Chapitre II
Matériel et méthodes
21
2.4. Procédure de calcul des paramètres DEB
Il nous faut télécharger les packages gratuits DEBtool et AmPtool compatibles avec le programme
Matlab. Ces derniers, sont utilisés pour estimer les paramètres et pour étudier l’effet de ces
paramètres sur les propriétés éco-physiologiques. Quatre fichiers Matlab (extension .m) doivent
être utilisés à cet effet :
mydata_my_pet pour définir les données, estimer les paramètres et vérifier la qualité
de l'ajustement.
predict_my_pet pour quantifier la prédiction, à partir des valeurs des paramètres.
pars_my_pet pour définir les valeurs des paramètres (copiés à partir de mydata) et
évaluer les propriétés implicites.
run_my_pet pour exécuter la procédure d’estimation.
L’écriture informatique (script) de ces 4 fichiers doit suivre les exemples disponibles dans le site
internet dédié à la théorie DEB : http://www.bio.vu.nl/thb/deb/deblab/debtool (Université
d’Amsterdam).
Pour chaque espèce, nous remplaçons le terme my_pet (mon animal) par le nom scientifique de
l’espèce étudiée, exemple : Mydata_Pegusa_lascaris…etc.
Étant donné que les fichiers permettent l’édition, le fichier predict peut spécifier un modèle plus
détaillé que le modèle DEB standard et disposant de paramètres spécifiques aux données (par
exemple, la taille ou l’âge d’un individu au début d’une expérience).
Les variables clés du cycle de vie pour le modèle "abj" sont calculés par la fonction « get_tj »,
cette fonction calcule l'assimilation, la mobilisation, la maintenance somatique, la maintenance de
la maturité, la croissance, la reproduction et la dissipation des puissances pondérées en fonction
de la longueur et des réserves pondérées. Comme déjà signalé, ce cas est limité au cas particulier
du modèle DEB "abj", qui considère l'accélération du métabolisme pendant le stade larvaire,
laquelle croît de manière exponentielle jusqu'à la métamorphose, voir (Kooijman et al., 2010).
3. Calculs statistiques « La méthode de la covariation »
La méthode de covariation pour l'estimation des paramètres est basée sur une collection
d'observations (points de données uniques et / ou séries temporelles) et un ensemble de pseudodonnées (utilisées pour restreindre les combinaisons de paramètres possibles, voir ci-dessous).
L'idée générale derrière la méthode de covariation est de laisser toutes les informations disponibles
rivaliser, ou interagir, pour produire le résultat final, impliquant l'estimation de tous les paramètres
de tous les ensembles de données simultanément (Lika et al., 2011).
Matériel et méthodes
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2.4. Procédure de calcul des paramètres DEB
Il nous faut télécharger les packages gratuits DEBtool et AmPtool compatibles avec le programme
Matlab. Ces derniers, sont utilisés pour estimer les paramètres et pour étudier l’effet de ces
paramètres sur les propriétés éco-physiologiques. Quatre fichiers Matlab (extension .m) doivent
être utilisés à cet effet :
mydata_my_pet pour définir les données, estimer les paramètres et vérifier la qualité
de l'ajustement.
predict_my_pet pour quantifier la prédiction, à partir des valeurs des paramètres.
pars_my_pet pour définir les valeurs des paramètres (copiés à partir de mydata) et
évaluer les propriétés implicites.
run_my_pet pour exécuter la procédure d’estimation.
L’écriture informatique (script) de ces 4 fichiers doit suivre les exemples disponibles dans le site
internet dédié à la théorie DEB : http://www.bio.vu.nl/thb/deb/deblab/debtool (Université
d’Amsterdam).
Pour chaque espèce, nous remplaçons le terme my_pet (mon animal) par le nom scientifique de
l’espèce étudiée, exemple : Mydata_Pegusa_lascaris…etc.
Étant donné que les fichiers permettent l’édition, le fichier predict peut spécifier un modèle plus
détaillé que le modèle DEB standard et disposant de paramètres spécifiques aux données (par
exemple, la taille ou l’âge d’un individu au début d’une expérience).
Les variables clés du cycle de vie pour le modèle "abj" sont calculés par la fonction « get_tj »,
cette fonction calcule l'assimilation, la mobilisation, la maintenance somatique, la maintenance de
la maturité, la croissance, la reproduction et la dissipation des puissances pondérées en fonction
de la longueur et des réserves pondérées. Comme déjà signalé, ce cas est limité au cas particulier
du modèle DEB "abj", qui considère l'accélération du métabolisme pendant le stade larvaire,
laquelle croît de manière exponentielle jusqu'à la métamorphose, voir (Kooijman et al., 2010).
3. Calculs statistiques « La méthode de la covariation »
La méthode de covariation pour l'estimation des paramètres est basée sur une collection
d'observations (points de données uniques et / ou séries temporelles) et un ensemble de pseudodonnées (utilisées pour restreindre les combinaisons de paramètres possibles, voir ci-dessous).
L'idée générale derrière la méthode de covariation est de laisser toutes les informations disponibles
rivaliser, ou interagir, pour produire le résultat final, impliquant l'estimation de tous les paramètres
de tous les ensembles de données simultanément (Lika et al., 2011).