Chapitre II : Matériel et méthodes
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Figure 10 : Image indiquant les principaux caractères du pourtour et de la face interne de
l’otolithe de Gobius niger (Lakhder Ezzinet Miloudi, 2019).
II.5.1 Analyse de la forme des otolithes
Pour l'analyse de la forme des otolithes, deux méthodes morpho-métriques principales sont
utilisées : l'analyse des points de repère et l'analyse des contours. Grâce à l’analyse des contours,
il est possible de quantifier les formes de contour afin d’évaluer les modèles de variation de
forme au sein des groupes et entre ceux-ci en fonction d’un grand nombre de variables
indépendante. L'avantage d'utiliser de telles méthodes pour l'identification des espèces est
qu'elles sont rentables et ne nécessitent que des images d'otolithes à partir desquelles les contours
peuvent être extraits et analysés à l'aide d'un logiciel statistique (Libungan et Pálsson, 2015)
II.5.1.1 ShapeR
ShapeR (Libungan et Palsson, 2015) est package fonctionnant sur la plate-forme R (The R
Foundation, 2019) et spécialement conçu pour étudier les variations de forme des otolithes parmi
les populations et espèce de poissons. Le logiciel permet d’extraire automatiquement les
contours fermés d’un grand nombre d’images, de lisser pour éliminer le bruit de pixel,
d’effectuer une transformation de Fourier ou de Wavelet sur les contours et de visualiser les
contours, forme moyenne (Libungan et Pálsson, 2015).
II.5.1.2 Descripteurs de forme et de distance (L, W, A, P)
Les Descripteurs de forme sont calculés à partir des descripteurs de distance combinés de
manières différentes (tab.7) (Ladroit et al., 2017).
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Figure 10 : Image indiquant les principaux caractères du pourtour et de la face interne de
l’otolithe de Gobius niger (Lakhder Ezzinet Miloudi, 2019).
II.5.1 Analyse de la forme des otolithes
Pour l'analyse de la forme des otolithes, deux méthodes morpho-métriques principales sont
utilisées : l'analyse des points de repère et l'analyse des contours. Grâce à l’analyse des contours,
il est possible de quantifier les formes de contour afin d’évaluer les modèles de variation de
forme au sein des groupes et entre ceux-ci en fonction d’un grand nombre de variables
indépendante. L'avantage d'utiliser de telles méthodes pour l'identification des espèces est
qu'elles sont rentables et ne nécessitent que des images d'otolithes à partir desquelles les contours
peuvent être extraits et analysés à l'aide d'un logiciel statistique (Libungan et Pálsson, 2015)
II.5.1.1 ShapeR
ShapeR (Libungan et Palsson, 2015) est package fonctionnant sur la plate-forme R (The R
Foundation, 2019) et spécialement conçu pour étudier les variations de forme des otolithes parmi
les populations et espèce de poissons. Le logiciel permet d’extraire automatiquement les
contours fermés d’un grand nombre d’images, de lisser pour éliminer le bruit de pixel,
d’effectuer une transformation de Fourier ou de Wavelet sur les contours et de visualiser les
contours, forme moyenne (Libungan et Pálsson, 2015).
II.5.1.2 Descripteurs de forme et de distance (L, W, A, P)
Les Descripteurs de forme sont calculés à partir des descripteurs de distance combinés de
manières différentes (tab.7) (Ladroit et al., 2017).