2.5 Microbiologie
Choix des paramètres
La microbiologie concerne l'ensemble des organismes vivants microscopiques (bactéries, virus, champignons, ... ).
Les paramètres pris en compte dans le réseau de surveillance microbiologique REMI sont les coliformes
fécaux Escherichia Coli (E. coli). Ces bactéries communes du système digestif humain sont recherchées
comme indicateurs de la contamination fécale du milieu. En toute rigueur, sont présentés ici uniquement
des résultats bactériologiques, dénomination retenue dans la suite de l'ouvrage.
Si la contamination en coliformes fécaux est importante, il y a un risque de présence d'autres germes
fécaux dans le mi lieu marin comme les salmonelles, pathogènes pour la plupart pour l'homm e, et de virus
dont celui de l'hépatite A, beaucoup plus difficiles à détecter. C'est pourquoi, en cas d'abondance des
E.coli (coliformes fécaux produisant de l'indole à partir du tryptophane à 44 ' C), les salmonelles sont
recherchées. Cependant, l'abondance d' E. coli en un endroit ne signifie pas obligatoirement la présence de
salmonelles et de virus ; de même la rareté des E. coli, bactéries à durée de vie assez courte en milieu
marin, n'exclut pas la présence de salmonel les ou de virus qui auraient subsisté plus longtemps.
La recherche des germes est faite sur des coquillages, essentiellement huîtres, moules ou coques pour
des raisons biologiques et sanitaires : ce sont des organismes filtreurs qui concentrent les particules en
suspension dont les bactéries, et qui sont généralement consommés crus, présentant ainsi un risque pour
le consommateur s'ils sont contaminés par des germes pathogènes.
Méthodes de prélèvement et d'analyse
En Mer du Nord, Manche et Atlantique, les prélèvements de coquillages sont réalisés à basse mer de
vives-eaux . Les échantillons sont transportés en glacière réfrigérée vers le laboratoire d'analyse. Les
techniques d'analyses nécessitent 25 g de chair de coquillages et d'eau intervalvaire, soit 4 à 5 individus
pour les huîtres, 10 à 15 individus pour les moules et les coques.
Le dénombrement des E. coli se fait par ensemencement d'un volume donné d'échantillon et de dilutions
décimales de celui-ci (trois tubes ensemencés par dilution et trois dilutions réalisées) dans un milieu liquide
sélectif. Le résu ltat est exprimé en nombre le plus probable (NPP) d' E. coli dans 1 OO millilitres de chair et
liquide intervalvaire (AFNOR V 45-110). Le seuil de détection de la méthode est 18 E. coli/1 OO ml pour un
volume d'ensemencement de 5 ml ou 90 E. coli/1 OO ml pour un volume ensemencé de 1 ml dans chaque
tube.
A une date donnée, il y a une incertitude sur l'évaluation de la contamination bactériologique sur un
secteur donné à cause, d'une part, de l'imprécision de la mesure et, d'autre part, de la variabilité spatiale
de la contamination. A titre d'exemple , pour une estimation NPP de 1440 E. coli/1 OO ml, la concentration
réelle en E. coli a 95% de chances d'être comprise entre 240 et 5 940 et seulement 60% de chances d'être
comprise entre 1 280 et 4 200 !
Présentation des résultats
Note préliminaire :
Il n'est pas possible d'agréger les résultats pour les sites qui comportent des points de prélèvements
soumis à des influences différentes. Les points de prélèvement de ces sites sont alors regroupées en
plusieurs secteurs homogènes. A chaque secteur correspond une série de résultats identifiée par sa
couleur. Il est évident qu'une série de résultats ne peut concerner qu'une seule espèce de coquillage.
Graphiques au niveau site de l'évolution dans le temps de la contamination d'un secteur (et pour une seule
espèce de coquillage par secteur) :
La concentration moyenne (exprimée en logarith me décimal des E. coli/1 OO ml) est calculée à partir des
résultats obtenus sur les différents points du secteur homogène échantillonnés à la même date.
L'imprécision est matérialisée par une barre verticale centrée sur un point représentant l'écart-type, et
traduisant la dispersion des résultats autour de la valeur moyenne du secteur.
Grille de lecture des résultats au niveau région :
Elle traduit par une classification l'évaluation qu'il est possible de faire du niveau de contamination
bactériologique de chaque secteur en s'inspirant de la directive européenne 91 /492 du 15 juillet 1991
(CEE, 1991 ). Les secteurs de très bonne qualité (au moins 90% de résultats inférieurs à 230 E. coli/1 OO ml
et aucun supérieur à 4 600) sont en bleu, les secteurs de bonne qualité (aucun résultat supérieur à 4 600
E. coli/1 OO ml ) sont en vert, les secteurs de qualité médiocre (résultats allant jusqu'à 46 000 E. coli/1 OO
ml) sont en orange et les secteurs de mauvaise qualité (dépassement du seuil de 46 000 E. coli/1 OO ml)
sont en rouge. Le classement a été fait sur la base des résultats acquis au cours de la période avril 1989
décembre 1991 . Cette classification a une valeur purement indicative et ne doit pas être considérée
comme un classement de zone tel que l'entend la directive CEE 91 /492 sur les conditions de mise
en marché de mollusques bivalves vivants.
Choix des paramètres
La microbiologie concerne l'ensemble des organismes vivants microscopiques (bactéries, virus, champignons, ... ).
Les paramètres pris en compte dans le réseau de surveillance microbiologique REMI sont les coliformes
fécaux Escherichia Coli (E. coli). Ces bactéries communes du système digestif humain sont recherchées
comme indicateurs de la contamination fécale du milieu. En toute rigueur, sont présentés ici uniquement
des résultats bactériologiques, dénomination retenue dans la suite de l'ouvrage.
Si la contamination en coliformes fécaux est importante, il y a un risque de présence d'autres germes
fécaux dans le mi lieu marin comme les salmonelles, pathogènes pour la plupart pour l'homm e, et de virus
dont celui de l'hépatite A, beaucoup plus difficiles à détecter. C'est pourquoi, en cas d'abondance des
E.coli (coliformes fécaux produisant de l'indole à partir du tryptophane à 44 ' C), les salmonelles sont
recherchées. Cependant, l'abondance d' E. coli en un endroit ne signifie pas obligatoirement la présence de
salmonelles et de virus ; de même la rareté des E. coli, bactéries à durée de vie assez courte en milieu
marin, n'exclut pas la présence de salmonel les ou de virus qui auraient subsisté plus longtemps.
La recherche des germes est faite sur des coquillages, essentiellement huîtres, moules ou coques pour
des raisons biologiques et sanitaires : ce sont des organismes filtreurs qui concentrent les particules en
suspension dont les bactéries, et qui sont généralement consommés crus, présentant ainsi un risque pour
le consommateur s'ils sont contaminés par des germes pathogènes.
Méthodes de prélèvement et d'analyse
En Mer du Nord, Manche et Atlantique, les prélèvements de coquillages sont réalisés à basse mer de
vives-eaux . Les échantillons sont transportés en glacière réfrigérée vers le laboratoire d'analyse. Les
techniques d'analyses nécessitent 25 g de chair de coquillages et d'eau intervalvaire, soit 4 à 5 individus
pour les huîtres, 10 à 15 individus pour les moules et les coques.
Le dénombrement des E. coli se fait par ensemencement d'un volume donné d'échantillon et de dilutions
décimales de celui-ci (trois tubes ensemencés par dilution et trois dilutions réalisées) dans un milieu liquide
sélectif. Le résu ltat est exprimé en nombre le plus probable (NPP) d' E. coli dans 1 OO millilitres de chair et
liquide intervalvaire (AFNOR V 45-110). Le seuil de détection de la méthode est 18 E. coli/1 OO ml pour un
volume d'ensemencement de 5 ml ou 90 E. coli/1 OO ml pour un volume ensemencé de 1 ml dans chaque
tube.
A une date donnée, il y a une incertitude sur l'évaluation de la contamination bactériologique sur un
secteur donné à cause, d'une part, de l'imprécision de la mesure et, d'autre part, de la variabilité spatiale
de la contamination. A titre d'exemple , pour une estimation NPP de 1440 E. coli/1 OO ml, la concentration
réelle en E. coli a 95% de chances d'être comprise entre 240 et 5 940 et seulement 60% de chances d'être
comprise entre 1 280 et 4 200 !
Présentation des résultats
Note préliminaire :
Il n'est pas possible d'agréger les résultats pour les sites qui comportent des points de prélèvements
soumis à des influences différentes. Les points de prélèvement de ces sites sont alors regroupées en
plusieurs secteurs homogènes. A chaque secteur correspond une série de résultats identifiée par sa
couleur. Il est évident qu'une série de résultats ne peut concerner qu'une seule espèce de coquillage.
Graphiques au niveau site de l'évolution dans le temps de la contamination d'un secteur (et pour une seule
espèce de coquillage par secteur) :
La concentration moyenne (exprimée en logarith me décimal des E. coli/1 OO ml) est calculée à partir des
résultats obtenus sur les différents points du secteur homogène échantillonnés à la même date.
L'imprécision est matérialisée par une barre verticale centrée sur un point représentant l'écart-type, et
traduisant la dispersion des résultats autour de la valeur moyenne du secteur.
Grille de lecture des résultats au niveau région :
Elle traduit par une classification l'évaluation qu'il est possible de faire du niveau de contamination
bactériologique de chaque secteur en s'inspirant de la directive européenne 91 /492 du 15 juillet 1991
(CEE, 1991 ). Les secteurs de très bonne qualité (au moins 90% de résultats inférieurs à 230 E. coli/1 OO ml
et aucun supérieur à 4 600) sont en bleu, les secteurs de bonne qualité (aucun résultat supérieur à 4 600
E. coli/1 OO ml ) sont en vert, les secteurs de qualité médiocre (résultats allant jusqu'à 46 000 E. coli/1 OO
ml) sont en orange et les secteurs de mauvaise qualité (dépassement du seuil de 46 000 E. coli/1 OO ml)
sont en rouge. Le classement a été fait sur la base des résultats acquis au cours de la période avril 1989
décembre 1991 . Cette classification a une valeur purement indicative et ne doit pas être considérée
comme un classement de zone tel que l'entend la directive CEE 91 /492 sur les conditions de mise
en marché de mollusques bivalves vivants.