GENERALITE
7
I.4. Le génome d’ E. coli.
Le patrimoine génétique de la souche E. coli de laboratoire non pathogène a été
entièrement séquencé en 1997. Son génome comprend 4,6 millions de paires de bases
codant environ 4200 protéines.
En 2001, le génome d'une souche d’ E. coli entérohémorragique (provoquant la maladie du
hamburger) a été séquencé. Il comprend 5,5 millions de paires de bases codant 5400
protéines. L'année suivante, le génome d'une souche d’ E. coli provoquant des infections
urinaires (cystite, pyélonéphrite) et des méningites néonatales, a été séquencé. Il comprend
5,2 millions de paires de bases codant 5300 protéines.
La comparaison des génomes de ces trois souches d’ E. coli révèle que seulement 40% de
leurs gènes sont communs. A titre de comparaison, 99% des gènes de l'homme et des
grands singes sont communs. Ceci témoigne du remarquable potentiel évolutif et de la
versatilité de ce taxon bactérien. En effet, les souches d’E. coli pathogènes ont acquis au
cours de l’évolution un répertoire de gènes de virulence, qui leur permettent de coloniser
de nouvelles niches écologiques en contournant les mécanismes de défense de l’hôte.
L’expression d’un répertoire spécifique de facteurs de virulence est corrélée à une
pathologie particulière et permet de définir différents pathovars (RAY et RAET, 2000).
I.5. Subdivisions de l’espèce E. coli
L’espèce E. coli est constituée d’une multitude de souches qui peuvent être différenciées et
classées par la détermination de leur BIOTYPES, SEROTYPES et LYSOTYPES.
-Le BIOTYPE : est le profil biochimique des souches. A côté des caractères d’espèce, les
souches d’E. coli varient, en effet, par différents autres caractères biochimiques (MAINIL
J, 2003)
-Le SEROTYPE : est défini par la combinaison de certains antigènes de surface que l’on
peut mettre en évidence : les antigènes somatiques de nature lipopolysaccharidique (LPS),
les antigènes capsulaires K de nature polysaccharidique et les antigènes ciliaires H de
nature protéique (MAINIL J, 2003)
Les bases du schéma d’identification par sérotypie ont été définies par Kauffmann
Actuellement, environ 180 groupes O, 80 groupes K et 70 groupes H ont été reconnus
(MAINIL J, 2003)
7
I.4. Le génome d’ E. coli.
Le patrimoine génétique de la souche E. coli de laboratoire non pathogène a été
entièrement séquencé en 1997. Son génome comprend 4,6 millions de paires de bases
codant environ 4200 protéines.
En 2001, le génome d'une souche d’ E. coli entérohémorragique (provoquant la maladie du
hamburger) a été séquencé. Il comprend 5,5 millions de paires de bases codant 5400
protéines. L'année suivante, le génome d'une souche d’ E. coli provoquant des infections
urinaires (cystite, pyélonéphrite) et des méningites néonatales, a été séquencé. Il comprend
5,2 millions de paires de bases codant 5300 protéines.
La comparaison des génomes de ces trois souches d’ E. coli révèle que seulement 40% de
leurs gènes sont communs. A titre de comparaison, 99% des gènes de l'homme et des
grands singes sont communs. Ceci témoigne du remarquable potentiel évolutif et de la
versatilité de ce taxon bactérien. En effet, les souches d’E. coli pathogènes ont acquis au
cours de l’évolution un répertoire de gènes de virulence, qui leur permettent de coloniser
de nouvelles niches écologiques en contournant les mécanismes de défense de l’hôte.
L’expression d’un répertoire spécifique de facteurs de virulence est corrélée à une
pathologie particulière et permet de définir différents pathovars (RAY et RAET, 2000).
I.5. Subdivisions de l’espèce E. coli
L’espèce E. coli est constituée d’une multitude de souches qui peuvent être différenciées et
classées par la détermination de leur BIOTYPES, SEROTYPES et LYSOTYPES.
-Le BIOTYPE : est le profil biochimique des souches. A côté des caractères d’espèce, les
souches d’E. coli varient, en effet, par différents autres caractères biochimiques (MAINIL
J, 2003)
-Le SEROTYPE : est défini par la combinaison de certains antigènes de surface que l’on
peut mettre en évidence : les antigènes somatiques de nature lipopolysaccharidique (LPS),
les antigènes capsulaires K de nature polysaccharidique et les antigènes ciliaires H de
nature protéique (MAINIL J, 2003)
Les bases du schéma d’identification par sérotypie ont été définies par Kauffmann
Actuellement, environ 180 groupes O, 80 groupes K et 70 groupes H ont été reconnus
(MAINIL J, 2003)