Chapitre 5 • Alignement de séquences
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Le chemin retenu pour la case i,j est celui qui maximise le score. En cas d’égalité,
la mise en correspondance est privilégiée.
Soit les deux séquences MPRCLCQRINCYA et PYRCKCRNICIA.
Avec les paramètres suivants : identité = 3, substitution = –1 et indel = –2, on
obtient le tableau 5.1
Le tableau 5.2 correspondant aux déplacements effectués qui maximisent le score
de chaque case (table des chemins).
Tableau 5.1 – Score d’alignement global.
M
P
R
C
L
C
Q
R
I
N
C
Y
A
0
–2
–4
–6
–8 –10 –12 –14 –16 –18 –20 –22 –24 –26
P
–2
–1
1
–1
–3
–5
–7
–9 –11 –13 –15 –17 –19 –21
Y
–4
–3
–1
0
–2
–4
–6
–8 –10 –12 –14 –16 –14 –16
R
–6
–5
–3
2
0
–2
–4
–6
–5
–7
–9 –11 –16 –15
C
–8
–7
–5
0
5
3
1
–1
–3
–5
–7
–6
–8 –10
K –10
–9
–7
–2
3
4
2
0
–2
–4
–6
–8
–7
–9
C –12 –11
–9
–4
1
2
7
5
3
1
–1
–3
–5
–7
R –14 –13 –11
–6
–1
0
5
6
8
6
4
2
0
–2
N –16 –15 –13
–8
–3
–2
3
4
6
7
7
5
3
9
I
–18 –17 –15 –10
–5
–4
1
2
4
9
7
8
6
4
C –20 –19 –17 –12
–7
–6
–1
0
2
7
8
10
8
6
I
–22 –21 –19 –14
–9
–8
–3
–2
0
5
6
8
9
7
A –24 –23 –21 –16 –11 –10
–5
–4
–2
3
4
6
7
12
Tableau 5.2 – Déplacements effectués pour remplir la table des scores.
Les flèches indiquent la transition effectuée depuis la case précédente pour
obtenir le score maximal de chaque case qui contient la flèche.
M
P
R
C
L
C
Q
R
I
N
C
Y
A
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
P
↓
↘
↘
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
→
Y
↓
↘
↓
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
→
R
↓
↘
↓
↘
→
→
→
→
↘
→
→
→
↓
↘
C
↓
↘
↓
↓
↘
→
↘
→
→
→
→
↘
→
→
K
↓
↘
↓
↓
↓
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
↘
C
↓
↘
↓
↓
↘
↘
↘
→
→
→
→
↘
→
→
R
↓
↘
↓
↘
↓
↘
↓
↘
↘
→
→
→
→
→
N
↓
↘
↓
↓
↓
↘
↓
↘
↓
↘
↘
→
→
→
I
↓
↘
↓
↓
↓
↘
↓
↘
↓
↘
→↓
↘
↘
↘
C
↓
↘
↓
↓
↘
↘
↘
↘
↓
↓
↘
↘
→
→
I
↓
↘
↓
↓
↓
↘
↓
↘
↓
↘
↘
↓
↘
↘
A
↓
↘
↓
↓
↓
↘
↓
↘
↓
↓
↘
↓
↘
↘