ACTIONS
Le langage des molécules ...
Une structure de CRISPR dans une
bactérie
2200 Kbp
Chromosome circulaire de
Bijidobacterium breve, une
bactérie lactique qui facilite
2000Kbp
1800 Kbp
la digestion chez
les nourrissons.
Emplacement
de CRISPR et
de la machinerie
associée.
600Kbp -
CRISPA 2
1200Kbp
ni veau lex ical qui est celui des mots du
dictionnaire, et le niveau syntaxique,
qui est celui des enchaînements
possibles au sein de phrases.
L'ensemble
des
mo ts
est
généralement fini et on parl era
ici de vocabu laire pour indiquer
l'ensemb le des sy mbol es manipul és.
Le vocabulaire pe ut être constitué de
simp les caractè res (des idéogra mmes
comme les hi érog lyphes, ou des
ac ides a minés pour les proté ines) o u
de success ion de caractères (un mot
en frança is, une bali se HTML), pe u
importe, on le suppose fi gé. Une façon
particulière ment simple de décrire
un langage est d 'établir la li ste des
phrases qu ' il contient, c'est-à-dire des
co mbinai sons permi ses d 'élé me nts du
vocabulaire. Mais contraire me nt aux
vocabulaires, les langages peuve nt
la plupart du temps être considé rés
comme infini s. On ne pe ut do nc
pas se contenter d 'énumé rer leurs
é lé me nts. L ' informatique a été très tôt
confrontée à ce problè me car il y a un
lien intime entre langages et calc ul.
Après tout , la logique mathématique
n 'est rien d 'autre que l'étude des
mathé matiques en tant que langage
et un ordinateur est une machine de
manipulation de langages . La théorie
des langages a pour but de décrire
formellement la notion de langage.
Tangente Hors-série n°52. L'informatique
Elle utili se un o util comm un des ling ui stes et des in fo rmati c iens pour
CRISPA 1
générer avec un
système for me l
fini un nombre
pot e nti e ll e men t
no n borné de phrases :
les gramma ires. Forme ll ement,
une gramm ai re est un ensemb le
de règles de récriture qui repose à
la fois sur l' utili sation d'un ensemb le
de sy mbo les spéc ifiques appe lé
non -terminaux et d ' un vocab ul aire
dont les é lé me nts sont dits termin aux.
Po ur gé nére r toutes les phrases du
langage, il suffit de transformer itérativement une chaîne réduite initi ale me nt à un sy mbo le fixé, l' ax iome,
et d'appliquer de toutes les mani ères
poss ibles les règ les e n changeant une
occurre nce d ' une partie gauche de la
règ le dans cette chaîne par la partie
droite de la règ le (vo ir en encad ré un
exemp le de ce qu'on appe ll e un langage régulier).
Cependant la classe des langages réguliers reste trop limitée pour décrire
ce qui se passe en biologie. Il n'est par
exemple pas poss ible de décrire les
structures en fo rme de tige qui naissent
lors du repliement de l 'ARN dans l' espace pour former des doubles brins,
comme dans certaines structures de
CRISPR (une structure qui ressemble
fort aux palindromes du français).
Pour cela, il fa ut pouvo ir mettre en
correspondance des sy mboles éventuellement distants. On étend donc
les règles de grammaires régulières en
permettant un assemblage que lconque
de terminaux et de non terminaux dans
la partie droite. Comme les non termi -
naux se récrivent directement où qu'ils
soient, on parle de grammaire hors
contexte.
Le langage des molécules ...
Une structure de CRISPR dans une
bactérie
2200 Kbp
Chromosome circulaire de
Bijidobacterium breve, une
bactérie lactique qui facilite
2000Kbp
1800 Kbp
la digestion chez
les nourrissons.
Emplacement
de CRISPR et
de la machinerie
associée.
600Kbp -
CRISPA 2
1200Kbp
ni veau lex ical qui est celui des mots du
dictionnaire, et le niveau syntaxique,
qui est celui des enchaînements
possibles au sein de phrases.
L'ensemble
des
mo ts
est
généralement fini et on parl era
ici de vocabu laire pour indiquer
l'ensemb le des sy mbol es manipul és.
Le vocabulaire pe ut être constitué de
simp les caractè res (des idéogra mmes
comme les hi érog lyphes, ou des
ac ides a minés pour les proté ines) o u
de success ion de caractères (un mot
en frança is, une bali se HTML), pe u
importe, on le suppose fi gé. Une façon
particulière ment simple de décrire
un langage est d 'établir la li ste des
phrases qu ' il contient, c'est-à-dire des
co mbinai sons permi ses d 'élé me nts du
vocabulaire. Mais contraire me nt aux
vocabulaires, les langages peuve nt
la plupart du temps être considé rés
comme infini s. On ne pe ut do nc
pas se contenter d 'énumé rer leurs
é lé me nts. L ' informatique a été très tôt
confrontée à ce problè me car il y a un
lien intime entre langages et calc ul.
Après tout , la logique mathématique
n 'est rien d 'autre que l'étude des
mathé matiques en tant que langage
et un ordinateur est une machine de
manipulation de langages . La théorie
des langages a pour but de décrire
formellement la notion de langage.
Tangente Hors-série n°52. L'informatique
Elle utili se un o util comm un des ling ui stes et des in fo rmati c iens pour
CRISPA 1
générer avec un
système for me l
fini un nombre
pot e nti e ll e men t
no n borné de phrases :
les gramma ires. Forme ll ement,
une gramm ai re est un ensemb le
de règles de récriture qui repose à
la fois sur l' utili sation d'un ensemb le
de sy mbo les spéc ifiques appe lé
non -terminaux et d ' un vocab ul aire
dont les é lé me nts sont dits termin aux.
Po ur gé nére r toutes les phrases du
langage, il suffit de transformer itérativement une chaîne réduite initi ale me nt à un sy mbo le fixé, l' ax iome,
et d'appliquer de toutes les mani ères
poss ibles les règ les e n changeant une
occurre nce d ' une partie gauche de la
règ le dans cette chaîne par la partie
droite de la règ le (vo ir en encad ré un
exemp le de ce qu'on appe ll e un langage régulier).
Cependant la classe des langages réguliers reste trop limitée pour décrire
ce qui se passe en biologie. Il n'est par
exemple pas poss ible de décrire les
structures en fo rme de tige qui naissent
lors du repliement de l 'ARN dans l' espace pour former des doubles brins,
comme dans certaines structures de
CRISPR (une structure qui ressemble
fort aux palindromes du français).
Pour cela, il fa ut pouvo ir mettre en
correspondance des sy mboles éventuellement distants. On étend donc
les règles de grammaires régulières en
permettant un assemblage que lconque
de terminaux et de non terminaux dans
la partie droite. Comme les non termi -
naux se récrivent directement où qu'ils
soient, on parle de grammaire hors
contexte.