MATERIEL ET METHODES
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produites pendant la période d’incubation se traduisent par des virages colorés spontanés
ou révélés par l’addition de réactifs (Biomerieux).
Technique
Réunir fond et couvercle d’une boite d’incubation et repartir environ 5ml d’eau
distillée
dans les alvéoles afin de créer une atmosphère humide ;
retirer la galerie stérile de son emballage et la déposer dans la boite d’incubation ;
préparer l’inoculum bactérien : mettre 1 à 3 colonies jeunes dans de l’eau distillée
stérile
inoculer la galerie comme suit :
Remplir les tubes et cupules des tests (CIT, VP et GEL).
Remplir uniquement les tubes (et non les cupules) des autres tests.
Créer une anaérobiose dans les tests : ADH, LDC, ODC, H 2 S, URE, en remplissant
leur cupule d’huile de vaseline;
incuber à 37°C pendant 24-48heures;
le test d’oxydase est réalisé par le dépôt d’un inoculum bactérien sur le disque
d’oxydase contenant l’oxalate de diméthyle-paraphényléne-diamine. La présence du
cytochrome oxydase se traduit par l’apparition d’une coloration violette.
Lecture
Ces galeries doivent être lues selon les recommandations du fournisseur. Après
codification des réactions en un profil numérique, l’identification est obtenue on se référant
à un catalogue analytique (Biomérieux).
3-2-Phylogenie
La phylogénie est l'étude de la parenté évolutive entre les différents groupes de
l'organisme. Les souches de E. coli peuvent être attribuées à l'un des principaux groupes
phylogénétiques (A, B1, B2 et D) (Herzer et al., 1990). Selon Lecointre et al. (1998) Les
groupes A et B1 sont des groupes sœurs alors que le groupe B2 est inclus dans une branche
ancestrale. Les souches de ces groupes diffèrent dans leurs caractéristiques phénotypiques,
y compris la possibilité d'utiliser certains sucres et les profils de résistance aux
antibiotiques.