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53
5.3 • Meilleur chevauchement entre séquences (algorithme local)
Avec identité = 2, substitution = 0 et indel = –1, la table des scores sera :
La table des déplacements correspondante sera :
L’alignement généré sera pour la diagonale grisée du haut :
SEQ1 LIBRESEQENCE----SEQ2 -----SEQANCELIBRE
*** ***
Tableau 5.3 – Score d’alignement local.
L
I
B
R
E
S
E
Q
E
N
C
E
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
S
0
0
0
0
0
0
2
1
0
0
0
0
0
E
0
0
0
0
0
2
1
4
3
2
1
0
2
Q
0
0
0
0
0
1
2
3
6
5
4
3
1
A
0
0
0
0
0
0
1
2
5
6
5
4
3
N
0
0
0
0
0
0
0
1
4
5
8
7
6
C
0
0
0
0
0
0
0
0
3
4
7
10
9
E
0
0
0
0
0
2
1
2
2
5
6
9
12
L
0
2
1
0
0
1
2
1
2
4
5
8
11
I
0
1
4
3
2
1
1
2
1
3
4
7
10
B
0
0
3
6
5
4
3
2
2
2
3
6
9
R
0
0
2
5
8
7
6
5
4
3
2
5
8
E
0
0
1
4
7
10
9
8
7
6
5
4
7
Tableau 5.4 – Déplacements correspondant à l’alignement local.
L
I
B
R
E
S
E
Q
E
N
C
E
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
‐
S
‐
↘
↘
↘
↘
↘
↘
→
↘
↘
↘
↘
↘
E
‐
↘
↘
↘
↘
↘
↓
↘
→
↘
→
↘
↘
Q
‐
↘
↘
↘
↘
↓
↘
↓
↘
→
→
→
↓
A
‐
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↓
↘
↘
↘
↘
N
‐
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↓
↘
↘
→
→
C
‐
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↓
↘
↓
↘
→
E
‐
↘
↘
↘
↘
↘
→
↘
↓
↘
↓
↓
↘
L
‐
↘
→
↘
↘
↓
↘
↘
↘
↓
↘
↓
↓
I
‐
↓
↘
→
→
→
↘
↘
↘
↓
↘
↓
↓
B
‐
↘
↓
↘
→
→
→
→
↘
↓
↘
↓
↓
R
‐
↘
↓
↓
↘
→
→
→
→
→
↘
↓
↓
E
‐
↘
↓
↓
↓
↘
→
↘
→
↘
→
↓
↘