14 Biodiversity Conservation: An Imperial Need …
337
Table 14.2 Docking results in terms of interaction of natural products with the COVID-19 main
protease (PDB ID: 6LU7) [36]
S. no Natural products
Molecular
formula
Molecular
weight
Log P
H-bond
donor
H-bond
acceptor
Violations
1
Glycyrrhizin
C 42 H 62 O 16
(<500 Da):
822.93
(<5):
1.55
(5): 8
(<10):
16
3
2
Bicylogermecrene
C 15 H 24
(<500 Da):
204.35
(<5):
4.15
(5): 0
(<10): 0 1
3
Tryptanthrine
C 15 H 8 N 2 O 2
(<500 Da):
248.24
(<5):
2.16
(5): 0
(<10): 3 0
4
β-sitosterol
C 29 H 50 O
(<500 Da):
414.71
(<5):
7.19
(5): 1
(<10): 1 1
5
Indirubin
C 16 H 10 N 2 O 2
(<500 Da):
260.26
(<5):
2.69
(5): 2
(<10): 3 0
6
Indican
C 14 H 17 O 6
(<500 Da):
295.29
(<5): −
0.16
(5): 5
(<10): 6 0
7
Indigo
C 16 H 10 N 2 O 2
(<500 Da):
262.26
(<5):
2.63
(5): 2
(<10): 3 0
8
Hesperetin
C 16 H 14 O 6
(<500 Da):
302.28
(<5):
1.91
(5): 6
(<10): 6 0
9
Crysophanic acid
C 15 H 10 O 4
(<500 Da):
254.24
(<5):
2.38
(5): 2
(<10): 4 0
10
Rhein
C 15 H 8 O 6
(<500 Da):
284.22
(<5):
1.48
(5): 3
(<10): 6 0
11
Berberine
C 20 H 18 NO 4+
(<500 Da):
336.36
(<5):
2.53
(5): 0
(<10): 4 0
12
β-caryophyllene
C 15 H 24
(<500 Da):
204.35
(<5):
4.24
(5): 0
(<10): 0 1
13
Lopinavir
C 37 H 48 N 4 O 5
(<500 Da):
628.8
(<5):
4.37
(5):4
(<10): 5 1
14
Nelfinavir
C 32 H 45 N 3 O 4 S (<500 Da):
567.78
(<5):
4.33
(5):4
(<10): 5 1
15
Luteolin-7-glucoside C 21 H 20 O 11
(<500 Da):
448.38
(<5):
0.16
(5):7
(<10):
11
2
16
Demethoxycur cumin C 20 H 18 O 5
(<500 Da):
338.35
(<5): 3 (5):2
(<10): 2 0
17
Apigenin-7-glucoside C 21 H 20 O 10
(<500 Da):
432.34
(<5):
0.55
(5):6
(<10):
10
1
18
Oleuropein
C 19 H 22 O 8
(<500 Da):
378.37
(<5):
1.57
(5):3
(<10): 8 0
19
Epicatechin-Gallate
C 22 H 18 O 10
(<500 Da):
442.37
(<5):
1.23
(5):7
(<10):
10
1
20
Catechin
C 15 H 14 O 6
(<500 Da):
290.27
(<5):
0.85
(5):5
(<10): 6 0
21
Curcumin
C 21 H 20 O 6
(<500 Da):
368.38
(<5):
3.03
(5):2
(<10): 6 0
(continued)