Régime de production primaire dans le bassin algérien : interaction facteurs du milieu successions planctoniques
| Matériel et méthodes
Le grand avantage de CHEMTAX par rapport à ISE est la facilité avec laquelle la
composition taxonomique des populations peut être développée et modifiée (en ajoutant ou en
soustrayant simplement une ligne de la matrice), contrairement à ISE où chaque équation peut
nécessiter des modifications. En outre, les pigments individuels peuvent être activés ou
désactivés avant chaque analyse sans modifier la matrice elle-même, ce qui permet à
l'opérateur de tester plusieurs scénarios lors de l'exploration des données. Depuis le
développement de CHEMTAX, l’augmentation de la puissance de calcul permet désormais de
tester plusieurs scénarios, d'entreprendre de multiples matrices de départ randomisées (par
exemple, 50 essais, Wright et al., 2009) et de calculer les écarts types des estimations.
2.3.3.5 Méthode bayésienne
Un nouvel estimateur, appelé estimateur compositionnel bayésien (BCE), basé sur l'inférence
bayésienne, a été récemment introduit dans la plateforme logicielle R (Van den Meersche et
al., 2008). À la différence de CHEMTAX, qui utilise une distribution aléatoire dans des
limites pour les rapports d'entrée, le BCE suppose une distribution de probabilité pour ces
rapports. Il s'appuie sur un algorithme de Monté Carlo à chaîne de Markov pour générer une
distribution de probabilité complète des résultats, ce qui permet d'obtenir des moyennes, des
intervalles de confiance et d'autres statistiques. Ce processus rend le BCE plus robuste sur le
plan statistique que CHEMTAX, qui calcule les écarts types à partir de plusieurs essais.
De plus, le BCE offre la possibilité d'intégrer d'autres ensembles de données, comme ceux
obtenus par microscopie, qui ne sont pas pris en compte par les versions actuelles de
CHEMTAX.
Le BCE est exigeant en termes de calcul, nécessitant 10
5
à 10
6
itérations pour chaque
exécution du modèle, et convient mieux aux petits ensembles de données, voire un seul
échantillon. L'ensemble de données de 40 échantillons de l'océan Austral utilisé pour
comparer BCE à CHEMTAX a été considéré comme énorme et les auteurs ont conseillé de
n'utiliser que quelques échantillons par exécution. Néanmoins, le BCE a obtenu des résultats
très similaires à ceux de CHEMTAX sur les mêmes données, ce qui est encourageant pour les
deux techniques.
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| Matériel et méthodes
Le grand avantage de CHEMTAX par rapport à ISE est la facilité avec laquelle la
composition taxonomique des populations peut être développée et modifiée (en ajoutant ou en
soustrayant simplement une ligne de la matrice), contrairement à ISE où chaque équation peut
nécessiter des modifications. En outre, les pigments individuels peuvent être activés ou
désactivés avant chaque analyse sans modifier la matrice elle-même, ce qui permet à
l'opérateur de tester plusieurs scénarios lors de l'exploration des données. Depuis le
développement de CHEMTAX, l’augmentation de la puissance de calcul permet désormais de
tester plusieurs scénarios, d'entreprendre de multiples matrices de départ randomisées (par
exemple, 50 essais, Wright et al., 2009) et de calculer les écarts types des estimations.
2.3.3.5 Méthode bayésienne
Un nouvel estimateur, appelé estimateur compositionnel bayésien (BCE), basé sur l'inférence
bayésienne, a été récemment introduit dans la plateforme logicielle R (Van den Meersche et
al., 2008). À la différence de CHEMTAX, qui utilise une distribution aléatoire dans des
limites pour les rapports d'entrée, le BCE suppose une distribution de probabilité pour ces
rapports. Il s'appuie sur un algorithme de Monté Carlo à chaîne de Markov pour générer une
distribution de probabilité complète des résultats, ce qui permet d'obtenir des moyennes, des
intervalles de confiance et d'autres statistiques. Ce processus rend le BCE plus robuste sur le
plan statistique que CHEMTAX, qui calcule les écarts types à partir de plusieurs essais.
De plus, le BCE offre la possibilité d'intégrer d'autres ensembles de données, comme ceux
obtenus par microscopie, qui ne sont pas pris en compte par les versions actuelles de
CHEMTAX.
Le BCE est exigeant en termes de calcul, nécessitant 10
5
à 10
6
itérations pour chaque
exécution du modèle, et convient mieux aux petits ensembles de données, voire un seul
échantillon. L'ensemble de données de 40 échantillons de l'océan Austral utilisé pour
comparer BCE à CHEMTAX a été considéré comme énorme et les auteurs ont conseillé de
n'utiliser que quelques échantillons par exécution. Néanmoins, le BCE a obtenu des résultats
très similaires à ceux de CHEMTAX sur les mêmes données, ce qui est encourageant pour les
deux techniques.
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