50
3 • Données de base et sémantique élémentaire
à des emplacements très variables par rapport à la séquence codante : le
locus Shh par exemple est à 800 kb du site de transcription (son activité
dépend de facteurs qui forment et déforment les boucles d’ADN et rapprochent ainsi le promoteur de la séquence codante), certains promoteurs peuvent être introniques (CCR5 chez l’homme), voir même
exonique (keratin 18 chez l’homme).
La connaissance de la séquence du génome fournit, on l’oublie souvent, deux types d’information concernant les gènes, la séquence codante,
bien entendu, mais aussi les séquences promotrices en cis ou en trans,
c’est-à-dire les séquences qui régulent l’expression des séquences
codantes. La transcription d’un gène peut être modifiée par des mutations au niveau de la séquence codante, mais elle peut aussi être altérée
par des mutations au niveau de ces promoteurs (lesquels sont très polymorphes, il existe, par exemple, chez l’homme de nombreux allèles des
promoteurs des cytokines). Ces facteurs sont très sensibles à la pression
sélective au cours de l’évolution.
Les familles de facteurs de transcription sont relativement peu nombreuses et ces facteurs eux-mêmes sont excessivement pleiotropes, un
seul facteur de transcription peut en effet modifier l’expression de plusieurs protéines (certaines pouvant elles-mêmes être des facteurs de
transcription) à la fois. L’abondance d’une protéine est héréditaire et
transmissible, elle varie d’un tissu à l’autre, mais aussi d’une espèce
vivante à l’autre, cette abondance est contrôlée par les séquences cis et
les facteurs de transcription qui les activent (Wray 2003).
c) Régulation au niveau de la chromatine
La transcription ne peut pas avoir lieu lorsque la chromatine est sous
forme d’hétérochromatine. Cette structure compacte est maintenue
par les histones des nucléosomes. Les histones sont des protéines basiques dimériques qui sont presque inchangées au cours de l’évolution.
Ils possèdent une queue, celle-ci peut être acétylée par une transférase
spécifique et désacétylée par une désacétylase. Quand les histones sont
désacétylés, les nucléosomes sont compactés en hétérochromatine,
l’acétylation désagrège ces structures et les rend perméables aux facteurs de transcription. C’est donc un préalable nécessaire à la transcrip-
3 • Données de base et sémantique élémentaire
à des emplacements très variables par rapport à la séquence codante : le
locus Shh par exemple est à 800 kb du site de transcription (son activité
dépend de facteurs qui forment et déforment les boucles d’ADN et rapprochent ainsi le promoteur de la séquence codante), certains promoteurs peuvent être introniques (CCR5 chez l’homme), voir même
exonique (keratin 18 chez l’homme).
La connaissance de la séquence du génome fournit, on l’oublie souvent, deux types d’information concernant les gènes, la séquence codante,
bien entendu, mais aussi les séquences promotrices en cis ou en trans,
c’est-à-dire les séquences qui régulent l’expression des séquences
codantes. La transcription d’un gène peut être modifiée par des mutations au niveau de la séquence codante, mais elle peut aussi être altérée
par des mutations au niveau de ces promoteurs (lesquels sont très polymorphes, il existe, par exemple, chez l’homme de nombreux allèles des
promoteurs des cytokines). Ces facteurs sont très sensibles à la pression
sélective au cours de l’évolution.
Les familles de facteurs de transcription sont relativement peu nombreuses et ces facteurs eux-mêmes sont excessivement pleiotropes, un
seul facteur de transcription peut en effet modifier l’expression de plusieurs protéines (certaines pouvant elles-mêmes être des facteurs de
transcription) à la fois. L’abondance d’une protéine est héréditaire et
transmissible, elle varie d’un tissu à l’autre, mais aussi d’une espèce
vivante à l’autre, cette abondance est contrôlée par les séquences cis et
les facteurs de transcription qui les activent (Wray 2003).
c) Régulation au niveau de la chromatine
La transcription ne peut pas avoir lieu lorsque la chromatine est sous
forme d’hétérochromatine. Cette structure compacte est maintenue
par les histones des nucléosomes. Les histones sont des protéines basiques dimériques qui sont presque inchangées au cours de l’évolution.
Ils possèdent une queue, celle-ci peut être acétylée par une transférase
spécifique et désacétylée par une désacétylase. Quand les histones sont
désacétylés, les nucléosomes sont compactés en hétérochromatine,
l’acétylation désagrège ces structures et les rend perméables aux facteurs de transcription. C’est donc un préalable nécessaire à la transcrip-