’après R.O. Fox et coll., Nature. 300,
325, 1982, (159)]. ( a : vue stéréoscopique).