Régime de production primaire dans le bassin algérien : interaction facteurs du milieu successions planctoniques
| Matériel et méthodes
constituée de 10 classes phytoplanctoniques et 14 pigments (Tableau 8a).
• Matrice de limite des rapports
Elle permet de contrôler le degré de modification des rapports initiaux des pigments par le
programme CHEMTAX. Suivant les recommandations de Mackey et al. (1996), toutes les
limites de ratio ont été fixées à une valeur par défaut de 500 %, permettant au ratio initial de
pigments, r, de varier de r/5 à 5r.
• Matrices de données (S)
Deux types de matrices de données (S) ont été utilisés : les concentrations intégrées (sur 100
m de profondeur) pour estimer les contributions globales des classes phytoplanctoniques à la
Chl a et leur distribution horizontale dans le BA, ainsi que les concentrations des pigments en
fonction de la profondeur pour étudier la distribution verticale du phytoplancton dans la
colonne d’eau. Dans un premier temps, nous avons appliqué CHEMTAX aux concentrations
intégrées et, conformément à Latasa (2007), nous avons procédé à des exécutions successives
en utilisant la sortie de chaque exécution comme entrée pour la suivante. Dans une deuxième
phase, CHEMTAX a été appliquée aux concentrations de pigments en fonction de la
profondeur (strates définies plus haut) pour l'ensemble des données, en utilisant comme
matrice de rapports initiale (F 0 ) les matrices des rapports finaux obtenus pour les clusters 1 et
2, respectivement, après l'analyse (rapports optimisés) (Tableau 8b, c). Que ce soit pour les
concentrations intégrées ou celles en fonction de la profondeur, les données de chaque cluster
ont été traitées séparément afin de minimiser les variations potentielles dans les procédures
d'optimisation CHEMTAX.
Afin d’éviter les minima locaux, pour chaque exécution CHEMTAX, une série de 60 matrices
de ratios de pigments a été générée en multipliant chaque ratio de la matrice initiale par une
fonction aléatoire dans le but d'optimiser la matrice. 10 % (n = 6) des ratios générés avec le
résidu le plus faible ont été moyennés. La solution présentant le plus petit résidu a été utilisée
pour l'estimation de l'abondance taxonomique. Pour plus de détails sur la procédure, voir
Wright et al. (2009).
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| Matériel et méthodes
constituée de 10 classes phytoplanctoniques et 14 pigments (Tableau 8a).
• Matrice de limite des rapports
Elle permet de contrôler le degré de modification des rapports initiaux des pigments par le
programme CHEMTAX. Suivant les recommandations de Mackey et al. (1996), toutes les
limites de ratio ont été fixées à une valeur par défaut de 500 %, permettant au ratio initial de
pigments, r, de varier de r/5 à 5r.
• Matrices de données (S)
Deux types de matrices de données (S) ont été utilisés : les concentrations intégrées (sur 100
m de profondeur) pour estimer les contributions globales des classes phytoplanctoniques à la
Chl a et leur distribution horizontale dans le BA, ainsi que les concentrations des pigments en
fonction de la profondeur pour étudier la distribution verticale du phytoplancton dans la
colonne d’eau. Dans un premier temps, nous avons appliqué CHEMTAX aux concentrations
intégrées et, conformément à Latasa (2007), nous avons procédé à des exécutions successives
en utilisant la sortie de chaque exécution comme entrée pour la suivante. Dans une deuxième
phase, CHEMTAX a été appliquée aux concentrations de pigments en fonction de la
profondeur (strates définies plus haut) pour l'ensemble des données, en utilisant comme
matrice de rapports initiale (F 0 ) les matrices des rapports finaux obtenus pour les clusters 1 et
2, respectivement, après l'analyse (rapports optimisés) (Tableau 8b, c). Que ce soit pour les
concentrations intégrées ou celles en fonction de la profondeur, les données de chaque cluster
ont été traitées séparément afin de minimiser les variations potentielles dans les procédures
d'optimisation CHEMTAX.
Afin d’éviter les minima locaux, pour chaque exécution CHEMTAX, une série de 60 matrices
de ratios de pigments a été générée en multipliant chaque ratio de la matrice initiale par une
fonction aléatoire dans le but d'optimiser la matrice. 10 % (n = 6) des ratios générés avec le
résidu le plus faible ont été moyennés. La solution présentant le plus petit résidu a été utilisée
pour l'estimation de l'abondance taxonomique. Pour plus de détails sur la procédure, voir
Wright et al. (2009).
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