Chapitre II
Matériel et méthodes
21
2.3.1.4. Reproduction maximale par jour (Ri)
Le nombre maximal d'ovocytes produits par une femelle au cours d'une année (365 jours) peut
être déterminé en effectuant une étude de fécondité absolue.
D'après Kartas et Quignard (1984), la fécondité absolue est le nombre d'ovocytes matures présents
dans l'ovaire d'une femelle juste avant la ponte. Toutefois, l'évaluation de la fécondité dépend de
plusieurs facteurs, tels que le nombre absolu d'œufs produits et si l'espèce est un reproducteur total
ou partiel. Cela est également influencé par le degré de différenciation entre la taille des œufs
pondus cette saison et les œufs immatures qui seront reportés à la saison de ponte suivante.
2.3.2. Données uni-variées (Univariate data)
Les données uni-variées consistent en : (i) les données liées à l'âge et à la longueur, (ii) les données
relatives à la taille et au poids.
2.3.2.1.Données taille-poids
Ce sont des mensurations de la longueur totale de chaque individu avec leurs poids total à l’aide
d’un Ichtyomètre et d’une balance.
2.3.2.2. Données âge-longueur
La procédure d'estimation de l'âge décrit toutes les étapes techniques, depuis l'extraction des pièces
calcifiées jusqu'à la création de la clé reliant les tailles et les âges. Nous avons tiré les informations
de Kherbache et Lahat (2015), qui ont obtenues les données âge-longueur grâce à la méthode de
rétrocalcul.
2.4. Procédure de calcul des paramètres DEB
Afin de pouvoir estimer les paramètres et étudier leur effet sur les propriétés éco- physiologiques,
il est nécessaire de télécharger les packages gratuits DEBtool et AmPtool compatibles avec le
programme Matlab. Pour ce faire, il faut utiliser quatre fichiers Matlab (avec l'extension .m) :
• "mydata_my_pet" pour définir les données, estimer les paramètres et vérifier la
qualité de l'ajustement.
• "predict_my_pet" pour quantifier la prédiction à partir des valeurs des paramètres.
• "pars_my_pet" pour définir les valeurs des paramètres (copiés à partir de mydata) et
évaluer les propriétés implicites.
• "run_my_pet" pour exécuter la procédure d'estimation.
Les quatre fichiers nécessaires doivent être écrits en suivant les exemples disponibles sur le site
internet dédié à la théorie DEB : http//www.bio.vu.ni/tib/deb/deblab/debtool de l'Université
d'Amsterdam.
Pour chaque espèce, le terme my_pet dans le script doit être remplacé par le nom scientifique de
Matériel et méthodes
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2.3.1.4. Reproduction maximale par jour (Ri)
Le nombre maximal d'ovocytes produits par une femelle au cours d'une année (365 jours) peut
être déterminé en effectuant une étude de fécondité absolue.
D'après Kartas et Quignard (1984), la fécondité absolue est le nombre d'ovocytes matures présents
dans l'ovaire d'une femelle juste avant la ponte. Toutefois, l'évaluation de la fécondité dépend de
plusieurs facteurs, tels que le nombre absolu d'œufs produits et si l'espèce est un reproducteur total
ou partiel. Cela est également influencé par le degré de différenciation entre la taille des œufs
pondus cette saison et les œufs immatures qui seront reportés à la saison de ponte suivante.
2.3.2. Données uni-variées (Univariate data)
Les données uni-variées consistent en : (i) les données liées à l'âge et à la longueur, (ii) les données
relatives à la taille et au poids.
2.3.2.1.Données taille-poids
Ce sont des mensurations de la longueur totale de chaque individu avec leurs poids total à l’aide
d’un Ichtyomètre et d’une balance.
2.3.2.2. Données âge-longueur
La procédure d'estimation de l'âge décrit toutes les étapes techniques, depuis l'extraction des pièces
calcifiées jusqu'à la création de la clé reliant les tailles et les âges. Nous avons tiré les informations
de Kherbache et Lahat (2015), qui ont obtenues les données âge-longueur grâce à la méthode de
rétrocalcul.
2.4. Procédure de calcul des paramètres DEB
Afin de pouvoir estimer les paramètres et étudier leur effet sur les propriétés éco- physiologiques,
il est nécessaire de télécharger les packages gratuits DEBtool et AmPtool compatibles avec le
programme Matlab. Pour ce faire, il faut utiliser quatre fichiers Matlab (avec l'extension .m) :
• "mydata_my_pet" pour définir les données, estimer les paramètres et vérifier la
qualité de l'ajustement.
• "predict_my_pet" pour quantifier la prédiction à partir des valeurs des paramètres.
• "pars_my_pet" pour définir les valeurs des paramètres (copiés à partir de mydata) et
évaluer les propriétés implicites.
• "run_my_pet" pour exécuter la procédure d'estimation.
Les quatre fichiers nécessaires doivent être écrits en suivant les exemples disponibles sur le site
internet dédié à la théorie DEB : http//www.bio.vu.ni/tib/deb/deblab/debtool de l'Université
d'Amsterdam.
Pour chaque espèce, le terme my_pet dans le script doit être remplacé par le nom scientifique de