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Les conditions d’amplification suivantes sont réalisées par un thermo-cycler : 30 cycles de 30
secondes à 95°C, 1 minute à 60°C et 2mn à 72°C. On a rajouté une étape initiale de dénaturation (3
mn à 95°C) et une étape finale de 7mn à 72°C. L’ADN cloné est purifié par l’EXOSAP-IT kit et
séquencé en chaîne par l’ABI Prism Bigdye
TM
Terminator Cycle Sequencing kit (Applied
Biosystem). Les séquences sont résolues dans l’ABI Genetic Analyser (Applied Biosystem). Le
polymorphisme des séquences des différents haplotypes est confirmé par le séquençage des deux
brins. Les séquences individuelles de plusieurs espèces de raies (Dipturus oxyrhincus, Raja.
asterias, R. brachyura, R. montagui, R. polystigma, R. radula) ont été alignées et traitées par le
programme MEGA (Kumar et al, 2001). Les haplotypes caractéristiques des espèces ont pu être
déterminés par comparaison des séquences individuelles.
2.3. Systématique phylogénétique
La phylogénétique a pour objectif de reconstruire les relations au cours de l’évolution entre les
différentes espèces. Les méthodes cladistiques explicites depuis Hennig (1950 in Kitching et al,
1998) sont largement utilisées depuis le milieu des années 1960 et plus connues sous l’appellation
de systématique phylogénétique : la classification des espèces doit respecter de manière précise
leurs liens phylogénétiques.
Figure 13 - Concept de la relation biologique (Hennig 1950, in Kitching et al, 1998).
Trois taxons sont représentés dans la figure 13 : saumon et lézard ont un ancêtre commun (x) au
temps t2 et sont par conséquents plus proches entre eux qu’ils ne le sont avec le taxon requin. D’un
autre côté, ce dernier se rapproche du groupe saumon-lézard car ayant un ancêtre commun unique
Les conditions d’amplification suivantes sont réalisées par un thermo-cycler : 30 cycles de 30
secondes à 95°C, 1 minute à 60°C et 2mn à 72°C. On a rajouté une étape initiale de dénaturation (3
mn à 95°C) et une étape finale de 7mn à 72°C. L’ADN cloné est purifié par l’EXOSAP-IT kit et
séquencé en chaîne par l’ABI Prism Bigdye
TM
Terminator Cycle Sequencing kit (Applied
Biosystem). Les séquences sont résolues dans l’ABI Genetic Analyser (Applied Biosystem). Le
polymorphisme des séquences des différents haplotypes est confirmé par le séquençage des deux
brins. Les séquences individuelles de plusieurs espèces de raies (Dipturus oxyrhincus, Raja.
asterias, R. brachyura, R. montagui, R. polystigma, R. radula) ont été alignées et traitées par le
programme MEGA (Kumar et al, 2001). Les haplotypes caractéristiques des espèces ont pu être
déterminés par comparaison des séquences individuelles.
2.3. Systématique phylogénétique
La phylogénétique a pour objectif de reconstruire les relations au cours de l’évolution entre les
différentes espèces. Les méthodes cladistiques explicites depuis Hennig (1950 in Kitching et al,
1998) sont largement utilisées depuis le milieu des années 1960 et plus connues sous l’appellation
de systématique phylogénétique : la classification des espèces doit respecter de manière précise
leurs liens phylogénétiques.
Figure 13 - Concept de la relation biologique (Hennig 1950, in Kitching et al, 1998).
Trois taxons sont représentés dans la figure 13 : saumon et lézard ont un ancêtre commun (x) au
temps t2 et sont par conséquents plus proches entre eux qu’ils ne le sont avec le taxon requin. D’un
autre côté, ce dernier se rapproche du groupe saumon-lézard car ayant un ancêtre commun unique