Chapitre I : Généralités et méthodes d’étude
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Tout d' abord, la matrice initiale I est créée en fonction des espèces, leurs fréquences, leurs densités et
leurs biomasses. Ensuite, la distance euclidienne a été utilisée dans le calcul de la matrice de distance
D des données centrées réduites de la matrice I. L'application de cette indice entre les espèces généré
une matrice triangulaire D de dissimilitudes entre les paires d’espèces (objet/objet). Par la suite, sur la
base de 4 algorithmes de classification (Ward, lien simple, lien complet et lien moyen) ont été
appliquées pour générer les matrices ultramétriques U des différents dendrogramme. Afin de
comparer la performance des algorithmes de classification, nous avons représenté dans la même
fenêtre graphique les matrix-plot des 4 cas ci-dessus avec illustration de la première bissectrice qui
représente la situation théorique D=U. La norme 2 a été calculée et affiché sur le même graphique.
(l’algorithme le plus performant est celui qui correspond à la plus faible norme 2).En pratique, les
calculs ont été effectués à l’aide du logiciel R (version 3.0.3) en utilisant les librairies (Packages)
vegan, ade4, clue et cluster.
2.1.3. Régime alimentaire
L’étude des habitudes alimentaires des poissons permet d’expliquer les réactions intra et
interspécifiques qui régissent d’une part les phénomènes de compétitions, les moyens de détection, de
prise de proie et de partage des ressources, et d’une autre part les variations de croissance et les
migrations trophiques (Hyslop, 1980). D’une autre part, en plus de la distribution des espèces, les
informations détaillées sur leur régime alimentaire reste nécessaire pour la modélisation de
l’écosystème et la délimitation des unités de stock (Litvinov, 2003 ; Patokina et al., 2005).
Comme étant des prédateurs supérieurs, les Élasmobranches, jouent un rôle clef dans l’écosystème
océanique, les données sur leur régime alimentaire sont rares et préservées (Patokina et al., 2005). En
effet, même les articles bien détaillés sur les élasmobranches (Campagno, 1984 ; Forese et Pauly,
2013 ; Ebert et Stehman, 2013) contiennent des données du régime alimentaire sans aucune
estimation quantitative des proies préférentielles. Donc n’importe quelle information supplémentaire
sur ce sujet est plus désirable pour des recherches supplémentaires ou bien des analyses comparatives.
2.1.3.1. Échantillonnage
L’échantillonnage a été réalisé pendant une année (entre avril 2012 et avril 2013) à partir des sorties
journalières au niveau de la pêcherie d’Alger. Ces échantillons sont capturés dans la région Est des
côtes algériennes. Vu les difficultés climatiques et logistiques rencontrées durant cette année, seules
99 individus ont été récoltés, transportés au laboratoire de Sidi Fredj (ENSSMAL) dans une glacière
pour minimiser toute digestion supplémentaire des contenus stomacaux.
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Tout d' abord, la matrice initiale I est créée en fonction des espèces, leurs fréquences, leurs densités et
leurs biomasses. Ensuite, la distance euclidienne a été utilisée dans le calcul de la matrice de distance
D des données centrées réduites de la matrice I. L'application de cette indice entre les espèces généré
une matrice triangulaire D de dissimilitudes entre les paires d’espèces (objet/objet). Par la suite, sur la
base de 4 algorithmes de classification (Ward, lien simple, lien complet et lien moyen) ont été
appliquées pour générer les matrices ultramétriques U des différents dendrogramme. Afin de
comparer la performance des algorithmes de classification, nous avons représenté dans la même
fenêtre graphique les matrix-plot des 4 cas ci-dessus avec illustration de la première bissectrice qui
représente la situation théorique D=U. La norme 2 a été calculée et affiché sur le même graphique.
(l’algorithme le plus performant est celui qui correspond à la plus faible norme 2).En pratique, les
calculs ont été effectués à l’aide du logiciel R (version 3.0.3) en utilisant les librairies (Packages)
vegan, ade4, clue et cluster.
2.1.3. Régime alimentaire
L’étude des habitudes alimentaires des poissons permet d’expliquer les réactions intra et
interspécifiques qui régissent d’une part les phénomènes de compétitions, les moyens de détection, de
prise de proie et de partage des ressources, et d’une autre part les variations de croissance et les
migrations trophiques (Hyslop, 1980). D’une autre part, en plus de la distribution des espèces, les
informations détaillées sur leur régime alimentaire reste nécessaire pour la modélisation de
l’écosystème et la délimitation des unités de stock (Litvinov, 2003 ; Patokina et al., 2005).
Comme étant des prédateurs supérieurs, les Élasmobranches, jouent un rôle clef dans l’écosystème
océanique, les données sur leur régime alimentaire sont rares et préservées (Patokina et al., 2005). En
effet, même les articles bien détaillés sur les élasmobranches (Campagno, 1984 ; Forese et Pauly,
2013 ; Ebert et Stehman, 2013) contiennent des données du régime alimentaire sans aucune
estimation quantitative des proies préférentielles. Donc n’importe quelle information supplémentaire
sur ce sujet est plus désirable pour des recherches supplémentaires ou bien des analyses comparatives.
2.1.3.1. Échantillonnage
L’échantillonnage a été réalisé pendant une année (entre avril 2012 et avril 2013) à partir des sorties
journalières au niveau de la pêcherie d’Alger. Ces échantillons sont capturés dans la région Est des
côtes algériennes. Vu les difficultés climatiques et logistiques rencontrées durant cette année, seules
99 individus ont été récoltés, transportés au laboratoire de Sidi Fredj (ENSSMAL) dans une glacière
pour minimiser toute digestion supplémentaire des contenus stomacaux.