I.1. Choix de la zone d’étude……………………………………………………...
47
II. Matériel………………………………………………………………………...
49
II.1. Choix des espèces……………………………………………………………
49
II.2. Echantillonnage des poissons………………………………………………..
49
II.3. Les antibiotiques…………………………………………………….................
50
II.4. Les souches de références……………………………………………………
51
III. Méthodes……………………………………………………………………...
51
III.1. Préparation des échantillons de poissons pour l’analyse microbiologique…
51
III.2. Recherche et dénombrement de la flore microbienne dans les poissons…...
51
III.2.1. Recherche et dénombrement de la flore mésophile aérobie totale………..
52
III.2.2. Recherche et dénombrement des coliformes (totaux et thermotolérants)...
52
III.2.3. Détection et Prévalence de la résistance aux antibiotiques………………
52
III.3. Identification des bactéries résistantes……………………………………...
53
III.4. Etude de la sensibilité aux autres antibiotiques par antibiogramme………
54
III.5. Détection des béta-lactamases inductibles : test d’antagonisme……………
55
III.6. Détection des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE)…………………….
56
III.7. Transfert génétique par conjugaison bactérienne en milieu solide………..
56
III.8. Extraction d’ADN total par la méthode d’ébullition……………………….
56
III.9. Recherche de gènes de résistance par Réaction de Polymérisation en
Chaine……………………………………………………………………………..
57
III.9.1. Recherche des gènes de béta-lactamases et béta_lactamases à spectre élargi
par PCR Simplex…………………………………………………………..
57
III.9.2. Recherche de gènes de céphalosporinases par PCR multiplexe………..
58
III.10. Electrophorèse sur gel d’agarose………………………………………….
60
IV. Analyse statistique……………………………………………………………
60
III- Résultats et discussions
I. Analyse microbiologique des différents échantillons de poissons…………
62
II. Prévalence de la résistance aux antibiotiques dans les poisson………………..
62
II.1. Prévalence de la résistance aux antibiotiques chez la flore mésophile aérobie
totale……………………………………………………………………...
62
II.2. Prévalence de la résistance aux antibiotiques chez les coliformes…………..
66
III. Comparaison des taux de résistance selon l’habitat……………………..
69
IV. Comparaison des taux de résistance selon les antibiotiques……………
71
V. Identification bactérienne……………………………………………………..
72
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II. Matériel………………………………………………………………………...
49
II.1. Choix des espèces……………………………………………………………
49
II.2. Echantillonnage des poissons………………………………………………..
49
II.3. Les antibiotiques…………………………………………………….................
50
II.4. Les souches de références……………………………………………………
51
III. Méthodes……………………………………………………………………...
51
III.1. Préparation des échantillons de poissons pour l’analyse microbiologique…
51
III.2. Recherche et dénombrement de la flore microbienne dans les poissons…...
51
III.2.1. Recherche et dénombrement de la flore mésophile aérobie totale………..
52
III.2.2. Recherche et dénombrement des coliformes (totaux et thermotolérants)...
52
III.2.3. Détection et Prévalence de la résistance aux antibiotiques………………
52
III.3. Identification des bactéries résistantes……………………………………...
53
III.4. Etude de la sensibilité aux autres antibiotiques par antibiogramme………
54
III.5. Détection des béta-lactamases inductibles : test d’antagonisme……………
55
III.6. Détection des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE)…………………….
56
III.7. Transfert génétique par conjugaison bactérienne en milieu solide………..
56
III.8. Extraction d’ADN total par la méthode d’ébullition……………………….
56
III.9. Recherche de gènes de résistance par Réaction de Polymérisation en
Chaine……………………………………………………………………………..
57
III.9.1. Recherche des gènes de béta-lactamases et béta_lactamases à spectre élargi
par PCR Simplex…………………………………………………………..
57
III.9.2. Recherche de gènes de céphalosporinases par PCR multiplexe………..
58
III.10. Electrophorèse sur gel d’agarose………………………………………….
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IV. Analyse statistique……………………………………………………………
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III- Résultats et discussions
I. Analyse microbiologique des différents échantillons de poissons…………
62
II. Prévalence de la résistance aux antibiotiques dans les poisson………………..
62
II.1. Prévalence de la résistance aux antibiotiques chez la flore mésophile aérobie
totale……………………………………………………………………...
62
II.2. Prévalence de la résistance aux antibiotiques chez les coliformes…………..
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III. Comparaison des taux de résistance selon l’habitat……………………..
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IV. Comparaison des taux de résistance selon les antibiotiques……………
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V. Identification bactérienne……………………………………………………..
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