257
8 Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers with Incorporated Peptides
Table 8.2 Helix parameters (analyzed last 5 ns of simulations)
System
Φ (°)
Ψ (°)
Φ
+ Ψ (°)
Radius (nm)
Rise/res. (nm)
Turn/res. (°)
A
24
&DMPC/gel
− 60.83 ± 2.01
− 43.16 ± 1.84
− 104.00
0.24 ± 0.01
0.15
100.16 ± 1.35
L
24
&DMPC/gel
− 67.25 ± 2.37
− 36.32 ± 1.91
− 103.57
0.24 ± 0.00
0.15
98.19 ± 0.45
LA
12
&DMPC/gel
− 66.10 ± 2.02
− 39.56 ± 1.85
− 105.66
0.25 ± 0.01
0.15
98.63 ± 0.54
I
24
&DMPC/gel
− 56.52 ± 1.88
− 45.82 ± 1.76
− 102.34
0.23 ± 0.00
0.16
101.07 ± 0.99
P
24
&DMPC/gel
− 58.29 ± 1.98
− 47.48 ± 1.81
− 105.77
0.24 ± 0.00
0.15
99.57 ± 0.46
V
24
&DMPC/gel
− 56.83 ± 1.91
− 48.74 ± 1.79
− 105.57
0.26 ± 0.01
0.14
96.75 ± 0.29
A
24
&DMPC/LC
− 60.36 ± 1.99
− 44.43 ± 1.86
− 104.79
0.23 ± 0.00
0.15
99.28 ± .0.71
L
24
&DMPC/LC
− 58.56 ± 2.01
− 45.28 ± 1.88
− 103.85
0.24 ± 0.00
0.15
99.24 ± 0.68
LA
12
&DMPC/LC
− 59.24 ± 2.01
− 45.12 ± 1.84
− 104.36
0.24 ± 0.01
0.15
99.39 ± 0.72
I
24
&DMPC/LC
− 60.60 ± 2.24
− 42.58 ± 2.15
− 103.18
0.25 ± 0.01
0.16
88.38 ± 5.96
P
24
&DMPC/LC
− 57.76 ± 2.11
− 47.44 ± 1.97
− 105.20
0.23 ± 0.00
0.15
98.19 ± 1.04
V
24
&DMPC/LC
− 59.38 ± 2.03
− 47.41 ± 1.90
− 106.79
0.23 ± 0.00
0.15
99.05 ± 0.73
A
24
&DPPC/gel
− 59.13 ± 2.02
− 46.27 ± 1.80
− 105.40
0.24 ± 0.00
0.15
98.73 ± 0.55
L
24
&DPPC/gel
− 58.60 ± 2.08
− 46.82 ± 2.08
− 105.41
0.25 ± 0.01
0.15
96.35 ± 0.30
LA
12
&DPPC/gel
− 60.81 ± 2.00
− 43.84 ± 1.82
− 104.64
0.25 ± 0.00
0.14
99.35 ± 0.47
I
24
&DPPC/gel
− 58.08 ± 1.88
− 46.97 ± 1.75
− 105.05
0.24 ± 0.00
0.15
99.68 ± 0.88
P
24
&DPPC/gel
− 54.95 ± 2.19
− 45.33 ± 1.93
− 100.28
0.24 ± 0.00
0.16
97.43 ± 0.87
V
24
&DPPC/gel
− 56.60 ± 2.05
− 46.67 ± 1.88
− 103.27
0.23 ± 0.00
0.15
99.51 ± 2.38
A
24
&DPPC/LC
− 59.80 ± 2.24
− 44.24 ± 2.22
− 104.04
0.24 ± 0.00
0.15
99.73 ± 1.00
L
24
&DPPC/LC
− 58.25 ± 2.05
− 45.00 ± 1.89
− 103.25
0.24 ± 0.00
0.15
99.86 ± 1.04
LA
12
&DPPC/LC
− 62.34 ± 3.14
− 46.96 ± 2.17
− 109.31
0.24 ± 0.00
0.15
99.02 ± 0.81
I
24
&DPPC/LC
− 63.48 ± 3.57
− 40.46 ± 2.56
− 103.94
0.23 ± 0.00
0.16
97.61 ± 1.61
P
24
&DPPC/LC
− 58.42 ± 2.22
− 44.82 ± 2.08
− 103.24
0.23 ± 0.00
0.15
101.12 ± 0.74
V
24
&DPPC/LC
− 61.25 ± 3.16
− 41.92 ± 2.12
− 103.17
0.24 ± 0.00
0.15
98.33 ± 1.01
8 Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers with Incorporated Peptides
Table 8.2 Helix parameters (analyzed last 5 ns of simulations)
System
Φ (°)
Ψ (°)
Φ
+ Ψ (°)
Radius (nm)
Rise/res. (nm)
Turn/res. (°)
A
24
&DMPC/gel
− 60.83 ± 2.01
− 43.16 ± 1.84
− 104.00
0.24 ± 0.01
0.15
100.16 ± 1.35
L
24
&DMPC/gel
− 67.25 ± 2.37
− 36.32 ± 1.91
− 103.57
0.24 ± 0.00
0.15
98.19 ± 0.45
LA
12
&DMPC/gel
− 66.10 ± 2.02
− 39.56 ± 1.85
− 105.66
0.25 ± 0.01
0.15
98.63 ± 0.54
I
24
&DMPC/gel
− 56.52 ± 1.88
− 45.82 ± 1.76
− 102.34
0.23 ± 0.00
0.16
101.07 ± 0.99
P
24
&DMPC/gel
− 58.29 ± 1.98
− 47.48 ± 1.81
− 105.77
0.24 ± 0.00
0.15
99.57 ± 0.46
V
24
&DMPC/gel
− 56.83 ± 1.91
− 48.74 ± 1.79
− 105.57
0.26 ± 0.01
0.14
96.75 ± 0.29
A
24
&DMPC/LC
− 60.36 ± 1.99
− 44.43 ± 1.86
− 104.79
0.23 ± 0.00
0.15
99.28 ± .0.71
L
24
&DMPC/LC
− 58.56 ± 2.01
− 45.28 ± 1.88
− 103.85
0.24 ± 0.00
0.15
99.24 ± 0.68
LA
12
&DMPC/LC
− 59.24 ± 2.01
− 45.12 ± 1.84
− 104.36
0.24 ± 0.01
0.15
99.39 ± 0.72
I
24
&DMPC/LC
− 60.60 ± 2.24
− 42.58 ± 2.15
− 103.18
0.25 ± 0.01
0.16
88.38 ± 5.96
P
24
&DMPC/LC
− 57.76 ± 2.11
− 47.44 ± 1.97
− 105.20
0.23 ± 0.00
0.15
98.19 ± 1.04
V
24
&DMPC/LC
− 59.38 ± 2.03
− 47.41 ± 1.90
− 106.79
0.23 ± 0.00
0.15
99.05 ± 0.73
A
24
&DPPC/gel
− 59.13 ± 2.02
− 46.27 ± 1.80
− 105.40
0.24 ± 0.00
0.15
98.73 ± 0.55
L
24
&DPPC/gel
− 58.60 ± 2.08
− 46.82 ± 2.08
− 105.41
0.25 ± 0.01
0.15
96.35 ± 0.30
LA
12
&DPPC/gel
− 60.81 ± 2.00
− 43.84 ± 1.82
− 104.64
0.25 ± 0.00
0.14
99.35 ± 0.47
I
24
&DPPC/gel
− 58.08 ± 1.88
− 46.97 ± 1.75
− 105.05
0.24 ± 0.00
0.15
99.68 ± 0.88
P
24
&DPPC/gel
− 54.95 ± 2.19
− 45.33 ± 1.93
− 100.28
0.24 ± 0.00
0.16
97.43 ± 0.87
V
24
&DPPC/gel
− 56.60 ± 2.05
− 46.67 ± 1.88
− 103.27
0.23 ± 0.00
0.15
99.51 ± 2.38
A
24
&DPPC/LC
− 59.80 ± 2.24
− 44.24 ± 2.22
− 104.04
0.24 ± 0.00
0.15
99.73 ± 1.00
L
24
&DPPC/LC
− 58.25 ± 2.05
− 45.00 ± 1.89
− 103.25
0.24 ± 0.00
0.15
99.86 ± 1.04
LA
12
&DPPC/LC
− 62.34 ± 3.14
− 46.96 ± 2.17
− 109.31
0.24 ± 0.00
0.15
99.02 ± 0.81
I
24
&DPPC/LC
− 63.48 ± 3.57
− 40.46 ± 2.56
− 103.94
0.23 ± 0.00
0.16
97.61 ± 1.61
P
24
&DPPC/LC
− 58.42 ± 2.22
− 44.82 ± 2.08
− 103.24
0.23 ± 0.00
0.15
101.12 ± 0.74
V
24
&DPPC/LC
− 61.25 ± 3.16
− 41.92 ± 2.12
− 103.17
0.24 ± 0.00
0.15
98.33 ± 1.01