- 62 -
L
Figure 11- Chromatogrammes obtenus par le séquenceur automatique ABI prism 310 Dye
Terminator
Ces derniers sont analysés automatiquement à la sortie du gel par un système laser permettant
d’identifier la nature du fluorophore. Les résultats sont transférés sur ordinateur Mac Intosh et un
logiciel (Sequencing Analysis) permet d’avoir accès au chromatogramme correspondant à la
séquence (fig.-11).
La hauteur de chaque courbe de différente couleur indique l’intensité relative de la fluorescence
correspondant à chacune des couleurs attribuées aux quatre ddNTP. De cette manière les pics
peuvent être considérés directement comme des séquences d’ADN ( Hillis et al, 1996).
Alignement des séquences
La comparaison de deux ou plusieurs séquences nécessite leur alignement. Lorsqu’elles sont
alignées, il est possible de déterminer les zones d’insertion ou de délétion depuis leur divergence à
partir d’un ancêtre commun. On sera confronté à 3 cas (fig. 12) :
- les bases se superposent ;
- les bases ne se superposent pas ;
- une base existe dans une séquence, mais n’existe pas dans l’autre.
Ancêtre commun
Descendants
Séquences alignées
TACGGCTTTACCGA
TAACGGCTTTACCGA
TAACGGCTTTACCGA
TACGGCTGTACGA
TA –CGGCTGTAC -GA
Insertion chez le descendant 1 ; délétion chez l’individu 2.
Mutation chez l’individu 2
Figure 12- Comparaison de deux séquences