ACTIONS
Le langage des molécules ...
mentalement et fondamental en pratique car la fo nction des protéines
est intimement liée à cette stru cture.
Comme pour I' ARN , la modé li sat ion
mathématique et informat ique se révè le donc indi spensab le à le ur étude,
e n parti culier pour prédire la structure
à partir du texte.
Des textes naturels et troublants ...
Pour un informatic ien, observer la
complex ité des mécani smes du viva nt
est une source infinie d 'étonnement
et d ' in spiration . Car il ne s'ag it pas
uniquement de physique et de chimi e.
Les différents textes à l' intérieur
des ce llul es, qui sont le fruit d ' une
longue maturation tout au long de
l'évolution, ont un impact maje ur sur
le comportement cellulaire. Dan s des
cas ex trê mes, le changement d ' une
seule base d ' ADN conduit à des états
patholog iques, comme c 'est le cas
pour la pre mière maladie génétique
de France, la drépanocytose, où
la mutati on d'une base d'un gène
entraîne un changement d 'ac ide aminé
de la protéine assoc iée, déformant les
g lobules rouges.
Si on regarde ces tex tes d ' un pe u plus
près, on s'aperço it qu ' il s sont tout sauf
aléatoires. La première impress ion qui
frappe est l' abondance de ré pétition s
plu s ou moins exactes qui peuplent
les séquences biologiques. On sa it
maintenant qu'il ex iste des mécani smes
dans les cellul es commandés par des
proté ines propres - les transposases -
ou importées de virus - les intégrases -
qui permettent de copier certaines
portio ns de génome, les tramposons , à
un autre endroit dans le génome.
D' un po int de vue informatique, il
s'ag it ni plu s ni mo in s d ' une vers ion
Tcingent:e Hors-série n°52. L'informatique
du copier/co l Ier ou du couper/coller
des ordi nateurs ou des mob iles , à ceci
près que le texte copié cont ien t aussi
le programme de copie ! C'est un
mécani sme très efficace qui provoque
la cro issance des génomes et apporte
un éclairage sur leur étonnante
plasticité et le ur capacité à évol uer
et à se diversifier au-de là de ce que
permettraient les seul s acc idents de
transmission du patrimoine génétique
(les mutations) et les recombinaisons
entre indi vid us lors de la reproduction.
Le record de croissance, 1,5 x 10
11
bases d'ADN , est ac tue llement détenu
par une plan te, Paris japonica, qui
pousse sur les montagnes de l'île de
Honshu (le génome humain n' a « que »
3 x 10 9 bases).
De
façon
générale,
il
existe
d'autres mots que l' on retrouve
systématiquement dans ces tex tes et
qui les charpentent, presque toujours
associés à des mac hines plus ou
mo in s compl exes (à base d' ARN et de
protéines), qui vo nt permettre la lecture
et la tran sformation des textes , un peu à
la manière des têtes de lecture/écritu re
de nos enreg istreurs é lectroniques. On
pourrait multipli er les exemples. Ainsi ,
les fa me ux gènes, uni tés génom iques
qui vo nt être trad uites en proté ines.
sont découpés chez les organi smes
supérie urs en tronçons appelés exons
et intron s qui s'a ltern ent le long de la
molécule. Le texte utile pour la protéine
sera constitué d ' une sé lecti on d 'exons
mi s bout à bout. Sans comprendre
en détails comment la machine
assoc iée, le splicéosorne, effectue cette
sé lecti on, on connaît déjà des mots
qui se retrouvent majoritairement aux
jonctio ns entre les tronçons : gu au
début et agg à la fin des introns par
exempl e.
Le langage des molécules ...
mentalement et fondamental en pratique car la fo nction des protéines
est intimement liée à cette stru cture.
Comme pour I' ARN , la modé li sat ion
mathématique et informat ique se révè le donc indi spensab le à le ur étude,
e n parti culier pour prédire la structure
à partir du texte.
Des textes naturels et troublants ...
Pour un informatic ien, observer la
complex ité des mécani smes du viva nt
est une source infinie d 'étonnement
et d ' in spiration . Car il ne s'ag it pas
uniquement de physique et de chimi e.
Les différents textes à l' intérieur
des ce llul es, qui sont le fruit d ' une
longue maturation tout au long de
l'évolution, ont un impact maje ur sur
le comportement cellulaire. Dan s des
cas ex trê mes, le changement d ' une
seule base d ' ADN conduit à des états
patholog iques, comme c 'est le cas
pour la pre mière maladie génétique
de France, la drépanocytose, où
la mutati on d'une base d'un gène
entraîne un changement d 'ac ide aminé
de la protéine assoc iée, déformant les
g lobules rouges.
Si on regarde ces tex tes d ' un pe u plus
près, on s'aperço it qu ' il s sont tout sauf
aléatoires. La première impress ion qui
frappe est l' abondance de ré pétition s
plu s ou moins exactes qui peuplent
les séquences biologiques. On sa it
maintenant qu'il ex iste des mécani smes
dans les cellul es commandés par des
proté ines propres - les transposases -
ou importées de virus - les intégrases -
qui permettent de copier certaines
portio ns de génome, les tramposons , à
un autre endroit dans le génome.
D' un po int de vue informatique, il
s'ag it ni plu s ni mo in s d ' une vers ion
Tcingent:e Hors-série n°52. L'informatique
du copier/co l Ier ou du couper/coller
des ordi nateurs ou des mob iles , à ceci
près que le texte copié cont ien t aussi
le programme de copie ! C'est un
mécani sme très efficace qui provoque
la cro issance des génomes et apporte
un éclairage sur leur étonnante
plasticité et le ur capacité à évol uer
et à se diversifier au-de là de ce que
permettraient les seul s acc idents de
transmission du patrimoine génétique
(les mutations) et les recombinaisons
entre indi vid us lors de la reproduction.
Le record de croissance, 1,5 x 10
11
bases d'ADN , est ac tue llement détenu
par une plan te, Paris japonica, qui
pousse sur les montagnes de l'île de
Honshu (le génome humain n' a « que »
3 x 10 9 bases).
De
façon
générale,
il
existe
d'autres mots que l' on retrouve
systématiquement dans ces tex tes et
qui les charpentent, presque toujours
associés à des mac hines plus ou
mo in s compl exes (à base d' ARN et de
protéines), qui vo nt permettre la lecture
et la tran sformation des textes , un peu à
la manière des têtes de lecture/écritu re
de nos enreg istreurs é lectroniques. On
pourrait multipli er les exemples. Ainsi ,
les fa me ux gènes, uni tés génom iques
qui vo nt être trad uites en proté ines.
sont découpés chez les organi smes
supérie urs en tronçons appelés exons
et intron s qui s'a ltern ent le long de la
molécule. Le texte utile pour la protéine
sera constitué d ' une sé lecti on d 'exons
mi s bout à bout. Sans comprendre
en détails comment la machine
assoc iée, le splicéosorne, effectue cette
sé lecti on, on connaît déjà des mots
qui se retrouvent majoritairement aux
jonctio ns entre les tronçons : gu au
début et agg à la fin des introns par
exempl e.