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5.5 • Représentation «
»
logo
5.5 REPRÉSENTATION LOGO
«
»
À partir d’un alignement multiple, il est possible de générer une séquence virtuelle
qui contient pour chaque po
représenté (figure 5.4). Ainsi
sition l’acide aminé le plus
dans la représentation logo (calcul de l’entropie ci-après), la hauteur d’une colonne
indique le degré de conservation de la position et la hauteur d’une lettre reflète la
fréquence relative de la lettre à la position considérée.
La hauteur
) de la lettre
H i
(
a à la position i est :
Avec :
où f a,i est la fréquence relative de l’acide aminé à la position
a
i et e n est une variable
d’ajustement telle que :
avec s = 20 pour les protéines et n le nombre de séquences dans l’alignement.
Par ailleurs, la fréquence de représentation des acides aminés peut être utilisée
pour construire une signature caractéristique de la fonction étudiée.
Tableau 5.6 – Quelques programmes d’alignement multiple.
Rapidité
Séquences proches
Séquences
éloignées
Qualité
Multalin
++
+++
+
++
Clustal W
+
++
++
+++
Muscle
+++
+++
+
+++
MAFFT
++
++
+
+++
T-Coffee
+
+
+++
+++
DIALIGN
+
+
+++
+
H i
 
I i
  f a i


=
I i
 
log 2 20
  E i e n
+


–
=
E i
f a i
 log 2 f a i


–
=
e n
s 1
–
2 2
 n
ln
-------------------=
Figure 5.4 – Le programme logo.