Les rubriques
Une erreur
à éviter.
Une note,
un complément
d’information.
Un éclairage
sur une notion
(résumé, conseil, etc.)
La bibliographie
Elle regroupe les articles fondateurs
de la discipline.
Le glossaire
Vous y trouverez les dénitions
des principales notions développées.
L’index
Outil indispensable pour trouver
rapidement ce que l’on cherche.
187
© Dunod
–Toute
reprodu
ction non autorisé
e estun délit.
BI BL IO GR AP HI E
A LTSC HUL S.F., MADD EN T.L. , S CHAF FERA .A., Z HANG J.H., ZHAN G Z., MIL LER W.,
L IPMA ND.J. (199 7)Ga pped BLA STan d PSI- BLA ST: anew gene ratio nof prote in
datab ase searc h prog rams .
25; 3389 -340 2.
Nucl eicA cids Rese arch
B ALLE STER P.J., R ICHA RDS W.G . (200 7) Ultra fast shap e reco gniti on to searc h
com poun d datab ases for simi larm olecu lar shap es.
28; 1711 -23.
J Com put Chem
BER MAN H.M ., BATTI STUZ T., BH AT T.N. , BLUH M W.F ., B OURN E P.E., BURK HARD T
K., I YPE L., J AIN S., FA GANP ., MARVIN J., P ADIL LA D., RAVICH ANDR AN V., S CHNE IDER B., T HANK I N., W EISSI G H., WES TBRO OK J.D., Z ARDE CKI C. (200 2) The
Prote in Data Bank . Acta Crys tallo grap hica Secti on D-Bi olog icalC rysta llogr aphy
58; 899- 907.
B ERNS TEINF .C., KOET ZLE T.F., WILL IAMS G.J.B ., MEYER
E.F., BRIC EM. D., R ODGE RS
J.R., KENN ARD O., SHI MAN OUCH I T., T
ASUM I M. (197 8) Prote in Data Bank -
Com pute r-Ba sed Arch ival File for Mac romo lecul ar Struc tures . Arch ives of
Bioc hemi stry and Biop hysic s 185; 584- 591.
B ERTO LAZZ I P., G UERR A C., L IUZZ I G. (201 0) A glob al optim izati on algo rithm for
prote in surfa ce align men t.
11.
Bmc Bioin form atics
CAP RAJ. A., L ASKO WSKIR .A., T HORN TON J.M. , S INGH M., FUNKHO USER T.A. (200 9)
Pred ictin g prote in ligan d bind ing sites by com binin g evol ution ary sequ ence
cons erva tion and 3D struc ture.
5; e100 0585 .
PLoS Com put Biol
C APRA
J.A., S INGH M. (200 7) Pred ictin g func tiona lly impo rtant resid ues from
sequ ence cons erva tion.
23; 1875 -82.
Bioin form atics
CHENG J.L., SWE REDO SKI M.J. , BALD IP. (200 5) Accu rate pred ictio n of prote in disor -
dere d regio ns by mini ng prote in struc ture data. Data Mini ng and Know ledg e
Disc over y 11; 213- 222.
CHOU P.Y. , FASM AN G.D. (197 4) Conf orma tiona l Para mete rs for Ami no-A cids in
Heli cal, Beta -She et, and Rand om Coil Regi ons Calc ulate d from Prote ins. Bioc hemistr y 13; 211- 222.
CHOU P.Y. , F ASMA NG .D. (197 8) Emp irica l Pred ictio ns of Prote in Conf orma tion.
Annu al Revi ew of Bioc hemi stry 47; 251- 276.
C OMB ET C., GARNIE R N., CHA RAVA Y L., G RAND O D., C RISA N D., L OPEZ J., DE HNEGAR CIA A., GEO URJO N C., B ETTL ER E., H ULO C., LE M ERCI ER P., B ARTE NSCH LAGER R, Diep olde r H, MOR ADPO UR D, P AWL OTSK Y JM, R ICE CM, TREP O C., PE NIN
F., D ELEA GE G. (200 7) euHC Vdb : the Euro pean hepa titis C virus datab ase.
Nucl eic Acid s Rese arch 35; D36 3-D3 66.
185
©
Dunod
–
La
photoco
pie
non
autorisé
e
est
un
délit.
G LO SS AI RE
Acid e amin é : élém ent cons tituti f de base des proté ines dont la succ essio n est
uniq ue pour une proté ine.
Algo rithm e : ense mble d’op érati ons ou d’ins truct ions tradu it en prog ramm e infor -
mati que perm ettan t de résou dre un prob lème .
Amp hiph ilie : inég alité de répa rtitio n dans une struc ture des acide s amin és pola ires
et apol aires .
Ann otati on: ense mble d’inf orma tions dédu itesd e l’ana lysed es séqu ence sbio logiq ues.
Cha pero nnes : fami lle de proté ines qui favo risen t la struc turat ion (ou la stabi lité)
des proté ines.
Cou rbe de titra ge: évol ution du nom bred e char gesd ’une proté inee n fonc tiond u pH.
Dén atur ation : perte de conf orma tion tridim ensio nnel le d’un e macr omo élcul e
biolo giqu e.
Dom aine : parti e de proté ine qui se repli e indé pend amm ent du reste de la molé cule.
Don nées : ense mble des résul tats conc erna nt une expé rienc e, une techn olog ie une
appr oche .
Élec trop horè se : sépa ratio n des proté ines utilis ant un cham p élect rique .
Entr opie : fonc tion d’éta t qui sert à mesu rer le degr é de déso rdre d’un systè me. Au
nive au des séqu ence s, l’ent ropie augm ente avec les degr és de liber té au nive au des
posit ions (ou des conf orma tions pour les struc tures ).
Épis sage : phén omè ne de matu ratio n par cliva ge de séqu ence s. Ce phén omè ne est
conn u class ique men t chez les ARN mais exist e auss i chez les proté ines (inté ines) .
Faib le com plex ité : en bioin form atiqu e, elle carac téris e un biais impo rtant dans
l’usa ge de certa ines base s ou acide s amin és dans les séqu ence s.
Gen ome : ense mble des donn ées de séqu ence s nucl éotid ique s supp ort de la géné -
tique pour une espè ce ou un indiv idu.
Heu ristiq ue : appr oxim ation dans unem étho dequ i simp lifie ou accé lèreu n algo rithm e.
Hom olog ie : prop riété parta gée par des gène s ou des proté ines qui dériv ent d’un
mêm e ancê tre com mun .
Imp léme ntat ion : mise en form e infor mati que d’un algo rithm e (en franç ais on
préfè re impl antat ion).
193
© Dunod
– Toute reprodu
ction non autorisé
e est un délit.
A
acces sibili té 115
acide s amin és 1
ACN UC 17
algor ithme XII, 41, 43
Align emen t 27
align emen t globa l 50
align emen t local 52, 53
Align emen t multi ple 54, 56
Align emen t optim al 38
align emen t progr essif 55
alpha bets struc turau x 163
amph iphili e 114, 115
anno tation 7, 100
anno tation fonct ionne lle 10
apéri odiqu e 117
appre ntissa ge 133
archi tectu re 145
B
banq ue PDB 140
base de donn ées 11
BLA ST 41
BLO CKS 106
BLO SUM 31
BLO SUM 62 30
brins 117
C
Cary otype 12
chaîn es de Mark ov 108, 135
cham p 15
cham p de force 148
chape rones 118
Chou et Fasm an 122
chrom atogr aphie 112
class e 145
Clust al W 57
comp araiso n XII
conn ectiv ité 140
const antes de décis ion 126
Cour be de ROC 45
courb e de titrag e 5
D
DAL I 145
Dayh off Marg aret 10, 27, 73
DDB J 10
degré s de libert é 117
délét ions 34, 48
dénat uratio n 118
désor dre struc tural 114
Détec tion de suppo rt 155
diagr amm e de Rama chand ran 118
DIAL IGN 57
dictio nnair e 101
DISP ROT 113
distan ces évolu tives 28
diver gence 41
doma i nes 36, 137
donn ées XI
dot-p lot 21
DPM 122
DSC 123
dyna miqu e molé culai re 151
E
E() value 38, 39
EBI 17
électr opho rèse 11
EMB L 10
empr einte 158
Ense mbl 12
entro pie 57
épiss age 103
E-val ue 35
évolu tion conv ergen te 171
IN DE X
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un complément
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(résumé, conseil, etc.)
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BI BL IO GR AP HI E
A LTSC HUL S.F., MADD EN T.L. , S CHAF FERA .A., Z HANG J.H., ZHAN G Z., MIL LER W.,
L IPMA ND.J. (199 7)Ga pped BLA STan d PSI- BLA ST: anew gene ratio nof prote in
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25; 3389 -340 2.
Nucl eicA cids Rese arch
B ALLE STER P.J., R ICHA RDS W.G . (200 7) Ultra fast shap e reco gniti on to searc h
com poun d datab ases for simi larm olecu lar shap es.
28; 1711 -23.
J Com put Chem
BER MAN H.M ., BATTI STUZ T., BH AT T.N. , BLUH M W.F ., B OURN E P.E., BURK HARD T
K., I YPE L., J AIN S., FA GANP ., MARVIN J., P ADIL LA D., RAVICH ANDR AN V., S CHNE IDER B., T HANK I N., W EISSI G H., WES TBRO OK J.D., Z ARDE CKI C. (200 2) The
Prote in Data Bank . Acta Crys tallo grap hica Secti on D-Bi olog icalC rysta llogr aphy
58; 899- 907.
B ERNS TEINF .C., KOET ZLE T.F., WILL IAMS G.J.B ., MEYER
E.F., BRIC EM. D., R ODGE RS
J.R., KENN ARD O., SHI MAN OUCH I T., T
ASUM I M. (197 8) Prote in Data Bank -
Com pute r-Ba sed Arch ival File for Mac romo lecul ar Struc tures . Arch ives of
Bioc hemi stry and Biop hysic s 185; 584- 591.
B ERTO LAZZ I P., G UERR A C., L IUZZ I G. (201 0) A glob al optim izati on algo rithm for
prote in surfa ce align men t.
11.
Bmc Bioin form atics
CAP RAJ. A., L ASKO WSKIR .A., T HORN TON J.M. , S INGH M., FUNKHO USER T.A. (200 9)
Pred ictin g prote in ligan d bind ing sites by com binin g evol ution ary sequ ence
cons erva tion and 3D struc ture.
5; e100 0585 .
PLoS Com put Biol
C APRA
J.A., S INGH M. (200 7) Pred ictin g func tiona lly impo rtant resid ues from
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23; 1875 -82.
Bioin form atics
CHENG J.L., SWE REDO SKI M.J. , BALD IP. (200 5) Accu rate pred ictio n of prote in disor -
dere d regio ns by mini ng prote in struc ture data. Data Mini ng and Know ledg e
Disc over y 11; 213- 222.
CHOU P.Y. , FASM AN G.D. (197 4) Conf orma tiona l Para mete rs for Ami no-A cids in
Heli cal, Beta -She et, and Rand om Coil Regi ons Calc ulate d from Prote ins. Bioc hemistr y 13; 211- 222.
CHOU P.Y. , F ASMA NG .D. (197 8) Emp irica l Pred ictio ns of Prote in Conf orma tion.
Annu al Revi ew of Bioc hemi stry 47; 251- 276.
C OMB ET C., GARNIE R N., CHA RAVA Y L., G RAND O D., C RISA N D., L OPEZ J., DE HNEGAR CIA A., GEO URJO N C., B ETTL ER E., H ULO C., LE M ERCI ER P., B ARTE NSCH LAGER R, Diep olde r H, MOR ADPO UR D, P AWL OTSK Y JM, R ICE CM, TREP O C., PE NIN
F., D ELEA GE G. (200 7) euHC Vdb : the Euro pean hepa titis C virus datab ase.
Nucl eic Acid s Rese arch 35; D36 3-D3 66.
185
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G LO SS AI RE
Acid e amin é : élém ent cons tituti f de base des proté ines dont la succ essio n est
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Algo rithm e : ense mble d’op érati ons ou d’ins truct ions tradu it en prog ramm e infor -
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Amp hiph ilie : inég alité de répa rtitio n dans une struc ture des acide s amin és pola ires
et apol aires .
Ann otati on: ense mble d’inf orma tions dédu itesd e l’ana lysed es séqu ence sbio logiq ues.
Cha pero nnes : fami lle de proté ines qui favo risen t la struc turat ion (ou la stabi lité)
des proté ines.
Cou rbe de titra ge: évol ution du nom bred e char gesd ’une proté inee n fonc tiond u pH.
Dén atur ation : perte de conf orma tion tridim ensio nnel le d’un e macr omo élcul e
biolo giqu e.
Dom aine : parti e de proté ine qui se repli e indé pend amm ent du reste de la molé cule.
Don nées : ense mble des résul tats conc erna nt une expé rienc e, une techn olog ie une
appr oche .
Élec trop horè se : sépa ratio n des proté ines utilis ant un cham p élect rique .
Entr opie : fonc tion d’éta t qui sert à mesu rer le degr é de déso rdre d’un systè me. Au
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posit ions (ou des conf orma tions pour les struc tures ).
Épis sage : phén omè ne de matu ratio n par cliva ge de séqu ence s. Ce phén omè ne est
conn u class ique men t chez les ARN mais exist e auss i chez les proté ines (inté ines) .
Faib le com plex ité : en bioin form atiqu e, elle carac téris e un biais impo rtant dans
l’usa ge de certa ines base s ou acide s amin és dans les séqu ence s.
Gen ome : ense mble des donn ées de séqu ence s nucl éotid ique s supp ort de la géné -
tique pour une espè ce ou un indiv idu.
Heu ristiq ue : appr oxim ation dans unem étho dequ i simp lifie ou accé lèreu n algo rithm e.
Hom olog ie : prop riété parta gée par des gène s ou des proté ines qui dériv ent d’un
mêm e ancê tre com mun .
Imp léme ntat ion : mise en form e infor mati que d’un algo rithm e (en franç ais on
préfè re impl antat ion).
193
© Dunod
– Toute reprodu
ction non autorisé
e est un délit.
A
acces sibili té 115
acide s amin és 1
ACN UC 17
algor ithme XII, 41, 43
Align emen t 27
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align emen t local 52, 53
Align emen t multi ple 54, 56
Align emen t optim al 38
align emen t progr essif 55
alpha bets struc turau x 163
amph iphili e 114, 115
anno tation 7, 100
anno tation fonct ionne lle 10
apéri odiqu e 117
appre ntissa ge 133
archi tectu re 145
B
banq ue PDB 140
base de donn ées 11
BLA ST 41
BLO CKS 106
BLO SUM 31
BLO SUM 62 30
brins 117
C
Cary otype 12
chaîn es de Mark ov 108, 135
cham p 15
cham p de force 148
chape rones 118
Chou et Fasm an 122
chrom atogr aphie 112
class e 145
Clust al W 57
comp araiso n XII
conn ectiv ité 140
const antes de décis ion 126
Cour be de ROC 45
courb e de titrag e 5
D
DAL I 145
Dayh off Marg aret 10, 27, 73
DDB J 10
degré s de libert é 117
délét ions 34, 48
dénat uratio n 118
désor dre struc tural 114
Détec tion de suppo rt 155
diagr amm e de Rama chand ran 118
DIAL IGN 57
dictio nnair e 101
DISP ROT 113
distan ces évolu tives 28
diver gence 41
doma i nes 36, 137
donn ées XI
dot-p lot 21
DPM 122
DSC 123
dyna miqu e molé culai re 151
E
E() value 38, 39
EBI 17
électr opho rèse 11
EMB L 10
empr einte 158
Ense mbl 12
entro pie 57
épiss age 103
E-val ue 35
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