3.7 Future Challenges: What Do We Need from ECT
for Better Mechanistic Insights into Biology?. . . . . . . . . . . . . . . 85
3.8 Concluding Remarks. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
3.9 Practical Guide . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Bibliography . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
4 Large-Scale Electron Tomography of Cells Using SerialEM
and IMOD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
Eileen O’Toole, Peter van der Heide, J. Richard McIntosh
and David Mastronarde
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
4.2 Specimen Preparation for Large-Scale Tomography . . . . . . . . . . 99
4.3 Using SerialEM for Automated Single Frame or Montaged
Serial Tilt Series Acquisition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
4.4 Using IMOD’s Etomo Interface to Compute Basic Single
Frame or Montage Tilt Series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
4.5 The Etomo Batch Tomogram Interface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
4.6 Using IMOD’s Join Interface to Stack Serial
Reconstructions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
4.7 Using IMOD’s 3dmod for Modeling Features in Serial
Reconstructions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
4.8 Special Topics: Increasing Area for ‘Supermontage’
Reconstructions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
4.8.1 Using SerialEM to Acquire Supermontage
Tilt Series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
4.8.2 Using IMOD’s Etomo Interface to Compute
Individual Montage Panels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
4.8.3 Using IMOD to Stitch Supermontages Laterally . . . . . . 110
4.8.4 Setupstitch . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
4.8.5 Edgepatches. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
4.8.6 Fitpatches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
4.8.7 Stitchalign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
4.8.8 Tomostitch. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
4.9 Conclusions and Future Directions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
References. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
5 Volume Scanning Electron Microscopy: Serial Block-Face
Scanning Electron Microscopy Focussed Ion Beam Scanning
Electron Microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
Richard I. Webb and Nicole L. Schieber
5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
5.2 Volume Scanning Electron Microscopy—SBEM
and FIB-SEM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Contents
xi