Bioinformatic Techniques on Marine Genomics References 305
Part B | 10
tor, B.A. Roe, F. Chen, H. Pan, J. Ramser, H. Lehrach,
R. Reinhardt, W.R. McCombie, M. de la Bastide,
N. Dedhia, H. Blöcker, K. Hornischer, G. Nordsiek, R. Agarwala, L. Aravind, J.A. Bailey, A. Bateman, S. Batzoglou, E. Birney, P. Bork, D.G. Brown,
C.B. Burge, L. Cerutti, H. Chen, D. Church, M. Clamp,
R.R. Copley, T. Doerks, S.R. Eddy, E.E. Eichler,
T.S. Furey, J. Galagan, J.G.R. Gilbert, C. Harmon, Y. Hayashizaki, D. Haussler, H. Hermjako,
K. Hokamp, W. Jang, L.S. Johnson, T.A. Jones,
S. Kasif, A. Kaspryzk, S. Kennedy, W.J. Kent, P. Kitts,
E.V. Koonin, I. Korf, D. Kulp, D. Lancet, T.M. Lowe,
A. McLysaght, T. Mikkelsen, J.V. Moran, N. Mulder, V.J. Pollara, C.P. Ponting, G. Schuler, J. Schultz,
G. Slater, A.F.A. Smit, E. Stupka, J. Szustakowki,
D. Mieg, J. Thierry, L. Wagner, J. Wallis, R. Wheeler,
A. Williams, Y.I. Wolf, K.H. Wolfe, S. Yang, R. Yeh,
F. Collins, M.S. Guyer, J. Peterson, A. Felsenfeld,
K.A. Wetterstrand, R.M. Myers, J. Schmutz, M. Dickson, J. Grimwood, D.R. Cox, M.V. Olson, R. Kaul,
C. Raymond, N. Shimizu, K. Kawasaki, S. Minoshima, G.A. Evans, M. Athanasiou, R. Schultz,
A. Patrinos, M.J. Morgan: Initial sequencing and
analysis of the human genome, Nature 409, 860–
921 (2001)
10.20 J.C. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers, P.W. Li,
R.J. Mural, G.G. Sutton, H.O. Smith, M. Yandell,
C.A. Evans, R.A. Holt, J.D. Gocayne, P. Amanatides,
R.M. Ballew, D.H. Huson, J.R. Wortman, Q. Zhang,
C.D. Kodira, X.H. Zheng, L. Chen, M. Skupski,
G. Subramanian, P.D. Thomas, J. Zhang, G.L.G. Miklos, C. Nelson, S. Broder, A.G. Clark, J. Nadeau,
V.A. McKusick, N. Zinder, A.J. Levine, R.J. Roberts,
M. Simon, C. Slayman, M. Hunkapiller, R. Bolanos,
A. Delcher, I. Dew, D. Fasulo, M. Flanigan, L. Florea, A. Halpern, S. Hannenhalli, S. Kravitz, S. Levy,
C. Mobarry, K. Reinert, K. Remington, J. AbuThreideh, E. Beasley, K. Biddick, V. Bonazzi,
R. Brandon, M. Cargill, I. Chandramouliswaran,
R. Charlab, K. Chaturvedi, Z. Deng, V. Di Francesco,
P. Dunn, K. Eilbeck, C. Evangelista, A.E. Gabrielian,
W. Gan, W. Ge, F. Gong, Z. Gu, P. Guan, T.J. Heiman,
M.E. Higgins, R. Ji, Z. Ke, K.A. Ketchum, Z. Lai, Y. Lei,
Z. Li, J. Li, Y. Liang, X. Lin, F. Lu, G.V. Merkulov,
N. Milshina, H.M. Moore, A.K. Naik, V.A. Narayan,
B. Neelam, D. Nusskern, D.B. Rusch, S. Salzberg,
W. Shao, B. Shue, J. Sun, Z.Y. Wang, A. Wang,
X. Wang, J. Wang, M. Wei, R. Wides, C. Xiao,
C. Yan, A. Yao, J. Ye, M. Zhan, W. Zhang, H. Zhang,
Q. Zhao, L. Zheng, F. Zhong, W. Zhong, S.C. Zhu,
S. Zhao, D. Gilbert, S. Baumhueter, G. Spier,
C. Carter, A. Cravchik, T. Woodage, F. Ali, H. An,
A. Awe, D. Baldwin, H. Baden, M. Barnstead, I. Barrow, K. Beeson, D. Busam, A. Carver, A. Center,
M.L. Cheng, L. Curry, S. Danaher, L. Davenport,
R. Desilets, S. Dietz, K. Dodson, L. Doup, S. Ferriera, N. Garg, A. Gluecksmann, B. Hart, J. Haynes,
C. Haynes, C. Heiner, S. Hladun, D. Hostin, J. Houck,
T. Howland, C. Ibegwam, J. Johnson, F. Kalush,
L. Kline, S. Koduru, A. Love, F. Mann, D. May, S. McCawley, T. McIntosh, I. McMullen, M. Moy, L. Moy,
B. Murphy, K. Nelson, C. Pfannkoch, E. Pratts,
V. Puri, H. Qureshi, M. Reardon, R. Rodriguez,
Y. Rogers, D. Romblad, B. Ruhfel, R. Scott, C. Sitter, M. Smallwood, E. Stewart, R. Strong, E. Suh,
R. Thomas, N.N. Tint, S. Tse, C. Vech, G. Wang,
J. Wetter, S. Williams, M. Williams, S. Windsor, E. Winn-Deen, K. Wolfe, J. Zaveri, K. Zaveri,
J.F. Abril, R. Guigó, M.J. Campbell, K.V. Sjolander,
B. Karlak, A. Kejariwal, H. Mi, B. Lazareva, T. Hatton,
A. Narechania, K. Diemer, A. Muruganujan, N. Guo,
S. Sato, V. Bafna, S. Istrail, R. Lippert, R. Schwartz,
B. Walenz, S. Yooseph, D. Allen, A. Basu, J. Baxendale, L. Blick, M. Caminha, J. Carnes-Stine, P. Caulk,
Y. Chiang, M. Coyne, C. Dahlke, A.D. Mays, M. Dombroski, M. Donnelly, D. Ely, S. Esparham, C. Fosler, H. Gire, S. Glanowski, K. Glasser, A. Glodek,
M. Gorokhov, K. Graham, B. Gropman, M. Harris, J. Heil, S. Henderson, J. Hoover, D. Jennings,
C. Jordan, J. Jordan, J. Kasha, L. Kagan, C. Kraft,
A. Levitsky, M. Lewis, X. Liu, J. Lopez, D. Ma,
W. Majoros, J. McDaniel, S. Murphy, M. Newman, T. Nguyen, N. Nguyen, M. Nodell, S. Pan,
J. Peck, M. Peterson, W. Rowe, R. Sanders, J. Scott,
M. Simpson, T. Smith, A. Sprague, T. Stockwell,
R. Turner, E. Venter, M. Wang, M. Wen, D. Wu,
M. Wu, A. Xia, A. Zandieh, X. Zhu: The sequence
of the human genome, Science 291, 1304–1351
(2001)
10.21 F. Sanger, S. Nicklen, A.R. Coulson: DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 74, 5463–5467 (1977)
10.22 R.A. Edwards, B. Rodriguez-Brito, L. Wegley,
M. Haynes, M. Breitbart, D.M. Peterson, M.O. Saar,
S. Alexander, E.C. Alexander Jr., F. Rohwer: Using
pyrosequencing to shed light on deep mine microbial ecology, BMC Genomics 7, 57 (2006)
10.23 R. Seshadri, S.A. Kravitz, L. Smarr, P. Gilna, M. Frazier: CAMERA: A community resource for metagenomics, PLoS Biology 5, 75 (2007)
10.24 J. Handelsman: Metagenomics: Application of genomics to uncultured microorganisms, Microbiol.
Mol. Biol. Rev. 68, 669–685 (2004)
10.25 J. Kennedy, J.R. Marchesi, A.D. Dobson: Metagenomic approaches to exploit the biotechnological potential of the microbial consortia of marine sponges, Appl. Microbiol. Biotechnol. 75, 11–20
(2007)
10.26 S. Yooseph, G. Sutton, D.B. Rusch, A.L. Halpern,
S.J. Williamson, K. Remington, J.A. Eisen, K.B. Heidelberg, G. Manning, W. Li, L. Jaroszewski,
P. Cieplak, C.S. Miller, H. Li, S.T. Mashiyama,
M.P. Joachimiak, C. van Belle, J.M. Chandonia, D.A. Soergel, Y. Zhai, K. Natarajan, S. Lee,
B.J. Raphael, V. Bafna, R. Friedman, S.E. Brenner, A. Godzik, D. Eisenberg, J.E. Dixon, S.S. Taylor,
R.L. Strausberg, M. Frazier, J.C. Venter: The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expand-
Part B | 10
tor, B.A. Roe, F. Chen, H. Pan, J. Ramser, H. Lehrach,
R. Reinhardt, W.R. McCombie, M. de la Bastide,
N. Dedhia, H. Blöcker, K. Hornischer, G. Nordsiek, R. Agarwala, L. Aravind, J.A. Bailey, A. Bateman, S. Batzoglou, E. Birney, P. Bork, D.G. Brown,
C.B. Burge, L. Cerutti, H. Chen, D. Church, M. Clamp,
R.R. Copley, T. Doerks, S.R. Eddy, E.E. Eichler,
T.S. Furey, J. Galagan, J.G.R. Gilbert, C. Harmon, Y. Hayashizaki, D. Haussler, H. Hermjako,
K. Hokamp, W. Jang, L.S. Johnson, T.A. Jones,
S. Kasif, A. Kaspryzk, S. Kennedy, W.J. Kent, P. Kitts,
E.V. Koonin, I. Korf, D. Kulp, D. Lancet, T.M. Lowe,
A. McLysaght, T. Mikkelsen, J.V. Moran, N. Mulder, V.J. Pollara, C.P. Ponting, G. Schuler, J. Schultz,
G. Slater, A.F.A. Smit, E. Stupka, J. Szustakowki,
D. Mieg, J. Thierry, L. Wagner, J. Wallis, R. Wheeler,
A. Williams, Y.I. Wolf, K.H. Wolfe, S. Yang, R. Yeh,
F. Collins, M.S. Guyer, J. Peterson, A. Felsenfeld,
K.A. Wetterstrand, R.M. Myers, J. Schmutz, M. Dickson, J. Grimwood, D.R. Cox, M.V. Olson, R. Kaul,
C. Raymond, N. Shimizu, K. Kawasaki, S. Minoshima, G.A. Evans, M. Athanasiou, R. Schultz,
A. Patrinos, M.J. Morgan: Initial sequencing and
analysis of the human genome, Nature 409, 860–
921 (2001)
10.20 J.C. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers, P.W. Li,
R.J. Mural, G.G. Sutton, H.O. Smith, M. Yandell,
C.A. Evans, R.A. Holt, J.D. Gocayne, P. Amanatides,
R.M. Ballew, D.H. Huson, J.R. Wortman, Q. Zhang,
C.D. Kodira, X.H. Zheng, L. Chen, M. Skupski,
G. Subramanian, P.D. Thomas, J. Zhang, G.L.G. Miklos, C. Nelson, S. Broder, A.G. Clark, J. Nadeau,
V.A. McKusick, N. Zinder, A.J. Levine, R.J. Roberts,
M. Simon, C. Slayman, M. Hunkapiller, R. Bolanos,
A. Delcher, I. Dew, D. Fasulo, M. Flanigan, L. Florea, A. Halpern, S. Hannenhalli, S. Kravitz, S. Levy,
C. Mobarry, K. Reinert, K. Remington, J. AbuThreideh, E. Beasley, K. Biddick, V. Bonazzi,
R. Brandon, M. Cargill, I. Chandramouliswaran,
R. Charlab, K. Chaturvedi, Z. Deng, V. Di Francesco,
P. Dunn, K. Eilbeck, C. Evangelista, A.E. Gabrielian,
W. Gan, W. Ge, F. Gong, Z. Gu, P. Guan, T.J. Heiman,
M.E. Higgins, R. Ji, Z. Ke, K.A. Ketchum, Z. Lai, Y. Lei,
Z. Li, J. Li, Y. Liang, X. Lin, F. Lu, G.V. Merkulov,
N. Milshina, H.M. Moore, A.K. Naik, V.A. Narayan,
B. Neelam, D. Nusskern, D.B. Rusch, S. Salzberg,
W. Shao, B. Shue, J. Sun, Z.Y. Wang, A. Wang,
X. Wang, J. Wang, M. Wei, R. Wides, C. Xiao,
C. Yan, A. Yao, J. Ye, M. Zhan, W. Zhang, H. Zhang,
Q. Zhao, L. Zheng, F. Zhong, W. Zhong, S.C. Zhu,
S. Zhao, D. Gilbert, S. Baumhueter, G. Spier,
C. Carter, A. Cravchik, T. Woodage, F. Ali, H. An,
A. Awe, D. Baldwin, H. Baden, M. Barnstead, I. Barrow, K. Beeson, D. Busam, A. Carver, A. Center,
M.L. Cheng, L. Curry, S. Danaher, L. Davenport,
R. Desilets, S. Dietz, K. Dodson, L. Doup, S. Ferriera, N. Garg, A. Gluecksmann, B. Hart, J. Haynes,
C. Haynes, C. Heiner, S. Hladun, D. Hostin, J. Houck,
T. Howland, C. Ibegwam, J. Johnson, F. Kalush,
L. Kline, S. Koduru, A. Love, F. Mann, D. May, S. McCawley, T. McIntosh, I. McMullen, M. Moy, L. Moy,
B. Murphy, K. Nelson, C. Pfannkoch, E. Pratts,
V. Puri, H. Qureshi, M. Reardon, R. Rodriguez,
Y. Rogers, D. Romblad, B. Ruhfel, R. Scott, C. Sitter, M. Smallwood, E. Stewart, R. Strong, E. Suh,
R. Thomas, N.N. Tint, S. Tse, C. Vech, G. Wang,
J. Wetter, S. Williams, M. Williams, S. Windsor, E. Winn-Deen, K. Wolfe, J. Zaveri, K. Zaveri,
J.F. Abril, R. Guigó, M.J. Campbell, K.V. Sjolander,
B. Karlak, A. Kejariwal, H. Mi, B. Lazareva, T. Hatton,
A. Narechania, K. Diemer, A. Muruganujan, N. Guo,
S. Sato, V. Bafna, S. Istrail, R. Lippert, R. Schwartz,
B. Walenz, S. Yooseph, D. Allen, A. Basu, J. Baxendale, L. Blick, M. Caminha, J. Carnes-Stine, P. Caulk,
Y. Chiang, M. Coyne, C. Dahlke, A.D. Mays, M. Dombroski, M. Donnelly, D. Ely, S. Esparham, C. Fosler, H. Gire, S. Glanowski, K. Glasser, A. Glodek,
M. Gorokhov, K. Graham, B. Gropman, M. Harris, J. Heil, S. Henderson, J. Hoover, D. Jennings,
C. Jordan, J. Jordan, J. Kasha, L. Kagan, C. Kraft,
A. Levitsky, M. Lewis, X. Liu, J. Lopez, D. Ma,
W. Majoros, J. McDaniel, S. Murphy, M. Newman, T. Nguyen, N. Nguyen, M. Nodell, S. Pan,
J. Peck, M. Peterson, W. Rowe, R. Sanders, J. Scott,
M. Simpson, T. Smith, A. Sprague, T. Stockwell,
R. Turner, E. Venter, M. Wang, M. Wen, D. Wu,
M. Wu, A. Xia, A. Zandieh, X. Zhu: The sequence
of the human genome, Science 291, 1304–1351
(2001)
10.21 F. Sanger, S. Nicklen, A.R. Coulson: DNA sequencing with chain-terminating inhibitors, Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 74, 5463–5467 (1977)
10.22 R.A. Edwards, B. Rodriguez-Brito, L. Wegley,
M. Haynes, M. Breitbart, D.M. Peterson, M.O. Saar,
S. Alexander, E.C. Alexander Jr., F. Rohwer: Using
pyrosequencing to shed light on deep mine microbial ecology, BMC Genomics 7, 57 (2006)
10.23 R. Seshadri, S.A. Kravitz, L. Smarr, P. Gilna, M. Frazier: CAMERA: A community resource for metagenomics, PLoS Biology 5, 75 (2007)
10.24 J. Handelsman: Metagenomics: Application of genomics to uncultured microorganisms, Microbiol.
Mol. Biol. Rev. 68, 669–685 (2004)
10.25 J. Kennedy, J.R. Marchesi, A.D. Dobson: Metagenomic approaches to exploit the biotechnological potential of the microbial consortia of marine sponges, Appl. Microbiol. Biotechnol. 75, 11–20
(2007)
10.26 S. Yooseph, G. Sutton, D.B. Rusch, A.L. Halpern,
S.J. Williamson, K. Remington, J.A. Eisen, K.B. Heidelberg, G. Manning, W. Li, L. Jaroszewski,
P. Cieplak, C.S. Miller, H. Li, S.T. Mashiyama,
M.P. Joachimiak, C. van Belle, J.M. Chandonia, D.A. Soergel, Y. Zhai, K. Natarajan, S. Lee,
B.J. Raphael, V. Bafna, R. Friedman, S.E. Brenner, A. Godzik, D. Eisenberg, J.E. Dixon, S.S. Taylor,
R.L. Strausberg, M. Frazier, J.C. Venter: The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expand-