Chapitre II
Matériel et méthodes
16
3.2.1. Numérisation des otolithes
L’otolithe est placé à plat (face concave dirigés vers l’observateur) sur un fond noir, puis observé
à l’aide d’une loupe binoculaire (Optech) munie d’une caméra vidéo (Oxyrian) reliée à un
ordinateur. L’éclairage en lumière réfléchie permet de régler la direction et l’intensité de la
lumière afin d’obtenir une image bien claire avec le plus haut contraste possible. Il faut veiller à
ce que le contour des pièces soit bien visible. Cela permet ensuite au logiciel R de sélectionner
très précisément le contour de l’otolithe. Les otolithes doivent être orientés avec leur rostre vers
la gauche (par défaut) comme on le voit sur la figure 09. Les acquisitions des images des sagittae
ont été réalisées avec le logiciel Future WinJoe (Future Optics). Ce dernier permet de prendre
des photos numériques et de les stocker sous forme d’images JPEG.
Figure 09 - Positionnement de l’otolithe droit et gauche pour la prise des photos. Exemple de
sagittae de la sardine.
3.2.2. Préparation des images des otolithes
Pour faciliter la manipulation des images, nous avons créé un dossier nommé par exemple
« Bogue », dans ce dernier, un dossier intitulé obligatoirement « Original » est créé, dans lequel,
les images de chaque secteur sont stockées dans un dossier nommé par le nom du site, en
utilisant les deux premières lettres, par exemple, « AL » représenterait un échantillon provenant
de la région d’Alger. Chaque nom d'image d'otolithe dans le dossier 'AL' doit représenter le code
du poisson. Ensuite, une copie de l'intégralité du dossier « Original » est réalisée, ce nouveau
dossier est nommé par « Fixed ». Les dossiers « Original » et « Fixed » doivent exister parce que
les images des deux dossiers sont utilisées lorsque le package shapeR est utilisé pour effectuer
des contrôles de qualité sur les contours d'otolithes.
3.2.3. Préparation de la base de données
Un fichier de données pour chaque spécimen de poisson en lignes, avec des informations dans
des colonnes telles que la population, la station, la date d'échantillonnage, l'emplacement, la
longueur, etc. est stocké dans le même dossier où les images sont stockées. Nous avons travaillé
avec un fichier texte dans un format csv (* .csv). Deux colonnes dans le fichier de données sont
obligatoires, 'Folder' (se compose de noms de dossier tels que 'AL') et 'picname' (se compose de
Matériel et méthodes
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3.2.1. Numérisation des otolithes
L’otolithe est placé à plat (face concave dirigés vers l’observateur) sur un fond noir, puis observé
à l’aide d’une loupe binoculaire (Optech) munie d’une caméra vidéo (Oxyrian) reliée à un
ordinateur. L’éclairage en lumière réfléchie permet de régler la direction et l’intensité de la
lumière afin d’obtenir une image bien claire avec le plus haut contraste possible. Il faut veiller à
ce que le contour des pièces soit bien visible. Cela permet ensuite au logiciel R de sélectionner
très précisément le contour de l’otolithe. Les otolithes doivent être orientés avec leur rostre vers
la gauche (par défaut) comme on le voit sur la figure 09. Les acquisitions des images des sagittae
ont été réalisées avec le logiciel Future WinJoe (Future Optics). Ce dernier permet de prendre
des photos numériques et de les stocker sous forme d’images JPEG.
Figure 09 - Positionnement de l’otolithe droit et gauche pour la prise des photos. Exemple de
sagittae de la sardine.
3.2.2. Préparation des images des otolithes
Pour faciliter la manipulation des images, nous avons créé un dossier nommé par exemple
« Bogue », dans ce dernier, un dossier intitulé obligatoirement « Original » est créé, dans lequel,
les images de chaque secteur sont stockées dans un dossier nommé par le nom du site, en
utilisant les deux premières lettres, par exemple, « AL » représenterait un échantillon provenant
de la région d’Alger. Chaque nom d'image d'otolithe dans le dossier 'AL' doit représenter le code
du poisson. Ensuite, une copie de l'intégralité du dossier « Original » est réalisée, ce nouveau
dossier est nommé par « Fixed ». Les dossiers « Original » et « Fixed » doivent exister parce que
les images des deux dossiers sont utilisées lorsque le package shapeR est utilisé pour effectuer
des contrôles de qualité sur les contours d'otolithes.
3.2.3. Préparation de la base de données
Un fichier de données pour chaque spécimen de poisson en lignes, avec des informations dans
des colonnes telles que la population, la station, la date d'échantillonnage, l'emplacement, la
longueur, etc. est stocké dans le même dossier où les images sont stockées. Nous avons travaillé
avec un fichier texte dans un format csv (* .csv). Deux colonnes dans le fichier de données sont
obligatoires, 'Folder' (se compose de noms de dossier tels que 'AL') et 'picname' (se compose de